Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

Les deux révisions précédentesRévision précédente
Prochaine révision
Révision précédente
developpement:activites:integration:cp2k4wheezy [2013/11/15 11:51] – [Compilation et exécution en mode Série] equemenedeveloppement:activites:integration:cp2k4wheezy [2025/05/14 07:38] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1
Ligne 24: Ligne 24:
 <code>sudo apt-get install gfortran libfftw3-dev liblapack-dev python-support bison flex byacc libopenblas-dev libatlas-dev libint-dev</code> <code>sudo apt-get install gfortran libfftw3-dev liblapack-dev python-support bison flex byacc libopenblas-dev libatlas-dev libint-dev</code>
  
-==== Installation pour une compilation parallèle ====+==== Installation pour une compilation parallèle avec OpenMP ==== 
 + 
 +Dans le cas d'une compilation parallèle avec OpenMP : 
 +<code>sudo apt-get install libgomp1</code> 
 +==== Installation pour une compilation parallèle avec MPI ====
  
 <code>sudo apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev libblacs-mpi-dev libscalapack-mpi-dev libfftw3-mpi-dev </code> <code>sudo apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev libblacs-mpi-dev libscalapack-mpi-dev libfftw3-mpi-dev </code>
Ligne 32: Ligne 36:
 Il est nécessaire de disposer de la ligne suivante dans son ''/etc/apt/sources.list'' :<code>deb-src http://ftp.de.debian.org/debian/ sid main contrib non-free</code> Il est nécessaire de disposer de la ligne suivante dans son ''/etc/apt/sources.list'' :<code>deb-src http://ftp.de.debian.org/debian/ sid main contrib non-free</code>
  
-<code>apt-get source libxc +<code>apt-get install pbuilder 
-sudo apt-get build-dep libxc +aptitude update 
-cd libxc-2.0.2+cd /tmp 
 +apt-get source libxc 
 +sudo apt-get build-dep -y libxc 
 +cd libxc-2.*
 debuild debuild
 cd .. cd ..
-sudo dpkg -i libxc1_2.0.2-1_amd64.deb libxc-dev_2.0.2-1_amd64.deb+sudo dpkg -i libxc*_amd64.deb
 </code> </code>
  
Ligne 53: Ligne 60:
 ln -s cp2k-$(date "+%Y%m%d") cp2k ln -s cp2k-$(date "+%Y%m%d") cp2k
 </code> </code>
-  - Téléchargement par SVN de la branche 2.:<code>+  - Téléchargement par SVN de la branche 2.:<code>
 cd /opt cd /opt
-svn checkout svn://svn.code.sf.net/p/cp2k/code/branches/cp2k-2_4-branch cp2k-2.4 +svn checkout svn://svn.code.sf.net/p/cp2k/code/branches/cp2k-2_5-branch cp2k-2.5 
-ln -s cp2k-2.4/cp2k cp2k+ln -s cp2k-2.5/cp2k cp2k
 </code> </code>
-  - Téléchargement de l'archive 2.:<code>wget -O /root/cp2k-2.4.0.tar.bz2 http://sourceforge.net/projects/cp2k/files/cp2k-2.4.0.tar.bz2+  - Téléchargement de l'archive 2.5.1 :<code>wget -O /root/cp2k-2.5.1.tar.bz2 http://sourceforge.net/projects/cp2k/files/cp2k-2.5.1.tar.bz2/download
 cd /opt cd /opt
-tar jxf /root/cp2k-2.4.0.tar.bz2 +tar jxf /root/cp2k-2.5.1.tar.bz2 
-ln -s cp2k-2.4.cp2k+ln -s cp2k-2.5.cp2k
 </code> </code>
  
Ligne 94: Ligne 101:
 time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=sopt  time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=sopt 
 </code> </code>
-==== Compilation et exécution en mode parallèle sous MPI ====+==== Compilation et exécution en mode parallèle ==== 
 + 
 +=== Compilation en mode OpenMP === 
 + 
 +C'est ici que vont servir les paquets OpenMPI, Blacs et Scalapack. 
 + 
 +Les ''Makefile'' [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp|Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp]] et [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp|Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp]] ont été adaptés pour exploiter le socle Debian Wheezy. 
 + 
 +== Pour l'utilisation de OpenBLAS == 
 +<code> 
 +cd $CP2K_HOME/makefiles 
 +wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp 
 +time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=ssmp  
 +</code> 
 + 
 +== Pour l'utilisation de ATLAS == 
 +<code> 
 +cd $CP2K_HOME/makefiles 
 +wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp 
 +time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=ssmp 
 +</code>
  
 === Compilation en mode MPI === === Compilation en mode MPI ===
Ligne 103: Ligne 130:
  
 == Pour l'utilisation de OpenBLAS == == Pour l'utilisation de OpenBLAS ==
 +
 <code> <code>
 cd $CP2K_HOME/makefiles cd $CP2K_HOME/makefiles
 wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.popt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.popt wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.popt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.popt
-time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=popt +time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=popt 
 </code> </code>
  
 == Pour l'utilisation de ATLAS == == Pour l'utilisation de ATLAS ==
 <code> <code>
 +cd $CP2K_HOME/makefiles
 +wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.popt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.popt
 +time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=popt 
 +</code>
  
 +=== Compilation en mode hybride OpenMP/MPI ===
  
 +C'est ici que vont servir les paquets OpenMP, OpenMPI, Blacs et Scalapack.
 +
 +Les ''Makefile'' [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp|Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp]] et [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp|Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp]] ont été adaptés pour exploiter le socle Debian Wheezy.
 +
 +== Pour l'utilisation de OpenBLAS ==
 +<code>
 cd $CP2K_HOME/makefiles cd $CP2K_HOME/makefiles
-wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.popt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.popt +wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp 
-time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=popt +time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=psmp 
 +</code> 
 + 
 +== Pour l'utilisation de ATLAS == 
 +<code> 
 +cd $CP2K_HOME/makefiles 
 +wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp 
 +time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=psmp
 </code> </code>
 ===== Exécution d'un exemple ===== ===== Exécution d'un exemple =====
Ligne 131: Ligne 177:
  
  
- --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2013/11/09 20:13//+ --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2014/05/21 15:05//
developpement/activites/integration/cp2k4wheezy.1384516282.txt.gz · Dernière modification : (modification externe)