Compilation et exécution du programme Gromacs en mode GPU

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La recette pour compiler Gromacs avec un support GPU sur du Debian Stretch 9.0 est la suivante :

1. Définition de la variable TIME pour la métrologie :

   export TIME=$(cat '/etc/time_command.cfg')

2. Création du dossier utilisateur :

   mkdir /local/$USER

3. Placement dans le dossier créé :

   cd /local/$USER

4. Récupération du source

   wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2018.1.tar.gz

5. Expansion de l'archive :

   tar xzf gromacs-2018.1.tar.gz

6. Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :

   export GMXSRC=$PWD/gromacs-2018.1

7. Création d'un dossier de construction :

   mkdir gromacs-2018.1_build

8. Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :

   export GMXBUILD=$PWD/gromacs-2018.1_build

9. Création d'un dossier d'installation :

   mkdir gromacs-2018.1_install

10. Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :

    export GMXINSTALL=$PWD/gromacs-2018.1_install

11. Déplacement dans le dossier de construction :

    cd $GMXBUILD

12. Construction des tâches de compilation :

    CC=gcc-4.9 CXX=g++-4.9 cmake $GMXSRC -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$GMXINSTALL

13. Compilation du programme en mode parallèle :

    make -j 16 > GMX-Compile-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1

14. Exécution des tests :

    make check > GMX-Check-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1 

15. Installation du programme et ses dépendances :

    make install > GMX-Install-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1

1. Création du dossier de tests à la date du jour :

   mkdir -p /local/$USER/tests-$(date "+%Y%m%d")

2. Placement dans le dossier créé :

   cd /local/$USER/tests-$(date "+%Y%m%d")

3. Récupération des entrées Gromacs pour le test :

   wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/water_GMX50_bare.tar.gz

4. Expansion de l'archive récupérée :

   tar xzf water_GMX50_bare.tar.gz

5. Passage dans le dossier de paramètres :

   cd water-cut1.0_GMX50_bare/1536

6. Paramétrage de l'environnement :

   source $GMXINSTALL/bin/GMXRC

7. Lancement de l'exemple sur GPU :
   1. Initialisation de GROMACS :

      $GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp

   2. Lancement du calcul sur GPU :

      /usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1

8. Lancement du code sur CPU :
   1. Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :

      find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'

   2. Initialisation de GROMACS :

      $GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp

   3. Lancement du calcul sur GPU :

      /usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1

Les deux fichiers de sortie en *.out donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un grep sur le mot Elapsed extrait les temps d'exécution sur GPU et CPU.