Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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developpement:activites:integration:vmd4squeeze [2013/03/22 16:25] sbarends créée |
developpement:activites:integration:vmd4squeeze [2015/01/07 10:04] |
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|---|---|---|---|
| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| - | ====== Installation de Visual Molecular Dynamics sous Debian Squeeze ====== | ||
| - | <note important>Les problèmes liés au menu des greffons sont réglés.</note> | ||
| - | ===== Installation à partir des sources ===== | ||
| - | Le [[http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD|téléchargement]] de [[http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/|VMD]] exige une inscription préalable. | ||
| - | |||
| - | La version courante, d'avril 2011, est la 1.9. | ||
| - | |||
| - | Pour réaliser cette documentation, le lien de [[http://debianclusters.org/index.php/NAMD:_Building_vmd|Debian Clusters]] a été instructif. | ||
| - | ==== Préparation du système ==== | ||
| - | |||
| - | <note important>Toutes les commandes sont à effectuer en root pour cette installation.</note> | ||
| - | |||
| - | Les paquets suivants sont indispensables à la compilation et à l'utilisation de VMD | ||
| - | <code> | ||
| - | apt-get -y install libc6-dev-i386 libfltk1.1-dev libfltk1.1 netcdf-bin libnetcdf-dev libnetcdf6 tk8.5 tk8.5-dev tcl8.5 tcl8.5-dev libglu1-mesa mesa-common-dev libgl1-mesa-dri libglu1-mesa-dev xlibmesa-gl-dev libxi-dev libxi6 python2.5 python2.5-dev python-numpy libtachyon-0.98 libtachyon-dev tachyon | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | ==== Préparation des sources et des variables d'environnement==== | ||
| - | |||
| - | La phase de compilation de VMD exige l'utilisation d'un dossier temporaire, par exemple ''/tmp/VMD''. L'archive de VMD y est alors expansée : | ||
| - | <code> | ||
| - | mkdir /tmp/VMD | ||
| - | cd /tmp/VMD | ||
| - | # Il est suppose que le source de VMD est place dans /root | ||
| - | tar xzf /root/vmd-1.9.src.tar.gz | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | Dans la suite, il est supposé que : | ||
| - | * le nom de l'exécutable sera : ''vmd-1.9'' | ||
| - | * le dossier d'installation des librairies sera : ''/opt/vmd-1.9'' | ||
| - | * l'architecture choisie pour l'installation est ''LINUXAMD64'' | ||
| - | * toute la phase de compilation et d'installation est réalisée par ''root'' : en effet, les scripts d'installation se comportent assez mal en ''sudo'' | ||
| - | Ces trois réglages font l'objet d'un paramétrage de variables d'environnement que nous allons conserver durant toute la phase d'installation. | ||
| - | |||
| - | Pour une architecture 64 bits : | ||
| - | <code> | ||
| - | # Le nom de l'executable | ||
| - | export VMDINSTALLNAME="vmd-1.9" | ||
| - | # Le dossier d'installation des librairies | ||
| - | export VMDINSTALLLIBRARYDIR=/opt/$VMDINSTALLNAME | ||
| - | # L'architecture choisie pour la compilation | ||
| - | export ARCH="LINUXAMD64" | ||
| - | # Le dossier d'installation des plugins | ||
| - | export PLUGINDIR=/tmp/VMD/$VMDINSTALLNAME/plugins | ||
| - | # Creation du dossier | ||
| - | mkdir -p $PLUGINDIR | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | Pour architecture 32 bits | ||
| - | <code> | ||
| - | # Le nom de l'executable | ||
| - | export VMDINSTALLNAME="vmd-1.9" | ||
| - | # Le dossier d'installation des librairies | ||
| - | export VMDINSTALLLIBRARYDIR=/opt/$VMDINSTALLNAME | ||
| - | # L'architecture choisie pour la compilation | ||
| - | export ARCH="LINUX" | ||
| - | # Le dossier d'installation des plugins | ||
| - | export PLUGINDIR=/tmp/VMD/$VMDINSTALLNAME/plugins | ||
| - | # Creation du dossier | ||
| - | mkdir -p $PLUGINDIR | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | ==== Compilation et installation de greffons ==== | ||
| - | |||
| - | Le dossier de compilation, ''/tmp/VMD'' comprend deux dossiers : | ||
| - | * ''plugins'' : les sources des greffons | ||
