✎ ressources:informatique[CBP]

✎ ressources:informatique
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====== Support et recherche en informatique scientifique ======

{{:contact:quemener.png?nolink&100 |}}**Emmanuel QUEMENER** \\ 
Centre Blaise Pascal  \\ 
École normale supérieure de Lyon  \\ 
Ingénieur de Recherche - Pilote d’essais informatiques \\ 
Courriel : Emmanuel.Quemener @ ens-lyon.fr \\ 
Téléphone : (+33) 4 72 72 86 33  \\ 
{{:contact:eqltlanguages.png?nolink&60|}} \\ 
Contact pour :
  * exploitation des [[ressources:ressources|plateaux techniques en service du CBP]]
  * librification de codes scientifiques
  * conception, déploiement et administration de nouveaux plateaux techniques ;
  * expertise pour résoudre un problème en informatique scientifique ;
  * qualification de logiciels et matériels (banc d'essai en calcul scientifique).

L'informatique scientifique exige une polyvalence accrue. Les missions et les activités suivantes sont issues de [[http://referens.univ-poitiers.fr/version/men/dcp.asp|REFERENS]] :
  * [[http://referens.univ-poitiers.fr/version/men/emploi.asp?ID=E1C23&BAP=X&F=08|Expert en systèmes informatiques, réseaux & télécommunications]]
  * [[http://referens.univ-poitiers.fr/version/men/emploi.asp?ID=E1E25&BAP=X&F=10|Expert en calcul scientifique]]
 
===== Activités principales =====

  * Spécification des architectures matérielles et logicielles en prenant en compte les besoins des partenaires
  * Conception et mise en oeuvre des codes scientifiques, services, systèmes, réseaux et télécommunications
  * Définition des moyens et les procédures pour garantir les performances et la disponibilité des systèmes informatiques 
  * Aide au chercheur à formaliser un problème scientifique, pour sa modélisation, sa représentation, et son traitement 
  * Conception, développement ou adaptation des méthodes d’analyse ou de codes existants : calcul numérique, statistique, traitement du signal, traitement d’images, modélisation ... 
  * Organisation des données et suivi de leur exploitation jusqu’à leur visualisation 
  * Gestion de projet technique pour la résolution d’une problématique scientifique dans toutes ses dimensions
===== Activités associées =====

  * Veille technologique polyvalente avec expérimentation
  * Intervention en qualité d’expert dans des groupes de travail externes
  * Participation à l’organisation et à l’animation de réseaux métiers 
  * Former et assurer le transfert des connaissances et des savoir-faire
  * Participation à la formation des utilisateurs du calcul numérique intensif, diffuser et valoriser les méthodes et outils développés
  * Choix, à l’acquisition, et à l’exploitation des calculateurs haute performance
  * Représenter son organisme auprès de différents publics nationaux ou internationaux

