developpement:activites:integration:lammps4wheezy

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- developpement:activites:integration:lammps4wheezy [2013/05/23 11:13]
equemene [Compilation avec FFTW et OpenMPI]
+++ developpement:activites:integration:lammps4wheezy [2015/01/07 10:04] (Version actuelle)
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   * [[developpement:activites:integration|Integration]]
-====== Installation de LAMMPS sur Debian Wheezy ======
+====== Installation de LAMMPS sur GPU sur Debian Wheezy ======
+<note important>En construction</note>
 Lammps est disponible en [[http://packages.debian.org/stable/main/lammps|version 20120615]] dans la distribution Wheezy.
 Lammps est également disponible dans sa [[http://packages.debian.org/unstable/main/lammps|version 20130503]] dans la Sid au 22 mai 2013 : un rétroportage simple suffit à sa compilation.
-Il peut cependant être nécessaire de le recompiler soi-même pour dans le cadre d'applications très spécifiques.
 ===== Préparation du système =====
 <code>
-apt-get install
+apt-get install -y gfortran g++ libquadmath0 libblas3 liblapack3 libgfortran3 liblapack-dev openmpi-bin libopenmpi-dev
 </code>
-===== Téléchargement & préparation =====
+===== Téléchargement  =====
 <note important>Toutes les commandes sont à effectuer comme ''root''</note>
+Alors, à l'origine, c'était plus simple de récupérer l'archive et de compiler LAMMPS à partir des sources récupérées dans ce bloc... Mais la version du 30 septembre archivée ne COMPILE PAS DU TOUT !
+Par la récupération de l'archive directement, plutôt déconseillé :
   - Récupération de la [[http://lammps.sandia.gov/download.html|dernière version]] sur le site de Sandia : <code>cd /root
 wget -m -nd http://lammps.sandia.gov/tars/lammps.tar.gz</code>
   - Ouverture de l'archive :<code>cd /opt
-tar xvf /root/lammps.tar.gz</code>
+tar xzf /root/lammps.tar.gz</code>
-  - Changement des droits : <code>chown -R root.root lammps-*</code>
+  - Changement des droits : <code>chown -R root.root $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }')</code>
-  - Etablissement d'un lien générique : <code>ln -s $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }') lammps</code>
+  - Etablissement d'un lien générique : <code>[ -h lammps ] && rm lammps
-  - Passer dans l'archive :<code>cd $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }')</code>
+ln -sf $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }') lammps</code>
+Par la récupération de l'arbre SVN, plutôt conseillé maintenant :
+  - Récupération de l'arbre SVN sur le site de Sandia : <code>cd /opt
+svn co svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk lammps-$(date "+%Y%m%d")</code>
+  - Etablissement d'un lien générique : <code>[ -h lammps ] && rm lammps
+ln -sf lammps-$(date "+%Y%m%d") lammps</code>
+La suite, c'est commun :
+  - Passer dans l'archive :<code>cd lammps</code>
   - Paramétrer une variable de racine pour Lammps : <code>export LAMMPSROOT=$(pwd)</code>
   - Préparer le MPI local :<code>cd $LAMMPSROOT/src/STUBS
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 make
 </code>
-  - Préparer les librairies complémentaires :<code>
+===== Préparation des librairies connexes  =====
-# Compilation de la librairie MEAM
+  - Compilation de la librairie MEAM:<code>
 cd $LAMMPSROOT/lib/meam
 make -f Makefile.gfortran clean
 make -f Makefile.gfortran
 mv Makefile.lammps Makefile.lammps.intel
-ln -s Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps
+ln -s Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps</code>
+  - Compilation de la librairie COLVAR<code>
-# Compilation de la librairie COLVARS
 cd $LAMMPSROOT/lib/colvars
 make -f Makefile.g++ clean
-make -f Makefile.g++
+make -f Makefile.g++</code>
+  - Compilation de la librairie POEMS<code>
-# Compilation de la librairie POEMS
 cd $LAMMPSROOT/lib/poems
 make -f Makefile.g++ clean
-make -f Makefile.g++
+make -f Makefile.g++</code>
+  - Compilation de la librairie REAX :<code>
-# Compilation de la librairie REAX
 cd $LAMMPSROOT/lib/reax
 make -f Makefile.gfortran clean
 make -f Makefile.gfortran
 mv Makefile.lammps Makefile.lammps.intel
-ln -s Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps
+ln -s Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps </code>
+  - Compilation de la librairie AWPMD<code>cd $LAMMPSROOT/lib/awpmd
-# Compilation de la librairie AWPMD
+sed -i "s/mpic++/mpic++.openmpi/g" Makefile.openmpi
-cd $LAMMPSROOT/lib/awpmd
 make -f Makefile.openmpi clean
 make -f Makefile.openmpi
 </code>
