Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente Prochaine révision Les deux révisions suivantes | ||
developpement:activites:integration:cp2k4wheezy [2013/11/10 10:48] equemene [Installation minimale] |
developpement:activites:integration:cp2k4wheezy [2014/05/24 01:59] equemene [Rétroportage de la librairie XC] |
||
---|---|---|---|
Ligne 24: | Ligne 24: | ||
<code>sudo apt-get install gfortran libfftw3-dev liblapack-dev python-support bison flex byacc libopenblas-dev libatlas-dev libint-dev</code> | <code>sudo apt-get install gfortran libfftw3-dev liblapack-dev python-support bison flex byacc libopenblas-dev libatlas-dev libint-dev</code> | ||
- | ==== Installation pour une compilation parallèle ==== | + | ==== Installation pour une compilation parallèle avec OpenMP ==== |
+ | |||
+ | Dans le cas d'une compilation parallèle avec OpenMP : | ||
+ | <code>sudo apt-get install libgomp1</code> | ||
+ | ==== Installation pour une compilation parallèle avec MPI ==== | ||
<code>sudo apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev libblacs-mpi-dev libscalapack-mpi-dev libfftw3-mpi-dev </code> | <code>sudo apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev libblacs-mpi-dev libscalapack-mpi-dev libfftw3-mpi-dev </code> | ||
Ligne 33: | Ligne 37: | ||
<code>apt-get source libxc | <code>apt-get source libxc | ||
- | sudo apt-get build-dep libxc | + | sudo apt-get build-dep -y libxc |
cd libxc-2.0.2 | cd libxc-2.0.2 | ||
debuild | debuild | ||
Ligne 53: | Ligne 57: | ||
ln -s cp2k-$(date "+%Y%m%d") cp2k | ln -s cp2k-$(date "+%Y%m%d") cp2k | ||
</code> | </code> | ||
- | - Téléchargement par SVN de la branche 2.4 :<code> | + | - Téléchargement par SVN de la branche 2.5 :<code> |
cd /opt | cd /opt | ||
- | svn checkout svn://svn.code.sf.net/p/cp2k/code/branches/cp2k-2_4-branch cp2k-2.4 | + | svn checkout svn://svn.code.sf.net/p/cp2k/code/branches/cp2k-2_5-branch cp2k-2.5 |
- | ln -s cp2k-2.4 cp2k | + | ln -s cp2k-2.5/cp2k cp2k |
</code> | </code> | ||
- | - Téléchargement de l'archive 2.4 :<code>wget -O /root/cp2k-2.4.0.tar.bz2 http://sourceforge.net/projects/cp2k/files/cp2k-2.4.0.tar.bz2 | + | - Téléchargement de l'archive 2.5.1 :<code>wget -O /root/cp2k-2.5.1.tar.bz2 http://sourceforge.net/projects/cp2k/files/cp2k-2.5.1.tar.bz2/download |
cd /opt | cd /opt | ||
- | tar jxf /root/cp2k-2.4.0.tar.bz2 | + | tar jxf /root/cp2k-2.5.1.tar.bz2 |
- | ln -s cp2k-2.4.0 cp2k | + | ln -s cp2k-2.5.1 cp2k |
</code> | </code> | ||
Ligne 81: | Ligne 85: | ||
<code> | <code> | ||
- | cd $CP2K_HOME/makefiles | ||
wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.sopt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.sopt | wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.sopt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.sopt | ||
+ | cd $CP2K_HOME/makefiles | ||
+ | make distclean | ||
time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=sopt | time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=sopt | ||
</code> | </code> | ||
Ligne 88: | Ligne 93: | ||
== Pour l'utilisation de ATLAS == | == Pour l'utilisation de ATLAS == | ||
<code> | <code> | ||
- | cd $CP2K_HOME/makefiles | ||
wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.sopt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.sopt | wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.sopt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.sopt | ||
+ | cd $CP2K_HOME/makefiles | ||
+ | make distclean | ||
time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=sopt | time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=sopt | ||
</code> | </code> | ||
+ | ==== Compilation et exécution en mode parallèle ==== | ||
- | ==== Compilation et exécution en mode parallèle sous MPI ==== | + | === Compilation en mode OpenMP === |
+ | |||
+ | C'est ici que vont servir les paquets OpenMPI, Blacs et Scalapack. | ||
+ | |||
+ | Les ''Makefile'' [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp|Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp]] et [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp|Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp]] ont été adaptés pour exploiter le socle Debian Wheezy. | ||
+ | |||
+ | == Pour l'utilisation de OpenBLAS == | ||
+ | <code> | ||
+ | cd $CP2K_HOME/makefiles | ||
+ | wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp | ||
+ | time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=ssmp | ||
+ | </code> | ||
+ | |||
+ | == Pour l'utilisation de ATLAS == | ||
+ | <code> | ||
+ | cd $CP2K_HOME/makefiles | ||
+ | wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp | ||
+ | time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=ssmp | ||
+ | </code> | ||
=== Compilation en mode MPI === | === Compilation en mode MPI === | ||
Ligne 102: | Ligne 127: | ||
== Pour l'utilisation de OpenBLAS == | == Pour l'utilisation de OpenBLAS == | ||
+ | |||
<code> | <code> | ||
cd $CP2K_HOME/makefiles | cd $CP2K_HOME/makefiles | ||
- | wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.sopt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.popt | + | wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.popt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.popt |
- | time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=popt | + | time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=popt |
</code> | </code> | ||
Ligne 111: | Ligne 137: | ||
<code> | <code> | ||
cd $CP2K_HOME/makefiles | cd $CP2K_HOME/makefiles | ||
- | wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.sopt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.sopt | + | wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.popt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.popt |
- | time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=sopt | + | time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=popt |
</code> | </code> | ||
+ | === Compilation en mode hybride OpenMP/MPI === | ||
+ | |||
+ | C'est ici que vont servir les paquets OpenMP, OpenMPI, Blacs et Scalapack. | ||
+ | |||
+ | Les ''Makefile'' [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp|Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp]] et [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp|Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp]] ont été adaptés pour exploiter le socle Debian Wheezy. | ||
+ | |||
+ | == Pour l'utilisation de OpenBLAS == | ||
+ | <code> | ||
+ | cd $CP2K_HOME/makefiles | ||
+ | wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp | ||
+ | time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=psmp | ||
+ | </code> | ||
+ | |||
+ | == Pour l'utilisation de ATLAS == | ||
+ | <code> | ||
+ | cd $CP2K_HOME/makefiles | ||
+ | wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp | ||
+ | time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=psmp | ||
+ | </code> | ||
===== Exécution d'un exemple ===== | ===== Exécution d'un exemple ===== | ||
Ligne 129: | Ligne 174: | ||
- | --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2013/11/09 20:13// | + | --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2014/05/21 15:05// |