Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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developpement:activites:integration:dnabend4wheezy [2013/06/10 11:32] equemene [Installation des prérequis] |
developpement:activites:integration:dnabend4wheezy [2015/01/07 10:04] |
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| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| - | * [[developpement:activites:integration|Integration]] | ||
| - | ====== Intégration de DNABend sur une Debian Wheezy ====== | ||
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| - | Il n'existe aucune version de DNABend dans la Debian, ni dans Squeeze, ni même dans Sid. | ||
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| - | ===== Compilation de l'application ===== | ||
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| - | ==== Installation des prérequis ==== | ||
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| - | Comme nous allons le découvrir à la compilation, DNABend, dans sa version "standard", ne compile qu'avec la version la plus vieille de G++ intégrée dans la Debian Wheezy, la version 4.4. Il existe également une forte dépendance à GSL | ||
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| - | <code> | ||
| - | apt-get install libc6 libc6-i386 libgcc1 libgsl0ldbl libstdc++6 g++-4.4 libgsl0-dev libstdc++6-4.4-dev | ||
| - | </code> | ||
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| - | ==== Récupération des sources ==== | ||
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| - | Le téléchargement du code suppose l'acceptation de la licence académique associée. | ||
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| - | <code> | ||
| - | cd /root | ||
| - | wget http://nucleosome.rutgers.edu/nucleosome/DNABEND_1.1.tgz | ||
| - | </code> | ||
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| - | ==== Expansion de l'archive ==== | ||
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| - | <code> | ||
| - | cd /opt | ||
| - | tar xzf /root/DNABEND_1.1.tgz | ||
| - | </code> | ||
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| - | ==== Modification des sources ==== | ||
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| - | <code> | ||
| - | mv /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile.orig | ||
| - | wget -O /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile http://www.cbp.ens-lyon.fr/software/DNABEND/Makefile.DNABEND | ||
| - | sed -i 's/<string>/<string.h>/g' /opt/DNABEND_1.1/include/dna_parameters.h | ||
| - | </code> | ||
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| - | ==== Compilation ==== | ||
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| - | <code> | ||
| - | cd /opt/DNABEND_1.1/source | ||
| - | make clean | ||
| - | make esolve | ||
| - | make edesign | ||
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| - | Les exécutables se trouvent dans ''/opt/DNABEND_1.1'' : ''edesign'' et ''esolve''. | ||
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| - | ==== Installation ==== | ||
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| - | ===== Exécution des tests ===== | ||
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| - | --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2013/06/09 21:44// | ||