===== Projets réalisés =====

  * Migration de l'infrastructure du Cecam France sur architecture virtualisée sous Xen (2009Q4)
  * Conception, mise en place et administration de plateaux techniques informatiques :
    * pour le **calcul parallèle multi-noeuds** : disposer de jusqu'à 512 coeurs pour 64 noeuds
      * cluster de 8 noeuds à base de stations de travail (2009Q4)
      * cluster de 24 noeuds à base de noeuds déclassés du PSMN (2010Q1)
      * cluster de 50 noeuds en IB à base de noeuds déclassés (2011Q3)
      * cluster de 12 noeuds mixtes quadri-processeur (2012Q2)
      * cluster de 48 et 24 noeuds en IB (2013Q3)
      * cluster de 48 noeuds octo-coeurs en IB QDR (2014Q1)
      * cluster de 64 noeuds octo-coeurs en IB QDR (2015Q4)
      * cluster de 2 noeuds mono-coeur en IB SDR (2018Q1)
      * cluster de 2 noeuds bi-coeur en IB DDR (2018Q1)
      * cluster de 4 noeuds bi-coeur en IB SDR et 48 HD (2018Q1)
      * cluster de 8 noeuds octo-coeur en IB FDR (2018Q1)
    * pour le **calcul parallèle multi-coeurs** : disposer de 2 à 20 coeurs
      * stations 32 bits : 8 Precision HT (2009Q4)
      * stations 64 bits : 2 Precision 360, 1 Precision 390 (2010Q2)
      * stations 64 bits : de 4 à 16 Optiplex 745 (2011Q2)
      * stations 64 bits : de 4 à 12 Precision 4600 (2012Q4)
      * stations 64 bits : de 12 à 16 Precision 46?0 (2014Q3)
      * stations 64 bits : de 16 à 20 Precision (2016Q4)
    * pour le **calcul parallèle sur GPU** : disposer du plus large panel
      * stations GTX260, HD5850, Tesla (2010Q2)
      * stations GeForce 8400, GT220, GT430 (2011Q2)
      * serveurs Tesla M2070, Tesla M2090 (2012Q2)
      * stations GTX680, GTX690, Quadro 4000, v5900 (2012Q4)
      * stations GT620, HD6450, HD6670, Quadro K4000 (2013Q4)
      * station R9-R290X (2014Q2)
      * stations K2000 (2014Q3)
      * stations GTX750, GTX750Ti, GTX980, R9-295X, Tesla K40 (2014Q4)
      * serveur Tesla K40, Xeon Phi 7120P (2015Q1)
      * stations HD7970, GTX560Ti, GTX780Ti (2015Q1)
      * stations GTX780 (2015Q2)
      * serveur Tesla K80 (2015Q3)
      * stations GTX960, GTX970, GTX980, GTX980Ti (2015Q4)
      * station GTX1080 (2016Q2)
      * stations virtualisées x4 avec GTX1080, socle R730 (2016Q4)
      * stations virtualisées x3 avec Tesla K80, socle R730 (2017Q1)
      * stations virtualisées x2 avec Tesla P100, socle R730 (2017Q2)
      * station virtualisée avec Tesla K40m, socle R720 (2017Q2)
      * station virtualisée avec Intel Phi 7120P, socle R720 (2017Q2) 
      * station R9-380 (2016Q4)
      * stations GT710, GT730, GTX1050Ti (2017Q2)
    * pour les **architectures "exotiques"**
    * pour les **formations en environnement contraint**
    * pour le **calcul "à la demande"** : COMOD (Compute On My Own Device)
    * pour les humanités numériques : plateau technique AHN
    * pour le pôle de diffusion des savoirs : Envemedis (2013Q2)
    * pour la visualisation scientifique : 
      * vidéoprojecteurs haute définition dont 2 à capacités 3D (2013Q4)
      * station de travail/écran/vidéoprojecteur NVision 3D (2013Q4)
    * pour les écoles des Houches //Computational Physics//
      * éditions 2011, 2012, 2013, 2014, 2015 et 2016
  * [[developpement:activites:qualification|Qualification matérielle]]
  * [[developpement:activites:qualification|Qualification logicielle]]
===== Livrables, Communications, Formations, Articles =====

  * **Année 2018**
    * Citation dans [[https://www.nature.com/articles/s41598-018-30918-4|Nature]]
    * Cours à [[http://calcul.math.cnrs.fr/spip.php?article292|Journées GPGPU]] de LyonCalcul : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/LyonCalcul_GPU_180613_EQ.pdf|Applications pour la physique & Analyse de performances]]
    * Un CPU vs GPU : [[https://www.linkedin.com/pulse/cpu-vs-gpu-comment-les-comparer-ou-encore-osciller-sur-quemener/|Les comparer par l'exemple]] vs GPU : [[https://www.linkedin.com/pulse/cpu-vs-gpu-comment-les-comparer-ou-encore-osciller-sur-quemener/|Les comparer par l'exemple]]
    * Présentation au club des développeurs de Lyon : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/ClubDev_20180309.pdf|Le GPU à l'épreuve de la métrologie]]
    * Présentation au club des développeurs de Lyon : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/ClubDev_20180209.pdf|Disruptif or not disruptif : le GPU]]

  * **Année 2017**
    * Cours à [[http://lyoncalcul.univ-lyon1.fr/|Lyon Calcul]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/LyonCalcul2017_EQ.pdf|Des architectures parallèles aux applications parallélisées]]
    * Présentation aux [[https://succes2017.sciencesconf.org/resource/page/id/8|Journées Succes 2017]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Succes2017_Galaxy_EQ.pdf|Installation Portail Galaxy]]
    * Présentation aux [[http://calcul.math.cnrs.fr/spip.php?article285|10emes journées Mésocentres]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Mesocentres2017_EQ.pdf|Métrologie comparée du PSMN & CBP]]
    * Présentation au colloque HPC CEA/ENS-Cachan : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Cargese2017_EQ.pdf|présentation CBP et usage des GPU]]
    * Ateliers [[http://www.ens-lyon.fr/agenda-30-ans/|30 ans de l'ENS-Lyon]], Atelier [[http://www.ens-lyon.fr/agenda-30-ans/voyage-au-pays-des-ordinateurs-a-la-decouverte-de-leurs-composants-et-de-leurs-evolutions-348203.kjsp?RH=1497335464208|Voyage aux pays des ordinateurs]]
    * Présentation aux étudiants de Licence ENS-Lyon : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/PresentationL3-2017.pdf|transparents]]
    * Cours [[https://astrosim.sciencesconf.org/program|Astrosim 2017]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/AstroSim2017_Parallelism.pdf|Pragmatic Parallelism]] and [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/AstroSim2017_GPU.pdf|Introduction to GPU]] et Travaux pratiques [[formation:astrosim2017gpu4dummies|GPU4dummies]] et [[formation:astrosim2017para4dummies|para4dummies]]
    * [[https://cbppsmndays.sciencesconf.org/resource/page/id/2|Journée thématique ABinit]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Abinit_20170612.pdf|Ressources Informatiques du CBP : le centre d'essais]]
    * Workshop à l'[[https://isa-lyon.fr/|ISA]] [[https://isa-lyon.fr/?p=3751|modelisation and computational biology]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/ISA_20170609.pdf|From multicores to Myrialus]]
    * Club des décideurs HPE //L’hétérogénéité des clusters de calcul// : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/SimulHub_20170308-EQ.pdf|Hétérogénéité de l'hôtel à projets au méso-centre]]

