developpement:activites:integration:abinit4wheezy

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- developpement:activites:integration:abinit4wheezy [2013/11/07 14:23]
equemene [Sur une machine 64 bits avec GPU Nvidia et la librairie MAGMA]
+++ developpement:activites:integration:abinit4wheezy [2014/06/11 17:58]
equemene
@@ Ligne 1: / Ligne 1: @@
   * [[developpement:activites:integration:|Intégration]]
-<note important>Modification le 25 octobre 2013 : passage en 7.4.3</note>
+<note important>Modification le 6 mai 7.6.4 : passage en 7.6.4</note>
 ====== Intégration de ABInit sur Debian Wheezy ======
+La version disponible dans Wheezy, et même dans Sid, est très ancienne (5.3.4 pour une version courante 7.6.4 au 6 mai 2014).
-La version disponible dans Wheezy, et même dans Sid, est très ancienne (5.3.4 pour une version courante 7.4.3 au 25 octobre 2013).
 ===== Installation des prérequis =====
@@ Ligne 15: / Ligne 14: @@
 <code>cd /root
-wget http://ftp.abinit.org/abinit-7.4.3.tar.gz</code>
+wget http://ftp.abinit.org/abinit-7.6.4.tar.gz</code>
 ===== Expansion de l'archive =====
@@ Ligne 21: / Ligne 20: @@
 <code>
 cd /root
-tar xzf /root/abinit-7.4.3.tar.gz
+tar xzf /root/abinit-7.6.4.tar.gz
-cd /root/abinit-7.4.3
+cd /root/abinit-7.6.4
 </code>
 Ce plus, de manière à pouvoir exécuter ces codes sur toutes les architectures, les ''mtune=native'' ont été remplacés.
-===== Sur une machine 64 bits =====
+===== Compilation & Installation =====
-==== Compilation ====
+==== Sur une machine 64 bits ====
+=== Compilation ===
 <code>
-OMPI_CC=/usr/bin/gcc-4.7 OMPI_CXX=/usr/bin/g++-4.7 OMPI_FC=/usr/bin/gfortran-4.7 CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.4.3 --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads"  --enable-bigdft --with-linalg-flavor=custom  --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib"
+OMPI_CC=/usr/bin/gcc-4.7 OMPI_CXX=/usr/bin/g++-4.7 OMPI_FC=/usr/bin/gfortran-4.7 CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.6.4 --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads -lfftw3"  --enable-bigdft --enable-exports --enable-fallbacks --with-linalg-flavor=custom  --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib"
-time make mj8
+time make mj4
 </code>
-==== Installation ====
+=== Installation ===
 <code>
@@ Ligne 43: / Ligne 45: @@
 TEMP=$PWD
 cd /opt
-[ -d abinit ] && rm abinit
+[ -d abinit ] && rm -f abinit
-ln -s abinit-7.4.3 abinit
+ln -s abinit-7.6.4 abinit
-cd $TEMP
 </code>
-===== Sur une machine 64 bits avec GPU Nvidia =====
+=== Compilation & Installation des FallBacks ===
+Les composants **linalg** et **bigdft** font péter la compilation. Ils en sont donc exclus sans ménagement !
+<code>
+cd $TEMP/fallbacks
+CC=/usr/bin/gcc-4.7 CXX=/usr/bin/g++-4.7 FC=/usr/bin/gfortran-4.7 CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" ./configure --prefix=/opt/abinit-7.6.4 --enable-linalg=no --enable-bigdft=no
+make
+make install
+rsync -a $TEMP/fallbacks/exports/ /opt/abinit-7.6.4/
+</code>
+==== Sur machine 64 bits avec GPU Nvidia ====
-==== Préparation (pas propre...) ====
+=== Préparation (pas propre...) ===
 Normalement, le ''configure'' permet de spécifier les localisations des différents composants, mais cela ne semble pas fonctionner. Autant recréer un dosser ''/tmp/cuda'' contenant l'arborescence vers tous les composants CUDA :<code>
@@ Ligne 60: / Ligne 72: @@
 </code>
-==== Compilation ====
+=== Compilation ===
 <code>
 make distclean
-OMPI_CC=/usr/bin/gcc OMPI_CXX=/usr/bin/g++ OMPI_FC=/usr/bin/gfortran CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.4.3-cuda --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads"  --enable-bigdft --with-linalg-flavor=custom  --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib" --enable-gpu --with-gpu-prefix="/tmp/cuda"
