Support à l'Informatique Scientifique

Simulation, Traitement & Visualisation scientifiques sont les trois piliers des sciences numériques. Chacun d'eux exige la maîtrise de technologies spécifiques :

Le Centre Blaise Pascal propose un support informatique direct aux activités scientifiques :

• mise à disposition et administration de ressources informatiques
• études sur les besoins informatiques et rédaction de cahier des charges
• aide au calcul scientifique (intégration logicielle, portage de codes, …)
• veille technologique sur des domaines innovants

Les éléments suivants forment un premier bilan.

Salle de terminaux et serveurs distants :

• Année 2009 : formation Atosim, formations Linux, Mathematica 7, visualisation avec VTK et Paraview
• Printemps-été 2010 : accueil de 4 stagiaires du CRAL
• Année 2010 : formation Atosim, formation a l'utilisation des serveurs du PSMN
• Février 2011 : portage du nombre de postes à 12
• Mai 2011 : organisation de la première formation SHS sur XML
• Septembre 2011 : portage du nombre de postes à 20

Equipements spécifiques :

• Décembre 2008 : récupération des équipements de l'ancienne structure privative du CECAM dans le giron de l'ENS de Lyon
• Janvier-Février 2009 : maintenance et adaptation des serveurs (DNS, DHCP, NFS, web, Mail, XDM) aux nouveaux besoins du CBP
• Mars-Août 2009 : redéfinition et déploiement (avec le PSI) d'une nouvelle infrastructure réseau pour le CBP à l'identique d'un autre laboratoire de l'ENS
• Septembre-Octobre 2009 : déconstruction/reconstruction des services extérieurs du CECAM (messagerie pour le relais et la distribution, DNS, Web, pare-feu de protection)
• Octobre-Novembre 2009 : mise à disposition de nouveaux services virtualisés (serveur de fichiers NFS, SMB et SSHFS, serveurs de calcul, serveurs Web institutionnels)
• Décembre 2009 : refonte et nouvel accès cluster d'enseignement
• Février 2010 : nouvelle ressource pour la visualisation scientifique
• Mars 2010 : nouvelle ressource pour l'expérimentation Stream et OpenCL sur ATI
• Mai 2010 : nouvel accès à un cluster de 16 noeuds de calcul du PSMN
• Juillet 2010 : nouvelle ressource pour l'expérimentation CUDA et OpenCL sur Nvidia
• Décembre 2010 : nouvelle ressource de calcul scientifique sur GPU (Tesla C1060)
• Avril 2011 : mise à disposition d'environnements de développement pour les futurs versions de distribution (sous Debian)
• Juillet 2011 : mise à disposition d'une station de travail SMP 12 coeurs avec carte Quadro pour le prototypage
• Septembre 2011 : mise à disposition d'un cluster de 48 noeuds v22z interconnectés sous Infiniband en Single System Image
• Février 2012 : mise à disposition de 3 machines avec ressource disque distante pour le projet Amalia (SHS)

Outils d'information et de communication :

• A partir de janvier 2009 : Site web et portail documentaire pour les chercheurs du CBP
• Listes de diffusion pour promouvoir les événements accueillis par le CBP
• Pages web dédiées aux manifestations scientifiques animées par le CBP
• Novembre 2010 : forge pour la gestion de projets sous Redmine

Infrastructure informatique :

• Juin 2011 : infrastructure informatique complète de l'école des Houches 2011 sur la matière molle : passerelle filtrante, serveurs d'adresses IP, de noms, d'annuaire LDAP, de royaume Kerberos 5, de PXE/NFSROOT pour le démarrage de clients légers, de NFSv4 pour les dossiers utilisateurs, de forge sous Redmine pour les cours et l'espace de partages entre professeurs et élèves, commutateurs avec segmentation de flux, bornes WiFi privatives
• Juin 2012 : infrastructure informatique complète de l'école des Houches 2012 sur les calculs ab initio : passerelle filtrante, serveurs d'adresses IP, de noms, d'annuaire LDAP, de PXE/NFSROOT pour le démarrage de clients légers, de machines virtuelles sous VirtualBox, de NFSv4 pour les dossiers utilisateurs, de forge sous Redmine pour les cours et l'espace de partages entre professeurs et élèves, commutateurs avec segmentation de flux, bornes WiFi privatives. Un cluster de 16 noeuds et une passerelle d'interconnexion OpenVPN permettait l'accès de ressources de calcul dédiée pour l'occasion à l'ENS-Lyon
• Août 2012 : infrastructure informatique à la demande pour les invités du CBP et les chercheurs du laboratoire de chimie. Une machine virtuelle sous VirtualBox est chargée par le réseau avec (aucune installation locale). Un dossier d'échange assure le partage avec le système hôte. Validé sous hôté Linux, MacOSX

Enquêtes sur les besoins de stockage

• Janvier à mars 2010 : pour les laboratoires de l'ENS-Lyon, site Jacques Monod
• Avril à mai 2010 : pour les laboratoires de l'ENS-Lyon, site René Descartes
• Avril à mai 2010 : pour le pôle de diffusion des savoirs

Qualifications de matériels et logiciels

• Mai 2010 : qualification de Sun x4500 sous Linux Debian en SAN sous iSCSI
• Juillet 2011 : pour le PSMN, étude de fonctionnement d'une infrastructure GPU prêtée par un partenaire industriel
• Décembre 2011 : pour le PSMN, qualification de OpenMPI sur Debian Squeeze avec carte InfiniBand Mellanox 4 : nécessité d'une création de paquets Debian de substitution
• Juin-Juillet 2012 : pour le PSMN, étude d'un espace temporaire haut débit sur Infiniband utilisant GlusterFS, backend ZFSonLinux et BtrFS

• Mars 2010 : pour le laboratoire de chimie, portage de CP2K sur architecture Debian Lenny
• Juillet 2010 : pour le pôle de diffusion des savoirs, conversion d'une application de Mathematica à Python/Matplotlib
• Octobre 2010 : en cours - portage de Carte sur architecture OpenSource
• Septembre 2010 : en cours - Formation personnalisée à l'apprentissage du langage Fortran et des outils associés (jeune chercheur au laboratoire de chimie)
• Septembre-Novembre 2010 : Formation “Outils pour le Calcul Scientifique”
• Décembre 2010 : Portage de Gaussian sous compilateur GFortran 64 bits
• Janvier-Février 2011 : Développement d'un environnement virtualisé portable dédié au calcul scientifique
• Février-Mars 2011 : Portage de VASP sous environnement Debian Squeeze
• Juillet 2011 : Portage de Gaussian sous compilateur GFortran 32 bits
• Juillet 2012 : Qualification de VASP sur Debian Wheezy avec ATLAS, OpenBLAS et Scalapack

• Février 2009 : participation et contribution à l'école thématique Avancées récentes en calcul scientifique
• Mai 2010 : pour les informaticiens d'ARAMIS, le LIP, le PSMN et le laboratoire de physique, présentation sur l'usage des GPU
• Septembre 2010 : participation à l'école ENVOL 2010 (dEveloppemeNt et la ValOrisation des Logiciels en environnement de recherche)
• Novembre 2010 : participation au Journées du GDR et du réseau Calcul : Nouvelles tendances en calcul scientifique
• Août 2011 : contribution au satellite de EuroScipy 2011 PyPhy 2011 sur l'usage de Python pour la distribution de calculs : Multi-(Cores/Nodes/Shaders) on Python for Dummies
• Novembre 2011 : formation sur les GPU : introduction et utilisation par intégration