Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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ressources:oar4cbp [2013/06/09 21:24] equemene [Introduction] |
ressources:oar4cbp [2017/03/09 11:25] equemene [Utilisation du Cluster (et OAR) au Centre Blaise Pascal] |
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- | ====== Utilisation de OAR au Centre Blaise Pascal ====== | + | ====== Utilisation du Cluster (et OAR) au Centre Blaise Pascal ====== |
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+ | <note warning>Les éléments de cette page ne sont plus valables : se reporter à la page [[ressources:gridengine4cbp|Utilisation du Cluster (et GridEngine) au Centre Blaise Pascal]]</note> | ||
===== Ce qu'il faut retenir ! ===== | ===== Ce qu'il faut retenir ! ===== | ||
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* pour connaître l'état des tâches : ''oarstat'' | * pour connaître l'état des tâches : ''oarstat'' | ||
* pour réserver une machine en mode intéractif : ''oarsub -I'' | * pour réserver une machine en mode intéractif : ''oarsub -I'' | ||
- | * pour lancer une tâche définie par le script OAR ''MyJob.sh'' : ''oarsub -S MyJob.sh'' | + | * pour lancer une tâche définie par le script OAR ''MyJob.sh'' : ''oarsub -S MyJob.oar'' |
===== Introduction ===== | ===== Introduction ===== | ||
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dispose d'une infrastructure de production]]. | dispose d'une infrastructure de production]]. | ||
- | Les équipements mis à disposition 86 noeuds dans 5 groupes différents pour un total de 392 coeurs et 912 Go de RAM. | + | Les équipements mis à disposition 72 noeuds dans 2 groupes différents pour un total de 384 coeurs et 1248 Go de RAM. |
+ | |||
+ | Les noeuds v40z et v20z ont été arrêtés puis déposés suite à l'arrivée de Equip@Meso : ils sont remplacés par quelques x41z supplémentaires durant l'été 2013. | ||
| **Cluster** | **Marque** | **Modèle** | **Noeuds** | **Coeurs /Noeud** |**RAM /Noeud**|**Réseau GE**|**Réseau IB**|**Total Coeurs**|**Total RAM**| | | **Cluster** | **Marque** | **Modèle** | **Noeuds** | **Coeurs /Noeud** |**RAM /Noeud**|**Réseau GE**|**Réseau IB**|**Total Coeurs**|**Total RAM**| | ||
- | | **v20z** | Sunfire | v20z | 8 | 2 | 8 Go | GE | | 16 | 64 Go | | + | | **r410** | Dell | R410 | 48 | 4 | 24 Go | GE | IB | 384 | 1.1 To | |
- | | **v40ge** | Sunfire | v40z | 4 | 4 | 16 Go | GE | | 16 | 64 Go | | + | | **x41z** | Sunfire | x41z | 24 | 8 | 24 Go | GE | IB | 192 | 576 Go | |
- | | **v40ib** | Sunfire | v40z | 8 | 4 | 32 Go | GE | IB | 32 | 128 Go | | + | |
- | | **v22z** | Sunfire | v20z 2 | 50 | 4 | 8 Go | GE | IB | 200 | 400 Go | | + | |
- | | **x41z** | Sunfire | x41z | 16 | 8 | 16 Go | GE | IB | 128 | 256 Go | | + | |
Ces clusters partagent exactement la même image de système, [[developpement:productions:sidus|Sidus]] (pour Single Instance Distributing Universal System), un système complet Debian intégrant tous les paquets scientifiques ainsi que de nombreux paquets de développement. | Ces clusters partagent exactement la même image de système, [[developpement:productions:sidus|Sidus]] (pour Single Instance Distributing Universal System), un système complet Debian intégrant tous les paquets scientifiques ainsi que de nombreux paquets de développement. | ||
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Nous voulons que le nom de fichiers de de sortie soit préfixés de ''MyJob''. | Nous voulons que le nom de fichiers de de sortie soit préfixés de ''MyJob''. | ||
- | Nous créons le script suivant sous le nom (très original) de ''MyJob.sh'' :<code> | + | Nous créons le script suivant sous le nom (très original) de ''MyJob.oar'' :<code> |
#!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
#OAR -l nodes=4/core=1,walltime=20:00:00 | #OAR -l nodes=4/core=1,walltime=20:00:00 | ||
Ligne 224: | Ligne 225: | ||
</code> | </code> | ||
- | Le programme se lance en utilisant la commande de soumission ''oarsub -S ./MyJob.sh''. | + | Le programme se lance en utilisant la commande de soumission ''oarsub -S ./MyJob.oar''. |
La commande d'examen des tâches en cours ''oarstat'' permet ensuite de savoir que le job a bien été pris en compte. | La commande d'examen des tâches en cours ''oarstat'' permet ensuite de savoir que le job a bien été pris en compte. | ||
Ligne 232: | Ligne 233: | ||
Le choix d'un cluster se réalise en précisant dans la soumission ''oarsub'' et le paramètre : '' -p "cluster='<NomDuCluster>' " ''. | Le choix d'un cluster se réalise en précisant dans la soumission ''oarsub'' et le paramètre : '' -p "cluster='<NomDuCluster>' " ''. | ||
- | Les noms de cluster étant **v20z**, **v40ge**, **v40ib**, **v22z** et **x41z**, pour lancer le calcul ''MyJob'' défini dans le script OAR ''MyJob.sh'' sur le cluster de **x41z**, lancez la commande :<code> | + | Les noms de cluster étant **v22z** et **x41z**, pour lancer le calcul ''MyJob'' défini dans le script OAR ''MyJob.sh'' sur le cluster de **x41z**, lancez la commande :<code> |
- | oarsub -p "cluster='x41z'" -S ./MyJob.sh</code> | + | oarsub -p "cluster='x41z'" -S ./MyJob.oar</code> |