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recherche:projets:biologiecel [2013/06/19 08:16] cicaluga [Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images] |
recherche:projets:biologiecel [2017/06/14 20:31] cicaluga [Contribution of CBP] |
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+ | * [[recherche:projets|Projets soutenus]] | ||
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===== Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images ===== | ===== Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images ===== | ||
- | {{:formation:stages:stage_rdp.png?nolink&200 |}}Coordination : Cerasela Calugaru et Annamaria Kiss | + | {{:formation:stages:stage_rdp.png?nolink&200 |}}Coordination : Cerasela Calugaru et Annamaria Kiss\\ |
+ | Etudiante stagiaire : Typhaine Moreau | ||
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* deliver the implementation as a plugin to existing computing platforms | * deliver the implementation as a plugin to existing computing platforms | ||
- | Atomic-level computer simulation using molecular dynamics require high-performance computing infrastructures, such as the one of the PSMN/ENS de Lyon. We are thus very grateful for the CPU time provided by the PSMN. In recent years the use of GPUs as computing units have become a very attractive alternative to CPUs. The CBP provides us access to several machines with GPU-acceleration. | + | * [[developpement:productions:logiciels:LevelSetMethod|Level Set Method]] |
+ | * [[developpement:productions:logiciels:AnisotropicBlur|Anisotropic Blur]] | ||
====== Contribution of CBP ====== | ====== Contribution of CBP ====== | ||
* Etude du code d’origine (écrit en Python), et une évaluation préliminaire du coût de la réécriture du code en C++, de son optimisation et parallélisation | * Etude du code d’origine (écrit en Python), et une évaluation préliminaire du coût de la réécriture du code en C++, de son optimisation et parallélisation | ||
+ | * Adaptation du code pour permettre la prise en compte du format de fichier .tif | ||
+ | * Expertise et adaptation du code pour utilisation sur de différents plateformes et architectures | ||
* Expertise au choix des méthodes numériques, programmation dans le cadre du projet | * Expertise au choix des méthodes numériques, programmation dans le cadre du projet | ||
+ | * Formation et soutien à la parallélisation avec OpenMP de codes des calcul développés | ||
+ | * Utilisation des ressources logistiques et informatiques (bureau, salle de réunion, salle des terminaux, etc.) | ||
+ | * Expertise au choix de la licence pour le nouveau logiciel écrit dans le cadre du projet | ||
+ | * Adaptation du code pour permettre des options supplémentaires | ||
+ | * Corrections de bogues pour améliorer la fiabilité du programme dans certains cas test | ||
+ | * Nous sommes très reconnaissants pour les ressources informatiques fournis par le PSMN. |