  * **Année 2016**
    * Formation [[https://indico.mathrice.fr/event/5/|ANF 2016 : des données au BigData : exploitez le stockage distribué]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/ANF2016_GlusterFS.pdf|Retour d'expérience sur GlusterFS]] et [[formation:anfbigdata|Travaux pratiques sur GlusterFS]]
    * Présentation [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Annonce_2016_10_14_final.pdf|Simulation Hub]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/SimulationHub_20161014.pdf|Architectures multi-coeurs & myri-alus]]
    * Présentation [[http://calcul.math.cnrs.fr/spip.php?article270|9èmes Journées Méso-centres]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Mesocentre2016.pdf|Retour d'expérience GlusterFS]]
    * Formation ISA 2016 (1 semaine) : SIDUS, de son exploitation locale à son déploiement sur cluster
    * Cours [[http://comp-phys-2016.sciencesconf.org/|Houches 2016]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/H2016_Parallelism_20160523.pdf|Pragmatic Parallelism]] and [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/H2016_GPU_20160524.pdf|Introduction to GPU]]
    * Présentation [[https://webcast.in2p3.fr/events-tutojres_le_stockage_distribue|TutoJres 18]] : retour d'expérérience GlusterFS, [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/TutoJres18_GlusterFS_20160504.pdf|transparents]] et [[https://webcast.in2p3.fr/videos-retour_d_experience_glusterfs|video]]
    * Présentation [[http://www.france-bioinformatique.fr/fr/groupes-de-travail/grisbi|Grisbi 29]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Grisbi29_SIDUS.pdf|SIDUS, une approche de la machine à discrétion]]
    * Présentation [[http://aramis.resinfo.org/wiki/doku.php?id=pleniaires:pleniere7avril2016|ARAMIS 2016]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Aramis2016-160406.pdf|Stockage : des besoins aux outils]]

  * **Année 2015**    
    * Présentation aux étudiants de Licence ENS-Lyon : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/PresentationL3-2015-0916.pdf|transparents]]
    * Présentation à [[https://france.debian.net/events/minidebconf2015/|MiniDebConf Lyon 2015]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/MiniDebConf2015.pdf|SIDUS : a swiss knife for reproducibility]]
    * Présentation à [[https://2015.rmll.info/?lang=fr|RMLL 2015]] : [[https://2015.rmll.info/extreme-deduplication-using-sidus?lang=fr|SIDUS : déduplication extrême d'OS]], [[https://rmll.ubicast.tv/permalink/v1253b419f03evhhgojm|vidéo]] et [[https://2015.rmll.info/IMG/pdf/06_rmll2015_0708-sidus.pdf|support]]
    * Rapport la mise à disposition d'un portail Galaxy pour les laboratoires de biologie : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/RapportGalaxy_v1.pdf|Rapport 6 mois]]

  * **Année 2014**
    * Présentation à [[http://www.pycon.fr/2014/|PyConFR 2014]] : [[http://www.pycon.fr/2014/schedule/presentation/40/|De la gestion de clusters à l'examen in silico des processeurs : la polyvalence de Python]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/PyCon2014.pdf|Présentation]] (avec la partie la plus intéressante non évoquée)...
    * Présentation à l'ISA
    * Présentation à [[http://lyoncalcul.univ-lyon1.fr/spip.php?article3|Lyon Calcul]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/LyonCalcul2014.pdf|SIDUS outil de reproductibilité]], [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/PiMPI.avi|exemple vidéo]]
    * Présentation au laboratoire de chimie : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/ChimieParallelisme2014-0613.pdf|Parallelisme 4 Dummies]]
    * Poster à Compas 2014 sur [[developpement:productions:sidus|SIDUS]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Compas2014_SIDUS.pdf|article Compas]], [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Realis2014_SIDUS.pdf|article Realis]], [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Compas2014_Poster.pdf|poster]]
    * Présentation au LIP sur [[developpement:productions:sidus|SIDUS]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/LIP-20140127-EQ.pdf|presentation]], janvier 2014

