Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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developpement:activites:integration:lammps4wheezy [2013/05/23 09:45] equemene [Préparation du système] |
developpement:activites:integration:lammps4wheezy [2013/11/11 04:20] equemene [Activation des modules] |
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Ligne 12: | Ligne 12: | ||
<code> | <code> | ||
- | apt-get install | + | apt-get install gfortran g++ libquadmath0 libblas3 liblapack3 libgfortran3 liblapack-dev |
</code> | </code> | ||
- | ===== Téléchargement & préparation ===== | + | ===== Téléchargement ===== |
<note important>Toutes les commandes sont à effectuer comme ''root''</note> | <note important>Toutes les commandes sont à effectuer comme ''root''</note> | ||
Ligne 30: | Ligne 30: | ||
make | make | ||
</code> | </code> | ||
+ | |||
+ | ===== Préparation des librairies connexes ===== | ||
+ | |||
- Préparer les librairies complémentaires :<code> | - Préparer les librairies complémentaires :<code> | ||
# Compilation de la librairie MEAM | # Compilation de la librairie MEAM | ||
Ligne 61: | Ligne 64: | ||
</code> | </code> | ||
+ | |||
+ | ===== Activation des modules ===== | ||
+ | |||
- Compiler les éléments indispensables pour exécuter les exemples :<code>cd $LAMMPSROOT/src | - Compiler les éléments indispensables pour exécuter les exemples :<code>cd $LAMMPSROOT/src | ||
# activation de tous les modules | # activation de tous les modules | ||
Ligne 67: | Ligne 73: | ||
make no-gpu | make no-gpu | ||
make no-user-cuda | make no-user-cuda | ||
- | # suspension d'un module casse | + | # suspension d'un module qui necessite une librairie supplementaire |
+ | make no-voronoi | ||
+ | make no-user-reaxc | ||
make no-kim | make no-kim | ||
+ | make no-user-omp | ||
</code> | </code> | ||
===== Compilation basique===== | ===== Compilation basique===== | ||
+ | |||
+ | === Preparation de la librairie ATC couplée === | ||
<code> | <code> | ||
- | # Preparation de la librairie ATC complée avec MPI | + | |
cd $LAMMPSROOT/lib/atc | cd $LAMMPSROOT/lib/atc | ||
sed -e 's/\-O\ \-g/\-O\ \-g \-fpermissive/' -i~ Makefile.serial | sed -e 's/\-O\ \-g/\-O\ \-g \-fpermissive/' -i~ Makefile.serial | ||
Ligne 80: | Ligne 91: | ||
make -f Makefile.serial | make -f Makefile.serial | ||
</code> | </code> | ||
+ | |||
+ | === Compilation avec MPI === | ||
<code> | <code> | ||
Ligne 92: | Ligne 105: | ||
===== Compilation avec FFTW ===== | ===== Compilation avec FFTW ===== | ||
- | Installation préliminaire | + | === Installation préliminaire === |
<code> | <code> | ||
- | sudo apt-get install -y fftw2 fftw-dev | + | sudo apt-get install -y fftw3 fftw-dev |
</code> | </code> | ||
- | Importation du Makefile [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.fftw|Makefile.fftw]] dans le répertoire $LAMMPSROOT/src/MAKE :<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE | + | === Préparation du Makefile === |
- | mv Makefile.fftw Makefile.fftw.Intel | + | |
- | wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.fftw</code> | + | <code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE |
+ | cp Makefile.serial Makefile.fftw | ||
+ | sed -i "s/FFT_INC\ =/FFT_INC\ =\ -DFFT_FFTW3/g" Makefile.fftw | ||
+ | sed -i "s/FFT_LIB\ =/FFT_LIB\ =\ -lfftw3/g" Makefile.fftw | ||
+ | </code> | ||
- | Compilation | + | === Compilation === |
+ | |||
<code>cd $LAMMPSROOT/src | <code>cd $LAMMPSROOT/src | ||
make fftw</code> | make fftw</code> | ||
Ligne 108: | Ligne 127: | ||
===== Compilation avec FFTW et OpenMPI ===== | ===== Compilation avec FFTW et OpenMPI ===== | ||
- | Installation préliminaire | + | === Installation préliminaire === |
<code> | <code> | ||
sudo apt-get install -y libopenmpi-dev openmpi-bin libopenmpi1.3 openmpi-common | sudo apt-get install -y libopenmpi-dev openmpi-bin libopenmpi1.3 openmpi-common | ||
- | sudo apt-get install -y fftw2 fftw-dev | + | sudo apt-get install -y fftw3 fftw-dev |
</code> | </code> | ||
- | Importation du Makefile pour ATC et compilation [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.mpic++|Makefile.mpic++]] dans le répertoire ''$LAMMPSROOT/lib/atc'' :<code>cd $LAMMPSROOT/lib/atc | + | === Préparation du Makefile pour ATC === |
- | wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.mpic++ | + | |
- | # Preparation de la librairie ATC complée avec MPI | + | <code># Preparation de la librairie ATC couplée avec MPI |
cd $LAMMPSROOT/lib/atc | cd $LAMMPSROOT/lib/atc | ||
+ | cp Makefile.serial Makefile.mpic++ | ||
+ | sed -i "s/g++/mpic++.openmpi/g" Makefile.mpic++ | ||
+ | sed -i "s/\-fpermissive/-fpermissive\ \-DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK/g" Makefile.mpic++ | ||
+ | |||
make -f Makefile.mpic++ clean | make -f Makefile.mpic++ clean | ||
make -f Makefile.mpic++ | make -f Makefile.mpic++ | ||
</code> | </code> | ||
- | Importation du Makefile [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.openmpi|Makefile.openmpi]] dans le répertoire ''$LAMMPSROOT/src/MAKE'' :<code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE | + | === Préparation du Makefile pour Lammps === |
- | mv Makefile.openmpi Makefile.openmpi.orig | + | |
- | wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.openmpi</code> | + | <code>cd $LAMMPSROOT/src/MAKE |
+ | sed -i "s/\-lfftw/\-lfftw3/g" Makefile.openmpi</code> | ||
- | Compilation | + | === Compilation === |
+ | |||
<code>cd $LAMMPSROOT/src | <code>cd $LAMMPSROOT/src | ||
make openmpi</code> | make openmpi</code> |