Installation de LAMMPS sur Debian Wheezy

Lammps est disponible en version 20120615 dans la distribution Wheezy.

Lammps est également disponible dans sa version 20130503 dans la Sid au 22 mai 2013 : un rétroportage simple suffit à sa compilation.

Il peut cependant être nécessaire de le recompiler soi-même pour dans le cadre d'applications très spécifiques.

apt-get install

1. Récupération de la dernière version sur le site de Sandia :

   cd /root
   wget -m -nd http://lammps.sandia.gov/tars/lammps.tar.gz

2. Ouverture de l'archive :

   cd /opt
   tar xvf /root/lammps.tar.gz

3. Changement des droits :

   chown -R root.root lammps-*

4. Etablissement d'un lien générique :

   ln -s $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }') lammps

5. Passer dans l'archive :

   cd $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }')

6. Paramétrer une variable de racine pour Lammps :

   export LAMMPSROOT=$(pwd)

7. Préparer le MPI local :

   cd $LAMMPSROOT/src/STUBS
   make clean
   make

8. Préparer les librairies complémentaires :

   # Compilation de la librairie MEAM
   cd $LAMMPSROOT/lib/meam
   make -f Makefile.gfortran clean
   make -f Makefile.gfortran
   mv Makefile.lammps Makefile.lammps.intel
   ln -s Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps
   
   # Compilation de la librairie COLVARS
   cd $LAMMPSROOT/lib/colvars
   make -f Makefile.g++ clean
   make -f Makefile.g++
   
   # Compilation de la librairie POEMS
   cd $LAMMPSROOT/lib/poems
   make -f Makefile.g++ clean
   make -f Makefile.g++
   
   # Compilation de la librairie REAX
   cd $LAMMPSROOT/lib/reax
   make -f Makefile.gfortran clean
   make -f Makefile.gfortran
   mv Makefile.lammps Makefile.lammps.intel
   ln -s Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps  
          
   # Compilation de la librairie AWPMD
   cd $LAMMPSROOT/lib/awpmd
   make -f Makefile.openmpi clean
   make -f Makefile.openmpi
   

9. Compiler les éléments indispensables pour exécuter les exemples :

   cd $LAMMPSROOT/src
   # activation de tous les modules
   make yes-all
   # suspension d'un module très specifique
   make no-gpu
   make no-user-cuda
   # suspension d'un module qui necessite une librairie supplementaire
   make no-voronoi

# Preparation de la librairie ATC complée avec MPI
cd $LAMMPSROOT/lib/atc
sed -e 's/\-O\ \-g/\-O\ \-g \-fpermissive/' -i~ Makefile.serial
make -f Makefile.serial clean
make -f Makefile.serial

cd $LAMMPSROOT/src
# lancer la compilation
make serial

Si la compilation est réussie, un exécutable statique lmp_serial, se trouve à la racine du dossier.

Installation préliminaire

sudo apt-get install -y fftw2 fftw-dev

Importation du Makefile Makefile.fftw dans le répertoire $LAMMPSROOT/src/MAKE :

cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
mv Makefile.fftw Makefile.fftw.Intel
wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.fftw

Compilation

cd $LAMMPSROOT/src
make fftw

Si la compilation est réussie, un exécutable statique lmp_fftw, se trouve à la racine du dossier.

Installation préliminaire

sudo apt-get install -y libopenmpi-dev openmpi-bin libopenmpi1.3 openmpi-common
sudo apt-get install -y fftw2 fftw-dev

Importation du Makefile pour ATC et compilation Makefile.mpic++ dans le répertoire $LAMMPSROOT/lib/atc :

cd $LAMMPSROOT/lib/atc
wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.mpic++
# Preparation de la librairie ATC complée avec MPI
cd $LAMMPSROOT/lib/atc
make -f Makefile.mpic++ clean
make -f Makefile.mpic++

Importation du Makefile Makefile.openmpi dans le répertoire $LAMMPSROOT/src/MAKE :

cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
mv Makefile.openmpi Makefile.openmpi.orig
wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.openmpi

Compilation

cd $LAMMPSROOT/src
make openmpi

Si la compilation est réussie, un exécutable statique lmp_openmpi, se trouve à la racine du dossier.

La page Tools4Test et plus précisemment celle liée à Lammps détaille comment installer Lammps dans son environnement personnel (au CBP) et lancer quelques exemples.