developpement:activites:integration:lammpsgpu4wheezy

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- developpement:activites:integration:lammpsgpu4wheezy [2013/10/22 07:31]
equemene [Activation des modules]
+++ developpement:activites:integration:lammpsgpu4wheezy [2015/01/07 10:04] (Version actuelle)
@@ Ligne 21: / Ligne 21: @@
 <note important>Toutes les commandes sont à effectuer comme ''root''</note>
+Alors, à l'origine, c'était plus simple de récupérer l'archive et de compiler LAMMPS à partir des sources récupérées dans ce bloc... Mais la version du 30 septembre archivée ne COMPILE PAS DU TOUT !
+Par la récupération de l'archive directement, plutôt déconseillé :
   - Récupération de la [[http://lammps.sandia.gov/download.html|dernière version]] sur le site de Sandia : <code>cd /root
 wget -m -nd http://lammps.sandia.gov/tars/lammps.tar.gz</code>
   - Ouverture de l'archive :<code>cd /opt
 tar xzf /root/lammps.tar.gz</code>
-  - Changement des droits : <code>chown -R root.root lammps-*</code>
+  - Changement des droits : <code>chown -R root.root $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }')</code>
-  - Etablissement d'un lien générique : <code>ln -s $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }') lammps</code>
+  - Etablissement d'un lien générique : <code>[ -h lammps ] && rm lammps
-  - Passer dans l'archive :<code>cd $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }')</code>
+ln -sf $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }') lammps</code>
+Par la récupération de l'arbre SVN, plutôt conseillé maintenant :
+  - Récupération de l'arbre SVN sur le site de Sandia : <code>cd /opt
+svn co svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk lammps-$(date "+%Y%m%d")</code>
+  - Etablissement d'un lien générique : <code>[ -h lammps ] && rm lammps
+ln -sf lammps-$(date "+%Y%m%d") lammps</code>
+La suite, c'est commun :
+  - Passer dans l'archive :<code>cd lammps</code>
   - Paramétrer une variable de racine pour Lammps : <code>export LAMMPSROOT=$(pwd)</code>
   - Préparer le MPI local :<code>cd $LAMMPSROOT/src/STUBS
@@ Ligne 33: / Ligne 46: @@
 make
 </code>
 ===== Préparation des librairies connexes  =====
@@ Ligne 57: / Ligne 69: @@
 ln -s Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps </code>
   - Compilation de la librairie AWPMD<code>cd $LAMMPSROOT/lib/awpmd
+sed -i "s/mpic++/mpic++.openmpi/g" Makefile.openmpi
 make -f Makefile.openmpi clean
 make -f Makefile.openmpi
@@ Ligne 75: / Ligne 88: @@
 # suspension d'un module très specifique
 make no-user-cuda
-# suspension d'un module qui necessite une librairie supplementaire
+# suspension des modules qui font peter la compilation :-\
 make no-voronoi
 make no-user-reaxc
-# La version du 30/09 de AWPMD faut peter la compilation !
-make no-user-awpmd
 make no-kim
+make no-user-omp
 </code>
 ===== Compilation basique=====
@@ Ligne 152: / Ligne 164: @@
 <code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
 cp Makefile.serial Makefile.cuda_fftw
-sed -i "s/FFT_INC\ =/FFT_INC\ =\ -DFFT_FFTW3/g" Makefile.fftw
+sed -i "s/FFT_INC\ =/FFT_INC\ =\ -DFFT_FFTW3/g" Makefile.cuda_fftw
-sed -i "s/FFT_LIB\ =/FFT_LIB\ =\ -lfftw3/g" Makefile.fftw
+sed -i "s/FFT_LIB\ =/FFT_LIB\ =\ -lfftw3/g" Makefile.cuda_fftw
 cd $LAMMPSROOT/src
 make yes-asphere
@@ Ligne 175: / Ligne 187: @@
 <code>
 sudo apt-get install -y libopenmpi-dev openmpi-bin libopenmpi1.3 openmpi-common
-sudo apt-get install -y fftw3 fftw-dev
+sudo apt-get install -y libfftw3-3  fftw-dev
 </code>
@@ Ligne 185: / Ligne 197: @@
 sed -i "s/g++/mpic++.openmpi/g" Makefile.mpic++
 sed -i "s/\-fpermissive/-fpermissive\ \-DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK/g" Makefile.mpic++
 make -f Makefile.mpic++ clean
 make -f Makefile.mpic++
@@ Ligne 191: / Ligne 202: @@
 === Préparation du Makefile pour GPU ===
+La librairie GPU doit être compilée en fonction du GPU à disposition : Nvidia fournit un tableau dans sa [[https://www.clear.rice.edu/comp422/resources/cuda/html/cuda-compiler-driver-nvcc/index.html|documentation]] permettant de choisir en fonction de sa carte. Le fichier à modifier est ''$LAMMPSROOT/lib/gpu/Makefile.linux''.
+Ce qu'il faut retenir :
+  * Pour une carte Tesla
+    * sm_10 : basique
+    * sm_11 : opérations atomiques en mémoire globale
+    * sm_12 : opérations atomiques en mémoire partagée
+    * sm_13 : support de la double précision
+  * Pour une carte Fermi :
+    * sm_20
+    * sm_21
+  * Pour une carte Kepler :
+    * sm_30
+    * sm_35
+Par exemple, une carte GTX Titan est équipé d'un circuit Kepler. Nous avons donc :<code>CUDA_ARCH = -arch=sm_30
+</code>
 Si les composants sont ceux des paquets Debian Wheezy, bindés dans ''/tmp/cuda''
 <code>
 cd $LAMMPSROOT/lib/gpu
+# Modification de la racine de CUDA
 sed -i 's/^CUDA_HOME/CUDA_HOME\ = \/tmp\/cuda\n#CUDA_HOME/g' Makefile.linux
+# Modification de l'architecture (ici une Kepler)
+sed -i 's/^CUDA_ARCH/# Kepler CUDA\nCUDA_ARCH\ =\ \-arch\=sm_30\n#CUDA_ARCH/g' Makefile.linux
+# Modification du compilateur mpic++ (force a OpenMPI)
+sed -i "s/mpic++/mpic++.openmpi/g" Makefile.linux
 make -f Makefile.linux clean
-make -f Makefile.linux
+make -j 4 -f Makefile.linux
 ./nvc_get_devices
 </code>
@@ Ligne 205: / Ligne 239: @@
 <code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
 cp Makefile.openmpi Makefile.cuda_openmpi
-sed -i "s/FFT_INC\ =/FFT_INC\ =\ -DFFT_FFTW3/g" Makefile.fftw
+sed -i "s/mpic++/mpic++.openmpi/g" Makefile.cuda_openmpi
-sed -i "s/FFT_LIB\ =/FFT_LIB\ =\ -lfftw3/g" Makefile.fftw
+sed -i "s/FFT_INC\ =/FFT_INC\ =\ -DFFT_FFTW3/g" Makefile.cuda_openmpi
+sed -i "s/FFT_LIB\ =/FFT_LIB\ =\ -lfftw3/g" Makefile.cuda_openmpi
 cd $LAMMPSROOT/src
 make yes-asphere
@@ Ligne 216: / Ligne 251: @@
 <code>cd $LAMMPSROOT/src
-make cuda_openmpi</code>
+make -j 4 cuda_openmpi</code>
 Si la compilation est réussie, un exécutable ''lmp_cuda_openmpi'', se trouve à la racine du dossier.

developpement/activites/integration/lammpsgpu4wheezy.1382419894.txt.gz · Dernière modification: 2015/01/07 10:04 (modification externe)

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