Logiciels

http://ahn.ens-lyon.fr/synopsx

Contact : Typhaine Moreau, Annamaria Kiss, Cerasela Calugaru

• Objectif : Level Set Method : Optimization of Level Set Methods for biological image segmentation (LSM). An automatic way to segment grayscale 3D images of cells.
  

Contact : Typhaine Moreau, Annamaria Kiss, Cerasela Calugaru

• Objectif : Anisotropic Blur : PDE-based algorithm to reduce noise in grey-scale image (2D or 3D) from biology, using a diffusion process.
  

Contact : Daniel Jost

Twist-DNA is a freely-available open source code that allows the computations of base-pair and bubble opening probabilities for any DNA sequences at a given temperature, a given superhelical stress and a given salt concentration.

Contact : Emmanuel Lévêque, Cerasela Calugaru

• Objectif : Portage du code INCNS sur GPU avec CUDA : implémentation des transformées de Fourier rapide du code en utilisant la bibliothèque CuFFT sur GPU (dans un environnement PGI CUDA Fortran Compiler) à la place de de FFTw sur CPU
  
• Développements au CBP

Contact : Cerasela Calugaru, Ralf Everaers, Sam Meyer

• Objectif : Optimisation (nouveaux algorithmes, parallélisation), implémentation des nouvelles fonctionnalités, analyse du comportement numérique et informatique du code AquaSol.
• Développements au CBP

Contact : Cerasela Calugaru

• Le code SoFTP a été initialement développé pour simuler les phénomènes d'écoulement et de transport de masse en milieux poreux. Avec les derniers développements, il prends aussi en compte le transferts de chaleur et d'autres types de milieux (complètement fluide ou complètement solide).
• Documentation

Contact : Emmanuel Lévêque

Contact : Emmanuel Quemener

Objectif : libérer Gaussian de l'exigence du compilateur PGI
Opérations : modifier le code source pour accepter la norme imposée par Gfortran
Documentation pour Debian Squeeze et Wheezy