| - | * ''vmd-1.9'' : les sources de VMD | ||
| - | |||
| - | La compilation des greffons demande 3 commandes :<code> | ||
| - | # passage dans le dossier des greffons | ||
| - | cd plugins | ||
| - | # compilation en precisant l'architecture et le positionnement des librairies TCL | ||
| - | export TCLINC="-I/usr/include/tcl8.5" | ||
| - | export TCLLIB="-F/usr/lib" | ||
| - | make $ARCH | ||
| - | # installation des greffons | ||
| - | make distrib | ||
| - | # retour à la racine de l'archive de VMD | ||
| - | cd .. | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | ==== Compilation et installation de VMD version standard ==== | ||
| - | |||
| - | Le fichier ''configure'' de VMD n'est pas traditionnel : il n'est pas possible de paramétrer les variables à l'appel de la commande. | ||
| - | |||
| - | Pour positionner les chemins des différentes librairies, voici quelques commandes :<code> | ||
| - | cd $VMDINSTALLNAME | ||
| - | mkdir lib/python | ||
| - | ln -s /usr lib/python/lib_$ARCH | ||
| - | mkdir lib/tcl | ||
| - | ln -s /usr/lib lib/tcl/lib | ||
| - | ln -s /usr/include/tcl8.5 lib/tcl/include | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | Génération du ''Makefile'', compilation et installation :<code> | ||
| - | # Compilation et paramétrage des paquets externes | ||
| - | # Lien pour Tachyon (inutile de le recompiler) | ||
| - | cd lib/tachyon | ||
| - | ln -s /usr/bin/tachyon tachyon_LINUXAMD64 | ||
| - | # Compilation de Surf | ||
| - | cd ../surf | ||
| - | tar xzf surf.tar.Z | ||
| - | mv Makefile Makefile.orig | ||
| - | cat Makefile.orig | sed -e 's/\/usr\/include\/sgidefs.h//g' > Makefile | ||
| - | make clean && make | ||
| - | mv surf surf_LINUXAMD64 | ||
| - | cd ../stride | ||
| - | # Compilation de stride | ||
| - | wget http://webclu.bio.wzw.tum.de/stride/stride.tar.gz | ||
| - | tar xzf stride.tar.gz | ||
| - | make | ||
| - | mv strideLINUXAMD64 stride_LINUXAMD64 | ||
| - | cd ../.. | ||
| - | # Generation du Makefile | ||
| - | ./configure $ARCH OPENGL FLTK TK XINPUT NETCDF CONTRIB TCL PYTHON PTHREADS NUMPY | ||
| - | cd src | ||
| - | # Compilation | ||
| - | make veryclean | ||
| - | make | ||
| - | # installation du programme | ||
| - | make install | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | Pour architecture 32 bits : | ||
| - | <code> | ||
| - | # Compilation et paramétrage des paquets externes | ||
| - | # Lien pour Tachyon (inutile de le recompiler) | ||
| - | cd lib/tachyon | ||
| - | ln -s /usr/bin/tachyon tachyon_LINUX | ||
| - | # Compilation de Surf | ||
| - | cd ../surf | ||
| - | tar xzf surf.tar.Z | ||
| - | mv Makefile Makefile.orig | ||
| - | cat Makefile.orig | sed -e 's/\/usr\/include\/sgidefs.h//g' > Makefile | ||
| - | make clean && make | ||
| - | mv surf surf_LINUX | ||
| - | cd ../stride | ||
| - | # Compilation de stride | ||
| - | wget http://webclu.bio.wzw.tum.de/stride/stride.tar.gz | ||
| - | tar xzf stride.tar.gz | ||
| - | make | ||
| - | mv strideLINUX stride_LINUX | ||
| - | cd ../.. | ||
| - | # Generation du Makefile | ||
| - | ./configure $ARCH OPENGL FLTK TK XINPUT NETCDF CONTRIB TCL PYTHON PTHREADS NUMPY | ||
| - | cd src | ||
| - | # Compilation | ||
| - | make veryclean | ||
| - | make | ||
| - | # installation du programme | ||
| - | make install | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | |||
| - | Quelques commandes cosmétiques supplémentaires :<code> | ||
| - | cd /opt | ||
| - | ln -s $VMDINSTALLNAME vmd | ||
| - | cd vmd | ||
| - | chown -R root.root * | ||
| - | cd /usr/local/bin | ||
| - | ln -s $VMDINSTALLNAME vmd | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | ==== Compilation et installation de VMD version CUDA ==== | ||
| - | |||
| - | Le fichier ''configure'' de VMD n'est pas traditionnel : il n'est pas possible de paramétrer les variables à l'appel de la commande. | ||
| - | |||
| - | Pour positionner les chemins des différentes librairies, voici quelques commandes :<code> | ||
| - | cd $VMDINSTALLNAME | ||