  * **Année 2013**
    * Poster JRES 2013 sur [[developpement:productions:sidus|SIDUS]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/JRes2013-SIDUS-1121.pdf|article]], [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/JRes-Poster-SIDUS.pdf|poster]], décembre 2013
    * Présentation JRES 2013 sur [[|Architectures mobiles et GPU]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/JRes2013-GPU-1118.pdf|article]], [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/JRes2013-GPU-20131211-EQ.pdf|présentation]] et [[http://video.renater.fr/jres/2013/index.php?aid=86|video]] décembre 2013
    * Présentation [[http://succes2013.sciencesconf.org/|Succes 2013]] sur [[developpement:productions:sidus|SIDUS]] avec [[http://succes2013.sciencesconf.org/24312/document|article]], [[http://succes2013.sciencesconf.org/conference/succes2013/Succes_20131114_EQ.pdf|présentation]] et [[http://webcast.in2p3.fr/videos-JSFG2013_sidius|video]] : novembre 2013
    * Article [[http://www.linuxjournal.com/content/november-2013-issue-linux-journal-system-administration|Linux Journal]] sur [[developpement:productions:sidus|SIDUS]] : novembre 2013
    * Formation [[http://lyoncalcul.univ-lyon1.fr/spip.php?article8|A la découverte du calcul]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/DecouverteCalcul-130906-EQ.pdf|Performances de Codes]]
    * Présentation [[http://conference.scipy.org/scipy2013/presentation_detail.php?id=199|SciPy 2013]] sur [[http://www.youtube.com/watch?v=J5myH0y_bks|SIDUS]]
    * Citation dans ACS Nano, 2013, 7 (6), pp 5273–5281
    * Présentation [[http://aramis.resinfo.org/wiki/doku.php?id=pleniaires:pleniere11avril2013|Aramis]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/ARAMIS-2013_EQ.pdf|Processeurs de mobile : le futur du HPC ?]]

  * **Année 2012**
    * Présentation [[http://aramis.resinfo.org/wiki/doku.php?id=pleniaires:pleniaire14juin2012|Aramis]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/ARAMIS-20120614_EQ.pdf|Virtualisation de ressources dans un contexte Open Source]]
    * Présentation Séminaire Chimie Théorique ENS-Lyon : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/ChimieTheo2012.pdf|SIDUS & Loi d'Amdahl]]
    * Présentation Ecole de Physique aux Houches : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/H2012-20120619_EQ.pdf|Ressources proposées ]]
    * Présentation [[http://www.esrf.eu/events/conferences/debian-for-scientific-facilities-days-1/debian-for-scientific-facilities-days|Debian Facilitaties Days ]] : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/DSFD2012_4.pdf|From Workstations to HPC with Debian]].

  * **Année 2011**
    * Présentation PyPhy 2011 : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/PyPhy-110829.pdf|Multi-(cores|nodes|shaders) on Python for dummies]]
    * Formation CIRA du 7/11 : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/CIRA-GPU-2011-Presentation-1128-4all.pdf|Comment GPU faire cela ?]]
    * Formation CIRA du 7/11 : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/CIRA-GPU-2011-Integration-1128.pdf|Approche intégrateur ]]
    * JRES 2011 : le projet Distonet pour "Distributed Storage Network" [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Distonet-Article.pdf|article]] et [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Distonet-Presentation.pdf|présentation]]
    * JRES 2011 : Stockage des laboratoires : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/SSA-Article.pdf|article]] et [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/SSA-Presentation.pdf|présentation]]

  * **Année 2010**
    * Enquêtes sur les besoins de stockage :
      * [[etudes:storage4labs|Site Monod]]
      * [[etudes:storage4labs4Descartes|Site Descartes et Pôle de diffusion des savoirs]]
    * Présentation ARAMIS : [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Aramis-GPU-100520-4all.pdf|GPU = un supercalculateur : du Mythe à la Réalité !]]

  * **Activités passées pré-CBP** [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/documents/Past/|de 1993 à 2006]]

<hidden> Centre Blaise Pascal, Maison de la modélisation de Lyon, Maison de la simulation de Lyon, Hôtel à projets </hidden>