Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente | ||
developpement:activites:integration:gaussian4jessie [2015/03/23 09:45] equemene [Test des compilations] |
developpement:activites:integration:gaussian4jessie [2018/03/23 16:13] equemene [Introduction] |
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Ligne 3: | Ligne 3: | ||
====== Installation de Gaussian sous Debian Jessie ====== | ====== Installation de Gaussian sous Debian Jessie ====== | ||
- | <note warning>Migration de Wheezy vers Jessie</note> | ||
Ligne 18: | Ligne 17: | ||
Les notes qui vont suivre permettent pas à pas, moyennant des opérations assez lourdes (patcher un code propriétaire directement n'est pas une étape anodine), de récupérer un Gaussian fonctionnel... | Les notes qui vont suivre permettent pas à pas, moyennant des opérations assez lourdes (patcher un code propriétaire directement n'est pas une étape anodine), de récupérer un Gaussian fonctionnel... | ||
- | Pour son utilisation, vous pouvez consulter le [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/dokuwiki/doku.php?id=tools4test|"pied à l'étrier"]] rédigé pour les applications scientifiques installées dans le cadre de la formation Atosim. | + | ===== Installation ===== |
- Installation de quelques paquets Debian et leurs dépendances :<code> | - Installation de quelques paquets Debian et leurs dépendances :<code> | ||
Ligne 39: | Ligne 38: | ||
- Récupération du //patch// et son application pour compiler avec GFortran :<code> | - Récupération du //patch// et son application pour compiler avec GFortran :<code> | ||
cd g09 | cd g09 | ||
- | # pour une distribution Debian Wheezy sous 64 bits : | + | # pour une distribution Debian Jessie sous 64 bits : |
- | wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/Gaussian/g09.wheezy64 | + | wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/Gaussian/g09.jessie64 |
- | # La ligne suivante s'applique a la version pour la Debian Squeeze 64 bits | + | # La ligne suivante s'applique a la version pour la Debian Jessie 64 bits |
- | patch -p 1 -i ./g09.wheezy64 | + | patch -p 1 -i ./g09.jessie64 |
</code> | </code> | ||
* La sortie doit présenter les lignes suivantes :<code> | * La sortie doit présenter les lignes suivantes :<code> | ||
Ligne 63: | Ligne 62: | ||
+ | |||
+ | ===== Utilisation de Gaussian ===== | ||
+ | |||
+ | Avant toute utilisation de Gaussian dans la salle de formation, les commandes suivantes sont à appliquer :<code> | ||
+ | mkdir -p /local/$USER/Gaussian/tmp 2>/dev/null | ||
+ | export g09root=/opt | ||
+ | export GAUSS_SCRDIR=/local/$USER/Gaussian/tmp | ||
+ | . $g09root/g09/bsd/g09.profile | ||
+ | </code> | ||
+ | |||
+ | Il est recommandé, en cas d'utilisation récurrente de Gaussian, de copier les 4 lignes précédentes dans son ''$HOME/.bashrc''/ | ||
===== Test des compilations ===== | ===== Test des compilations ===== | ||
Ligne 81: | Ligne 91: | ||
cd /local/$USER/Gaussian | cd /local/$USER/Gaussian | ||
cp $g09root/g09/tests/com/test*[0-9][0-9].com /local/$USER/Gaussian | cp $g09root/g09/tests/com/test*[0-9][0-9].com /local/$USER/Gaussian | ||
- | i=0 | + | for i in $(seq 0 1 1044) |
- | while [ $i -le 1044 ] | + | |
do | do | ||
if [ -f test$(printf "%04d" $i).com ]; then | if [ -f test$(printf "%04d" $i).com ]; then | ||
{ /usr/bin/time g09 test$(printf "%04d" $i).com ; } 2> test$(printf "%04d" $i).time | { /usr/bin/time g09 test$(printf "%04d" $i).com ; } 2> test$(printf "%04d" $i).time | ||
fi | fi | ||
- | i=$(($i+1)) | ||
done | done | ||
</code> | </code> | ||
Ligne 93: | Ligne 101: | ||
===== Commandes annexes ===== | ===== Commandes annexes ===== | ||
- | Pour établir les patchs à appliquer par rapport à l'archive de sources originelle, la commande suivante a été utilisée :<code>diff -crB g09 g09.work > g09.wheezy64</code> | + | Pour établir les patchs à appliquer par rapport à l'archive de sources originelle, la commande suivante a été utilisée :<code>diff -crB g09 g09.work > g09.jessie64</code> |
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