developpement:activites:integration:dnabend4wheezy

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- developpement:activites:integration:dnabend4wheezy [2013/06/09 19:44] – créée equemene
+++ developpement:activites:integration:dnabend4wheezy [2013/06/10 09:35] (Version actuelle) – [Installation des prérequis] equemene
@@ Ligne 3: / Ligne 3: @@
 ====== Intégration de DNABend sur une Debian Wheezy ======
-Il n'existe aucune version de Siesta dans la Debian, ni dans Squeeze, ni même dans Sid.
+Il n'existe aucune version de DNABend dans la Debian, ni dans Squeeze, ni même dans Sid.
 ===== Compilation de l'application =====
@@ Ligne 9: / Ligne 9: @@
 ==== Installation des prérequis ====
-<code>
+Comme nous allons le découvrir à la compilation, DNABend, dans sa version "standard", ne compile qu'avec la version la plus vieille de G++ intégrée dans la Debian Wheezy, la version 4.4. Il existe également une forte dépendance à GSL
+<code>
+apt-get install libc6 libc6-i386 libgcc1 libgsl0ldbl libstdc++6 g++-4.4 libgsl0-dev libstdc++6-4.4-dev
 </code>
+La commande pour récupérer les dépendances en librairies utilisées est : <code>
+ldd ../bin/esolve | awk '{ print $1 }' | xargs -I '{}' dpkg -S '{}' | awk -F':' '{ print $1 }' | sort -u | tr '\n' ' '
+</code>
 ==== Récupération des sources ====
@@ Ligne 19: / Ligne 24: @@
 <code>
 cd /root
-wget
+wget http://nucleosome.rutgers.edu/nucleosome/DNABEND_1.1.tgz
 </code>
@@ Ligne 26: / Ligne 31: @@
 <code>
 cd /opt
-tar xzf
+tar xzf /root/DNABEND_1.1.tgz
-cd
 </code>
-==== Compilation ====
+==== Modification des sources ====
+<code>
+mv /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile.orig
+wget -O /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile http://www.cbp.ens-lyon.fr/software/DNABEND/Makefile.DNABEND
+sed -i 's/<string>/<string.h>/g' /opt/DNABEND_1.1/include/dna_parameters.h
+</code>
+==== Compilation ====
-==== Installation ====
 <code>
+cd /opt/DNABEND_1.1/source
+make clean
+make esolve
+make edesign
 </code>
+Les exécutables se trouvent dans ''/opt/DNABEND_1.1'' : ''edesign'' et ''esolve''.
 ===== Exécution des tests =====
@@ Ligne 47: / Ligne 60: @@
 </code>
- --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2012/09/03 11:13//
+ --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2013/06/09 21:44//

developpement/activites/integration/dnabend4wheezy.1370807066.txt.gz · Dernière modification : 2025/05/14 07:38 (modification externe)

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