+OMPI_CC=/usr/bin/gcc OMPI_CXX=/usr/bin/g++ OMPI_FC=/usr/bin/gfortran CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.6.4-cuda --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads"  --enable-bigdft --with-linalg-flavor=custom  --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib" --enable-gpu --with-gpu-prefix="/tmp/cuda"
+make mj4
 </code>
-==== Installation ====
+=== Installation ===
 <code>
@@ Ligne 76: / Ligne 89: @@
 </code>
-===== Machine 64 bits, GPU Nvidia, librairie MAGMA =====
+==== Sur machine 64 bits, GPU Nvidia, librairie MAGMA ====
 Par défaut, la librairie Magma est installée dans ''/opt/magma/lib'' et directement visible par le système : ''/etc/ld.so.conf.d/magma.conf'' avec ce chemin.
@@ Ligne 82: / Ligne 95: @@
 Pour l'installation de Magma sous Debian Wheezy, le CBP propose cette  [[developpement:activites:integration:magma4wheezy|documentation]].
-==== Compilation ====
+=== Compilation ===
 <code>
 make distclean
-OMPI_CC=/usr/bin/gcc OMPI_CXX=/usr/bin/g++ OMPI_FC=/usr/bin/gfortran CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.4.3-magma --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads"  --enable-bigdft --with-linalg-flavor="custom+magma" --with-linalg-incs="-I/opt/magma/include" --with-linalg-libs="-L/opt/magma/lib -lmagma" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib" --enable-gpu --with-gpu-prefix="/tmp/cuda"
+OMPI_CC=/usr/bin/gcc OMPI_CXX=/usr/bin/g++ OMPI_FC=/usr/bin/gfortran CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.6.4-magma --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads"  --enable-bigdft --with-linalg-flavor="custom+magma" --with-linalg-incs="-I/opt/magma/include" --with-linalg-libs="-L/opt/magma/lib -lmagma" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib" --enable-gpu --with-gpu-prefix="/tmp/cuda"
+make mj4
 </code>
-===== Sur une machine 32 bits =====
+==== Sur une machine 32 bits ====
-==== Compilation ====
+=== Compilation ===
 <code>
-OMPI_CC=/usr/bin/gcc-4.7 OMPI_CXX=/usr/bin/g++-4.7 OMPI_FC=/usr/bin/gfortran-4.7 CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.4.3 --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/i386-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads"  --enable-bigdft --with-linalg-flavor=custom  --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib"
+OMPI_CC=/usr/bin/gcc-4.7 OMPI_CXX=/usr/bin/g++-4.7 OMPI_FC=/usr/bin/gfortran-4.7 CFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FCFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3 -ffree-form -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic -O3 -mssse3" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-7.6.4 --enable-openmp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --with-fft-flavor=fftw3-mpi --with-fft-libs="-L/usr/lib/i386-linux-gnu -lfftw3f -lfftw3_mpi -lfftw3f_threads -lfftw3_threads"  --enable-bigdft --with-linalg-flavor=custom  --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas" --with-etsf-io-incs="-I/usr/include" --with-fft-incs="-I/usr/include" --enable-netcdf --with-netcdf-incs="-I/usr/include" --with-netcdf-libs="-L/usr/lib"
 time make mj4
 </code>
-==== Installation ====
+=== Installation ===
 <code>
@@ Ligne 105: / Ligne 119: @@
 cd /opt
 [ -d abinit ] && rm abinit
-ln -s abinit-7.4.3 abinit
+ln -s abinit-7.6.4 abinit
 cd $TEMP
 </code>
@@ Ligne 113: / Ligne 127: @@
 <code>
 cd tests
-make tests_min
+make tests_bench
 </code>
- --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2013/11/07 14:18//
+ --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2014/05/06 10:32//

developpement/activites/integration/abinit4wheezy.txt · Dernière modification: 2015/01/07 10:04 (modification externe)

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