Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente | ||
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developpement:activites:integration:gaussian4jessie [2015/03/20 09:01] equemene [Installation de Gaussian sous Debian Jessie] |
developpement:activites:integration:gaussian4jessie [2018/03/23 16:13] (Version actuelle) equemene [Introduction] |
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| Ligne 3: | Ligne 3: | ||
| ====== Installation de Gaussian sous Debian Jessie ====== | ====== Installation de Gaussian sous Debian Jessie ====== | ||
| - | <note warning>Migration de Wheezy vers Jessie</note> | ||
| Ligne 18: | Ligne 17: | ||
| Les notes qui vont suivre permettent pas à pas, moyennant des opérations assez lourdes (patcher un code propriétaire directement n'est pas une étape anodine), de récupérer un Gaussian fonctionnel... | Les notes qui vont suivre permettent pas à pas, moyennant des opérations assez lourdes (patcher un code propriétaire directement n'est pas une étape anodine), de récupérer un Gaussian fonctionnel... | ||
| - | Pour son utilisation, vous pouvez consulter le [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/dokuwiki/doku.php?id=tools4test|"pied à l'étrier"]] rédigé pour les applications scientifiques installées dans le cadre de la formation Atosim. | + | ===== Installation ===== |
| - Installation de quelques paquets Debian et leurs dépendances :<code> | - Installation de quelques paquets Debian et leurs dépendances :<code> | ||
| Ligne 39: | Ligne 38: | ||
| - Récupération du //patch// et son application pour compiler avec GFortran :<code> | - Récupération du //patch// et son application pour compiler avec GFortran :<code> | ||
| cd g09 | cd g09 | ||
| - | # pour une distribution Debian Wheezy sous 64 bits : | + | # pour une distribution Debian Jessie sous 64 bits : |
| - | wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/Gaussian/g09.wheezy64 | + | wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/Gaussian/g09.jessie64 |
| - | # La ligne suivante s'applique a la version pour la Debian Squeeze 64 bits | + | # La ligne suivante s'applique a la version pour la Debian Jessie 64 bits |
| - | patch -p 1 -i ./g09.wheezy64 | + | patch -p 1 -i ./g09.jessie64 |
| </code> | </code> | ||
| * La sortie doit présenter les lignes suivantes :<code> | * La sortie doit présenter les lignes suivantes :<code> | ||
| Ligne 63: | Ligne 62: | ||
| + | |||
| + | ===== Utilisation de Gaussian ===== | ||
| + | |||
| + | Avant toute utilisation de Gaussian dans la salle de formation, les commandes suivantes sont à appliquer :<code> | ||
| + | mkdir -p /local/$USER/Gaussian/tmp 2>/dev/null | ||
| + | export g09root=/opt | ||
| + | export GAUSS_SCRDIR=/local/$USER/Gaussian/tmp | ||
| + | . $g09root/g09/bsd/g09.profile | ||
| + | </code> | ||
| + | |||
| + | Il est recommandé, en cas d'utilisation récurrente de Gaussian, de copier les 4 lignes précédentes dans son ''$HOME/.bashrc''/ | ||
| ===== Test des compilations ===== | ===== Test des compilations ===== | ||
| - | Par défaut, le source de Gaussian comprend les résultats de tests sur architecture IA64 dans le dossier ''$g09root/g09/tests/ia64''. | + | Par défaut, le source de Gaussian comprend les résultats de tests sur architecture AMD64 dans le dossier ''$g09root/g09/tests/amd64''. |
| Pour exécuter tous les tests, voici la commande <code> | Pour exécuter tous les tests, voici la commande <code> | ||
| + | # Creation du dossier pour tous les jobs | ||
| + | mkdir -p /local/$USER/Gaussian/tmp | ||
| + | |||
| # A rajouter à la fin de son .bashrc | # A rajouter à la fin de son .bashrc | ||
| export g09root=/opt | export g09root=/opt | ||
| - | export GAUSS_SCRDIR=/tmp | + | export GAUSS_SCRDIR=/local/$USER/Gaussian/tmp |
| - | . $g09root/g09/bsd/g09.profile</code> | + | . $g09root/g09/bsd/g09.profile |
| + | </code> | ||
| Lancement de tous les tests :<code> | Lancement de tous les tests :<code> | ||
| - | mkdir $HOME/Gaussian | + | cd /local/$USER/Gaussian |
| - | cp $g09root/g09/tests/com/test*[0-9][0-9].com $HOME/Gaussian | + | cp $g09root/g09/tests/com/test*[0-9][0-9].com /local/$USER/Gaussian |
| - | cd $HOME/Gaussian | + | for i in $(seq 0 1 1044) |
| - | i=0 | + | |
| - | while [ $i -le 1044 ] | + | |
| do | do | ||
| if [ -f test$(printf "%04d" $i).com ]; then | if [ -f test$(printf "%04d" $i).com ]; then | ||
| { /usr/bin/time g09 test$(printf "%04d" $i).com ; } 2> test$(printf "%04d" $i).time | { /usr/bin/time g09 test$(printf "%04d" $i).com ; } 2> test$(printf "%04d" $i).time | ||
| fi | fi | ||
| - | i=$(($i+1)) | ||
| done | done | ||
| </code> | </code> | ||
| Ligne 90: | Ligne 101: | ||
| ===== Commandes annexes ===== | ===== Commandes annexes ===== | ||
| - | Pour établir les patchs à appliquer par rapport à l'archive de sources originelle, la commande suivante a été utilisée :<code>diff -crB g09 g09.work > g09.wheezy64</code> | + | Pour établir les patchs à appliquer par rapport à l'archive de sources originelle, la commande suivante a été utilisée :<code>diff -crB g09 g09.work > g09.jessie64</code> |
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| + | --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2015/03/23 09:50// | ||