Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente | ||
developpement:activites:integration:dnabend4wheezy [2013/06/09 23:37] equemene [Compilation] |
developpement:activites:integration:dnabend4wheezy [2013/06/10 11:35] equemene [Installation des prérequis] |
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Ligne 3: | Ligne 3: | ||
====== Intégration de DNABend sur une Debian Wheezy ====== | ====== Intégration de DNABend sur une Debian Wheezy ====== | ||
- | Il n'existe aucune version de Siesta dans la Debian, ni dans Squeeze, ni même dans Sid. | + | Il n'existe aucune version de DNABend dans la Debian, ni dans Squeeze, ni même dans Sid. |
===== Compilation de l'application ===== | ===== Compilation de l'application ===== | ||
Ligne 9: | Ligne 9: | ||
==== Installation des prérequis ==== | ==== Installation des prérequis ==== | ||
- | <code> | + | Comme nous allons le découvrir à la compilation, DNABend, dans sa version "standard", ne compile qu'avec la version la plus vieille de G++ intégrée dans la Debian Wheezy, la version 4.4. Il existe également une forte dépendance à GSL |
+ | <code> | ||
+ | apt-get install libc6 libc6-i386 libgcc1 libgsl0ldbl libstdc++6 g++-4.4 libgsl0-dev libstdc++6-4.4-dev | ||
</code> | </code> | ||
+ | La commande pour récupérer les dépendances en librairies utilisées est : <code> | ||
+ | ldd ../bin/esolve | awk '{ print $1 }' | xargs -I '{}' dpkg -S '{}' | awk -F':' '{ print $1 }' | sort -u | tr '\n' ' ' | ||
+ | </code> | ||
==== Récupération des sources ==== | ==== Récupération des sources ==== | ||
Ligne 19: | Ligne 24: | ||
<code> | <code> | ||
cd /root | cd /root | ||
- | wget | + | wget http://nucleosome.rutgers.edu/nucleosome/DNABEND_1.1.tgz |
</code> | </code> | ||
Ligne 26: | Ligne 31: | ||
<code> | <code> | ||
cd /opt | cd /opt | ||
- | tar xzf | + | tar xzf /root/DNABEND_1.1.tgz |
- | cd | + | |
</code> | </code> | ||
- | ==== Compilation ==== | + | ==== Modification des sources ==== |
- | * modification du ''Makefile'' | + | <code> |
- | * compilateur g++-4.4 indispensable | + | mv /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile.orig |
- | * | + | wget -O /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile http://www.cbp.ens-lyon.fr/software/DNABEND/Makefile.DNABEND |
- | * modification de ''dna_parameters.h'' | + | sed -i 's/<string>/<string.h>/g' /opt/DNABEND_1.1/include/dna_parameters.h |
- | * changement de <string> en <string.h> | + | </code> |
- | + | ==== Compilation ==== | |
- | ==== Installation ==== | + | |
<code> | <code> | ||
+ | cd /opt/DNABEND_1.1/source | ||
+ | make clean | ||
+ | make esolve | ||
+ | make edesign | ||
</code> | </code> | ||
+ | |||
+ | Les exécutables se trouvent dans ''/opt/DNABEND_1.1'' : ''edesign'' et ''esolve''. | ||
+ | |||
===== Exécution des tests ===== | ===== Exécution des tests ===== |