Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente Prochaine révision Les deux révisions suivantes | ||
|
developpement:activites:integration:lammps4wheezy [2013/05/23 11:47] equemene [Preparation de la librairie ATC couplée] |
developpement:activites:integration:lammps4wheezy [2013/11/11 04:20] equemene [Activation des modules] |
||
|---|---|---|---|
| Ligne 14: | Ligne 14: | ||
| apt-get install gfortran g++ libquadmath0 libblas3 liblapack3 libgfortran3 liblapack-dev | apt-get install gfortran g++ libquadmath0 libblas3 liblapack3 libgfortran3 liblapack-dev | ||
| </code> | </code> | ||
| - | ===== Téléchargement & préparation ===== | + | ===== Téléchargement ===== |
| <note important>Toutes les commandes sont à effectuer comme ''root''</note> | <note important>Toutes les commandes sont à effectuer comme ''root''</note> | ||
| Ligne 30: | Ligne 30: | ||
| make | make | ||
| </code> | </code> | ||
| + | |||
| + | ===== Préparation des librairies connexes ===== | ||
| + | |||
| - Préparer les librairies complémentaires :<code> | - Préparer les librairies complémentaires :<code> | ||
| # Compilation de la librairie MEAM | # Compilation de la librairie MEAM | ||
| Ligne 61: | Ligne 64: | ||
| </code> | </code> | ||
| + | |||
| + | ===== Activation des modules ===== | ||
| + | |||
| - Compiler les éléments indispensables pour exécuter les exemples :<code>cd $LAMMPSROOT/src | - Compiler les éléments indispensables pour exécuter les exemples :<code>cd $LAMMPSROOT/src | ||
| # activation de tous les modules | # activation de tous les modules | ||
| Ligne 71: | Ligne 77: | ||
| make no-user-reaxc | make no-user-reaxc | ||
| make no-kim | make no-kim | ||
| + | make no-user-omp | ||
| </code> | </code> | ||
| Ligne 98: | Ligne 105: | ||
| ===== Compilation avec FFTW ===== | ===== Compilation avec FFTW ===== | ||
| - | Installation préliminaire | + | === Installation préliminaire === |
| <code> | <code> | ||
| sudo apt-get install -y fftw3 fftw-dev | sudo apt-get install -y fftw3 fftw-dev | ||
| </code> | </code> | ||
| - | Importation du Makefile [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.fftw|Makefile.fftw]] dans le répertoire $LAMMPSROOT/src/MAKE :<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE | + | === Préparation du Makefile === |
| + | |||
| + | <code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE | ||
| cp Makefile.serial Makefile.fftw | cp Makefile.serial Makefile.fftw | ||
| sed -i "s/FFT_INC\ =/FFT_INC\ =\ -DFFT_FFTW3/g" Makefile.fftw | sed -i "s/FFT_INC\ =/FFT_INC\ =\ -DFFT_FFTW3/g" Makefile.fftw | ||
| Ligne 109: | Ligne 119: | ||
| </code> | </code> | ||
| - | Compilation | + | === Compilation === |
| + | |||
| <code>cd $LAMMPSROOT/src | <code>cd $LAMMPSROOT/src | ||
| make fftw</code> | make fftw</code> | ||
| Ligne 116: | Ligne 127: | ||
| ===== Compilation avec FFTW et OpenMPI ===== | ===== Compilation avec FFTW et OpenMPI ===== | ||
| - | Installation préliminaire | + | === Installation préliminaire === |
| <code> | <code> | ||
| sudo apt-get install -y libopenmpi-dev openmpi-bin libopenmpi1.3 openmpi-common | sudo apt-get install -y libopenmpi-dev openmpi-bin libopenmpi1.3 openmpi-common | ||
| Ligne 122: | Ligne 134: | ||
| </code> | </code> | ||
| - | Importation du Makefile pour ATC et compilation [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.mpic++|Makefile.mpic++]] dans le répertoire ''$LAMMPSROOT/lib/atc'' :<code># Preparation de la librairie ATC complée avec MPI | + | === Préparation du Makefile pour ATC === |
| + | |||
| + | <code># Preparation de la librairie ATC couplée avec MPI | ||
| cd $LAMMPSROOT/lib/atc | cd $LAMMPSROOT/lib/atc | ||
| cp Makefile.serial Makefile.mpic++ | cp Makefile.serial Makefile.mpic++ | ||
| Ligne 132: | Ligne 146: | ||
| </code> | </code> | ||
| - | Importation du Makefile [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.openmpi|Makefile.openmpi]] dans le répertoire ''$LAMMPSROOT/src/MAKE'' :<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE | + | === Préparation du Makefile pour Lammps === |
| + | |||
| + | <code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE | ||
| sed -i "s/\-lfftw/\-lfftw3/g" Makefile.openmpi</code> | sed -i "s/\-lfftw/\-lfftw3/g" Makefile.openmpi</code> | ||
| - | Compilation | + | |
| + | === Compilation === | ||
| + | |||
| <code>cd $LAMMPSROOT/src | <code>cd $LAMMPSROOT/src | ||
| make openmpi</code> | make openmpi</code> | ||