formation:insa2018gpu:insa2018gromacs4stretch

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formation:insa2018gpu:insa2018gromacs4stretch [2018/11/26 17:24] – equemeneformation:insa2018gpu:insa2018gromacs4stretch [2025/05/14 07:38] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
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 ====== Compilation et exécution du programme Gromacs en mode GPU ====== ====== Compilation et exécution du programme Gromacs en mode GPU ======
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 +[[formation:insa2018gpu|Retour aux travaux pratiques]]
  
 ===== Compilation du programme dans l'environnement du CBP ===== ===== Compilation du programme dans l'environnement du CBP =====
  
 La recette pour compiler Gromacs  avec un support GPU sur du Debian Stretch 9.0 est la suivante : La recette pour compiler Gromacs  avec un support GPU sur du Debian Stretch 9.0 est la suivante :
-  - Définition de la variable TIME pour la métrologie : <code>export TIME=$(cat '/etc/time_command.cfg')+  - Définition de la variable TIME pour la métrologie : <code>export TIME=$(cat '/etc/time_command.cfg')</code>
   - Création du dossier utilisateur :<code>mkdir /local/$USER</code>   - Création du dossier utilisateur :<code>mkdir /local/$USER</code>
   - Placement dans le dossier créé :<code>cd /local/$USER</code>   - Placement dans le dossier créé :<code>cd /local/$USER</code>
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     - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code>     - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code>
   - Lancement du code sur CPU :   - Lancement du code sur CPU :
-    - Effacement des fichiers créés :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code>+    - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code>
     - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp</code>     - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp</code>
     - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code>     - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code>
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