developpement:activites:integration:cp2k4wheezy

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- developpement:activites:integration:cp2k4wheezy [2013/11/10 10:39]
equemene
+++ developpement:activites:integration:cp2k4wheezy [2015/01/07 10:04] (Version actuelle)
@@ Ligne 22: / Ligne 22: @@
 En plus d'un compilateur fortran, CP2K a besoin d'un certain nombre de librairies FFTW3, ATLAS ou OpenBLAS :
-<code>sudo apt-get install gfortran libfftw3-dev liblapack-dev python-support bison flex byacc libopenblas-dev libatlas-dev</code>
+<code>sudo apt-get install gfortran libfftw3-dev liblapack-dev python-support bison flex byacc libopenblas-dev libatlas-dev libint-dev</code>
-==== Installation pour une compilation parallèle ====
+==== Installation pour une compilation parallèle avec OpenMP ====
+Dans le cas d'une compilation parallèle avec OpenMP :
+<code>sudo apt-get install libgomp1</code>
+==== Installation pour une compilation parallèle avec MPI ====
 <code>sudo apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev libblacs-mpi-dev libscalapack-mpi-dev libfftw3-mpi-dev </code>
@@ Ligne 32: / Ligne 36: @@
 Il est nécessaire de disposer de la ligne suivante dans son ''/etc/apt/sources.list'' :<code>deb-src http://ftp.de.debian.org/debian/ sid main contrib non-free</code>
-<code>apt-get source libxc
+<code>apt-get install pbuilder
-sudo apt-get build-dep libxc
+aptitude update
-cd libxc-2.0.2
+cd /tmp
+apt-get source libxc
+sudo apt-get build-dep -y libxc
+cd libxc-2.*
 debuild
 cd ..
-sudo dpkg -i libxc1_2.0.2-1_amd64.deb libxc-dev_2.0.2-1_amd64.deb
+sudo dpkg -i libxc*_amd64.deb
 </code>
@@ Ligne 53: / Ligne 60: @@
 ln -s cp2k-$(date "+%Y%m%d") cp2k
 </code>
-  - Téléchargement par SVN de la branche 2.4 :<code>
+  - Téléchargement par SVN de la branche 2.5 :<code>
 cd /opt
-svn checkout svn://svn.code.sf.net/p/cp2k/code/branches/cp2k-2_4-branch cp2k-2.4
+svn checkout svn://svn.code.sf.net/p/cp2k/code/branches/cp2k-2_5-branch cp2k-2.5
-ln -s cp2k-2.4 cp2k
+ln -s cp2k-2.5/cp2k cp2k
 </code>
-  - Téléchargement de l'archive 2.4 :<code>wget -O /root/cp2k-2.4.0.tar.bz2 http://sourceforge.net/projects/cp2k/files/cp2k-2.4.0.tar.bz2
+  - Téléchargement de l'archive 2.5.1 :<code>wget -O /root/cp2k-2.5.1.tar.bz2 http://sourceforge.net/projects/cp2k/files/cp2k-2.5.1.tar.bz2/download
 cd /opt
-tar jxf /root/cp2k-2.4.0.tar.bz2
+tar jxf /root/cp2k-2.5.1.tar.bz2
-ln -s cp2k-2.4.0 cp2k
+ln -s cp2k-2.5.1 cp2k
 </code>
@@ Ligne 81: / Ligne 88: @@
 <code>
-cd $CP2K_HOME/makefiles
 wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.sopt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.sopt
+cd $CP2K_HOME/makefiles
+make distclean
 time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=sopt
 </code>
@@ Ligne 88: / Ligne 96: @@
 == Pour l'utilisation de ATLAS ==
 <code>
-cd $CP2K_HOME/makefiles
 wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.sopt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.sopt
+cd $CP2K_HOME/makefiles
+make distclean
 time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=sopt
 </code>
+==== Compilation et exécution en mode parallèle ====
-==== Compilation et exécution en mode parallèle sous MPI ====
+=== Compilation en mode OpenMP ===
+C'est ici que vont servir les paquets OpenMPI, Blacs et Scalapack.
+Les ''Makefile'' [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp|Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp]] et [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp|Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp]] ont été adaptés pour exploiter le socle Debian Wheezy.
+== Pour l'utilisation de OpenBLAS ==
+<code>
+cd $CP2K_HOME/makefiles
+wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp
+time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=ssmp
+</code>
+== Pour l'utilisation de ATLAS ==
+<code>
+cd $CP2K_HOME/makefiles
+wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp
+time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=ssmp
+</code>
 === Compilation en mode MPI ===
@@ Ligne 102: / Ligne 130: @@
 == Pour l'utilisation de OpenBLAS ==
 <code>
 cd $CP2K_HOME/makefiles
-wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.sopt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.popt
+wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.popt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.popt
-time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=popt
+time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=popt
 </code>
@@ Ligne 111: / Ligne 140: @@
 <code>
 cd $CP2K_HOME/makefiles
-wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.sopt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.sopt
+wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.popt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.popt
-time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=sopt
+time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=popt
 </code>
+=== Compilation en mode hybride OpenMP/MPI ===
+C'est ici que vont servir les paquets OpenMP, OpenMPI, Blacs et Scalapack.
+Les ''Makefile'' [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp|Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp]] et [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp|Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp]] ont été adaptés pour exploiter le socle Debian Wheezy.
+== Pour l'utilisation de OpenBLAS ==
+<code>
+cd $CP2K_HOME/makefiles
+wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp
+time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=psmp
+</code>
+== Pour l'utilisation de ATLAS ==
+<code>
+cd $CP2K_HOME/makefiles
+wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp
+time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=psmp
+</code>
 ===== Exécution d'un exemple =====
@@ Ligne 129: / Ligne 177: @@
- --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2013/11/09 20:13//
+ --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2014/05/21 15:05//

developpement/activites/integration/cp2k4wheezy.1384076360.txt.gz · Dernière modification: 2015/01/07 10:04 (modification externe)

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