Intégration de DNABend sur une Debian Wheezy

Il n'existe aucune version de DNABend dans la Debian, ni dans Squeeze, ni même dans Sid.

Compilation de l'application

Installation des prérequis

Comme nous allons le découvrir à la compilation, DNABend, dans sa version “standard”, ne compile qu'avec la version la plus vieille de G++ intégrée dans la Debian Wheezy, la version 4.4. Il existe également une forte dépendance à GSL

apt-get install libc6 libc6-i386 libgcc1 libgsl0ldbl libstdc++6 g++-4.4 libgsl0-dev libstdc++6-4.4-dev

La commande pour récupérer les dépendances en librairies utilisées est :

ldd ../bin/esolve | awk '{ print $1 }' | xargs -I '{}' dpkg -S '{}' | awk -F':' '{ print $1 }' | sort -u | tr '\n' ' '

Récupération des sources

Le téléchargement du code suppose l'acceptation de la licence académique associée.

cd /root
wget http://nucleosome.rutgers.edu/nucleosome/DNABEND_1.1.tgz

Expansion de l'archive

cd /opt
tar xzf /root/DNABEND_1.1.tgz

Modification des sources

mv /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile.orig
wget -O /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile http://www.cbp.ens-lyon.fr/software/DNABEND/Makefile.DNABEND
sed -i 's/<string>/<string.h>/g' /opt/DNABEND_1.1/include/dna_parameters.h

Compilation

cd /opt/DNABEND_1.1/source
make clean
make esolve
make edesign

Les exécutables se trouvent dans /opt/DNABEND_1.1 : edesign et esolve.

Exécution des tests



Emmanuel Quemener 2013/06/09 21:44

developpement/activites/integration/dnabend4wheezy.txt · Dernière modification: 2015/01/07 10:04 (modification externe)