-  - Compiler les éléments indispensables pour exécuter les exemples :<code>cd $LAMMPSROOT/src
+===== Activation des modules =====
+Compiler les éléments indispensables pour exécuter les exemples :<code>cd $LAMMPSROOT/src
 # activation de tous les modules
 make yes-all
 # suspension d'un module très specifique
-make no-gpu
 make no-user-cuda
-# suspension d'un module qui necessite une librairie supplementaire
+# suspension des modules qui font peter la compilation :-\
 make no-voronoi
 make no-user-reaxc
 make no-kim
+make no-user-omp
+make no-gpu
 </code>
 ===== Compilation basique=====
+=== Preparation de la librairie ATC couplée  ===
 <code>
-# Preparation de la librairie ATC complée avec MPI
 cd $LAMMPSROOT/lib/atc
 sed -e 's/\-O\ \-g/\-O\ \-g \-fpermissive/' -i~ Makefile.serial
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 make -f Makefile.serial
 </code>
+=== Compilation sans MPI ===
 <code>
 cd $LAMMPSROOT/src
+make yes-asphere
+make yes-kspace
 # lancer la compilation
 make serial
 </code>
-Si la compilation est réussie, un exécutable statique ''lmp_serial'', se trouve à la racine du dossier.
+Si la compilation est réussie, un exécutable ''lmp_cuda'', se trouve à la racine du dossier.
 ===== Compilation avec FFTW  =====
-Installation préliminaire
+=== Installation préliminaire ===
 <code>
-sudo apt-get install -y fftw2 fftw-dev
+sudo apt-get install -y fftw3 fftw-dev
 </code>
-Importation du Makefile [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.fftw|Makefile.fftw]] dans le répertoire $LAMMPSROOT/src/MAKE :<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
-cp Makefile.serial Makefile.fftw
+=== Preparation de la librairie ATC couplée  ===
-sed -i "s/FFT_INC\ =/FFT_INC\ =\ -DFFT_FFTW/g" Makefile.fftw
-sed -i "s/FFT_LIB\ =/FFT_LIB\ =\ -lfftw/g" Makefile.fftw
+<code>
+cd $LAMMPSROOT/lib/atc
+sed -e 's/\-O\ \-g/\-O\ \-g \-fpermissive/' -i~ Makefile.serial
+make -f Makefile.serial clean
+make -f Makefile.serial
 </code>
-Compilation
+=== Préparation du Makefile ===
-<code>cd $LAMMPSROOT/src
-make fftw</code>
+<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
+cp Makefile.serial Makefile.cuda_fftw
+sed -i "s/FFT_INC\ =/FFT_INC\ =\ -DFFT_FFTW3/g" Makefile.fftw
+sed -i "s/FFT_LIB\ =/FFT_LIB\ =\ -lfftw3/g" Makefile.fftw
+cd $LAMMPSROOT/src
+make yes-asphere
+make yes-kspace
+</code>
+=== Compilation ===
+<code>
+# lancer la compilation
+make fftw
+</code>
+Si la compilation est réussie, un exécutable ''lmp_fftw'', se trouve à la racine du dossier.
-Si la compilation est réussie, un exécutable statique ''lmp_fftw'', se trouve à la racine du dossier.
 ===== Compilation avec FFTW et OpenMPI =====
-Installation préliminaire
+=== Installation préliminaire ===
 <code>
 sudo apt-get install -y libopenmpi-dev openmpi-bin libopenmpi1.3 openmpi-common
-sudo apt-get install -y fftw2 fftw-dev
+sudo apt-get install -y libfftw3-3  fftw-dev
 </code>
-Importation du Makefile pour ATC et compilation [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.mpic++|Makefile.mpic++]] dans le répertoire ''$LAMMPSROOT/lib/atc'' :<code># Preparation de la librairie ATC complée avec MPI
+=== Préparation du Makefile pour ATC ===
+<code># Preparation de la librairie ATC couplée avec MPI
 cd $LAMMPSROOT/lib/atc
 cp Makefile.serial Makefile.mpic++
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 </code>
-Importation du Makefile [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.openmpi|Makefile.openmpi]] dans le répertoire ''$LAMMPSROOT/src/MAKE'' :<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
+=== Préparation du Makefile ===
-mv Makefile.openmpi Makefile.openmpi.orig
-wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.openmpi</code>
-Compilation
+<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
+sed -i "s/mpic++/mpic++.openmpi/g" Makefile.openmpi
+sed -i "s/FFT_INC\ =/FFT_INC\ =\ -DFFT_FFTW3/g" Makefile.openmpi
+sed -i "s/FFT_LIB\ =/FFT_LIB\ =\ -lfftw3/g" Makefile.openmpi
+cd $LAMMPSROOT/src
+make yes-asphere
+make yes-kspace
+</code>
+=== Compilation ===
 <code>cd $LAMMPSROOT/src
-make openmpi</code>
+make -j 4 openmpi</code>
+Si la compilation est réussie, un exécutable ''lmp_openmpi'', se trouve à la racine du dossier.
-Si la compilation est réussie, un exécutable statique ''lmp_openmpi'', se trouve à la racine du dossier.
 ===== Vérification de fonctionnement =====

developpement/activites/integration/lammps4wheezy.1369300408.txt.gz · Dernière modification: 2015/01/07 10:04 (modification externe)

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