| - | mkdir lib/python | ||
| - | ln -s /usr lib/python/lib_$ARCH | ||
| - | mkdir lib/tcl | ||
| - | ln -s /usr/lib lib/tcl/lib | ||
| - | ln -s /usr/include/tcl8.5 lib/tcl/include | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | Configuration minimale du fichier ''configure'' pour pointer vers la librairie CUDA. Il est supposé que ''cuda'' est installée dans ''/opt/cuda'' et est appelée en 64 bits :<code> | ||
| - | # Premiere subsitution sur Cuda | ||
| - | sed -i 's/\/usr\/local\/encap\/cuda-3.0/\/opt\/cuda/g' configure | ||
| - | # Seconde subsitution sur Cuda | ||
| - | sed -i 's/\/usr\/local\/encap\/cuda-3.0/\/opt\/cuda/g' configure | ||
| - | # Remplacement | ||
| - | sed -i 's/\/usr\/local\/cuda\/bin/\/opt\/cuda\/bin/g' configure | ||
| - | sed -i 's/\/usr\/local\/include/\/opt\/cuda\/include/g' configure | ||
| - | sed -i 's/\/usr\/local\/cuda\/include/\/opt\/cuda\/include/g' configure | ||
| - | sed -i 's/\/usr\/local\/cuda\/lib/\/opt\/cuda\/lib/g' configure | ||
| - | # Remplacement de la version de librairie par son modele 64 bits | ||
| - | sed -i 's/\/opt\/cuda\/lib/\/opt\/cuda\/lib64/g' configure | ||
| - | # | ||
| - | sed -i 's/6464/64/g' configure | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | Génération du ''Makefile'', compilation et installation :<code> | ||
| - | # Generation du Makefile | ||
| - | ./configure $ARCH OPENGL TK FLTK XINPUT NETCDF CONTRIB TCL PYTHON PTHREADS CUDA | ||
| - | cd src | ||
| - | # Compilation | ||
| - | make | ||
| - | # installation du programme et des librairies (il est supposé que l'installateur a les droits sudo) | ||
| - | sudo make install | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | Quelques commandes cosmétiques supplémentaires :<code> | ||
| - | cd /opt | ||
| - | ln -s $VMDINSTALLNAME vmd | ||
| - | cd vmd | ||
| - | chown -R root.root * | ||
| - | cd /usr/local/bin | ||
| - | ln -s $VMDINSTALLNAME vmd | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | ==== Compilation et installation de VMD version OpenCL ==== | ||
| - | |||
| - | Le fichier ''configure'' de VMD n'est pas traditionnel : il n'est pas possible de paramétrer les variables à l'appel de la commande. | ||
| - | |||
| - | Pour positionner les chemins des différentes librairies, voici quelques commandes :<code> | ||
| - | cd $VMDINSTALLNAME | ||
| - | mkdir lib/python | ||
| - | ln -s /usr lib/python/lib_$ARCH | ||
| - | mkdir lib/tcl | ||
| - | ln -s /usr/lib lib/tcl/lib | ||
| - | ln -s /usr/include/tcl8.5 lib/tcl/include | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | Configuration minimale du fichier ''configure'' pour pointer vers la librairie OpenCL de ATI/AMD. Il est supposé que ''OpenCL'' est installée dans ''/opt/AMDAPP'' (version 2.5 du SDK) et est appelée en 64 bits : | ||
| - | |||
| - | Version pour SDK AMD/ATI installé dans ''/opt/AMDAPP'' | ||
| - | <code> | ||
| - | # Premiere substitution | ||
| - | sed -i 's/\#\$opencl_library/\$opencl_library\ =\ \"\-L\/opt\/AMD\-APP\-SDK\/lib\/x86_64\"\;\n\#\$opencl_library/g' configure | ||
| - | # Seconde substitution | ||
| - | sed -e 's/\/usr\/include\/CL/\/opt\/AMD\-APP\-SDK\/include/g' configure | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | Génération du ''Makefile'', compilation et installation :<code> | ||
| - | # Generation du Makefile | ||
| - | ./configure $ARCH OPENGL TK FLTK XINPUT NETCDF CONTRIB TCL PYTHON PTHREADS OPENCL | ||
| - | cd src | ||
| - | # Compilation | ||
| - | make | ||
| - | # installation du programme et des librairies (il est supposé que l'installateur a les droits sudo) | ||
| - | sudo make install | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | Quelques commandes cosmétiques supplémentaires :<code> | ||
| - | cd /opt | ||
| - | ln -s $VMDINSTALLNAME vmd | ||
| - | cd vmd | ||
| - | chown -R root.root * | ||
| - | cd /usr/local/bin | ||
| - | ln -s $VMDINSTALLNAME vmd | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | |||
| - | --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2011/09/20 21:45// | ||