Installation de Molden sur Debian Stretch

Molden

Molden est un logiciel de prétraitement et de posttraitement de structure électronique et moléculaire.

Sa licence autorise un usage non commercial. Pour tout usage commercial, veuillez suivre ce lien

Préparation du système et compilation

La procédure qui suit décrit l'installation de Molden dans le répertoire /opt.

Dès que vous êtes en accord avec la licence, vous pouvez procéder à son téléchargement et son installation

  1. Installation de paquets Debian indispensables :
    # Si vous ne disposez pas de pilotes propriétaires installés supportant OpenGL : 
    
    # Les paquets suivants sont nécessaires
    apt-get install libx11-dev libgl1-mesa-dev libglu1-mesa-dev  xutils-dev x11proto-gl-dev mesa-common-dev
  2. Récupération sur le site de Molden (au 2 juin 2017, la version courante est la 5.7) :
    cd /root
    wget ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/molden5.7.tar.gz
  3. Ouverture de l'archive :
    cd /opt
    tar xvf /root/molden5.7.tar.gz
  4. Définition de la racine de Molden
    export MOLDEN=/opt/molden5.7
  5. Passage dans l'archive :
    cd $MOLDEN
  6. Paramétrage du makefile en changeant le compilateur g77 par gfortran :
    sed -e 's/FC = g77/FC = gfortran/' -i~ makefile
    sed -e 's/CC = cc/CC = gcc/' -i~ makefile
  7. Lancement de la compilation :
    make
    1. si la compilation se passe bien, 4 exécutables doivent être disponibles :
      [ $(ls gmolden molden surf/surf ambfor/ambfor | wc -l) -eq 4 ] && echo "OK" || echo "KO"
    2. si le retour de la commande précédente est “KO”, il y a certainement eu un problème
  8. Etablissement des liens :
    ln -s $MOLDEN /opt/molden
    ln -s /opt/molden/gmolden /usr/local/bin/gmolden
    ln -s /opt/molden/molden /usr/local/bin/molden
    ln -s /opt/molden/surf/surf /usr/local/bin/surf
    ln -s /opt/molden/ambfor/ambfor /usr/local/bin/ambfor
  9. Positionnement des droits :
    cd $MOLDEN
    chown -R root.root *
    chmod -R og+r *
    find . -type d -exec chmod og+rx {} \;

Exécution des exemples

Voici quelques exemples à exécuter à partir de la racine d'installation de molden :

export MOLDEN=/opt/molden
find $MOLDEN/test/*test -exec $MOLDEN/molden {} > {}.log \; 
developpement/activites/integration/molden4stretch.txt · Dernière modification: 2017/06/02 10:30 par equemene