Différences
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recherche:projets:epifly [2014/01/10 16:37] equemene créée |
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| - | ====== pifly: Base de données et interfaçage pour le traitement, la visualisation et la modélisation de l'épigénome de la mouche D. melanogaster ====== | ||
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| - | {{:recherche:epifly.jpg?nolink&200 |}}Laboratoire de physique : \\N. Haddad, C. Vaillant, D. Jost | ||
| - | Centre Blaise Pascal : Emmanuel Quémener | ||
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| - | L'ADN chromosomique des cellules eucaryotes est fortement condensé au sein d'un complexe nucléo-protéique appelé fibre de chromatine. Localement, la chromatine se caractérise par des marqueurs biochimiques qui influent sur les propriétés structurales de la fibre (positionnement des nucléosomes, degré de compaction, etc.). Ces marques, en modulant l'accessibilité et la spécificité des complexes protéiques à leurs sites nucléiques d'interaction, vont donc jouer un rôle crucial dans la régulation de la transcription. La distribution le long du génome de ces "états chromatiniens" constitue ce qu'on appelle l'épigénome. Les génomes eucaryotes sont ainsi subdivisés en deux types de domaines épigénomiques: l'euchromatine, ouverte et accessible où l'on retrouve la plupart des gènes actifs ; et l'hétérochromatine, peu accessible et répressive. De facon remarquable, cette compartimentation "1D" du génome se reflète au niveau de l'organisation spatiale "3D" de la chromatine dans le noyau: les domaines hétérochromatiniens (resp. euchromatiniens) ayant tendance à s'agréger et former des micro-compartiments répressifs (resp. actifs). Le but de notre projet est d'étudier et de modéliser, par des approches de physique statistique, les mécanismes de régulation de l'épigenome et de son organisation 3D qui sont impliqués dans le contrôle du développement et de la différenciation cellulaire. | ||
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| - | Pour cela, nous nous intéressons plus spécialement à l'organisme modèle Drosophila melanogaster pour qui grand nombre de données sont déjà disponibles et pour lequel nous travaillons en collaboration étroite avec le groupe de G. Cavalli de l'Institut de Génétique Humaine à Montpellier. Nous souhaitons ici créer une base de données exhaustive regroupant les informations génomiques, transcriptomiques, et épigénomiques. Que ce soit pour la visualisation, le traitement statistique ou la modélisation, cette base nous permettra d'accéder rapidement à toutes ces données par le biais d'interfaces (portables et faciles d'utilisation) que nous comptons développer en parrallèle. | ||
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| - | ====== Contribution du CBP ====== | ||
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