✎ ressources:gridengine4cbp[CBP]

✎ ressources:gridengine4cbp
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====== Utilisation du Cluster (et GridEngine) au Centre Blaise Pascal ======

<note important>Avant de lancer votre calcul, ayez un aperçu de l'[[http://styx.cbp.ens-lyon.fr/ganglia/?r=hour&c=Nodes|état des noeuds]] (site accessible seulement sur site)</note>
===== Ce qu'il faut retenir ! =====

  * pour se connecter sur la passerelle de cluster : <code>ssh <login>@lethe.cbp.ens-lyon.fr</code>
  * pour connaître les noeuds disponibles : ''qhost''
  * pour connaître l'état des tâches : ''qstat''
  * pour connaître la listes des queues : ''qconf -sql''
  * pour lancer une tâche définie par le script GridEngine ''MyJob.qsub'' : ''qsub MyJob.qsub''

===== Introduction =====

Le Centre Blaise Pascal dispose de plateaux techniques, notamment  des noeuds de clusters, destinés :
  * à l'initiation au calcul scientifique, notamment [[http://en.wikipedia.org/wiki/Message_Passing_Interface|MPI]], [[http://en.wikipedia.org/wiki/OpenMP|OpenMP]], [[http://en.wikipedia.org/wiki/CUDA|CUDA]] [[http://en.wikipedia.org/wiki/Opencl|OpenCL]]
  * au développement d'applications dans le domaine du calcul scientifique
  * à l'intégration de démonstrateurs agrégeant des technologies matures dans un ensemble original
  * au passage de l'expérience scientifique ("la paillasse") à la technologie de production ("le génie des procédés"
  * à l'exploration de "domaine de vol" des applications scientifiques (paramètres de parallélisation, audit de code)
  * à la réalisation de prototypes pour la mise en place de nouveaux services informatiques

Le Centre Blaise Pascal n'a pas vocation à voir ses infrastructures utilisées :
  * pour de longs calculs de production (de l'ordre de la semaine)
  * pour des calculs sur de très grands nombres de coeurs (de l'ordre du millier)

Pour ces deux exigences, le [[http://www.ens-lyon.fr/PSMN/doku.php?id=documentation:clusters:accueil|PSMN
dispose d'une infrastructure de production]].

Les équipements mis à disposition derrière le soumissionneur GridEngine se composent de 84 noeuds dans 4 groupes différents pour un total de 832 coeurs et 2176 Go de RAM.

Sur les 72 noeuds R410 arrivés entre le printemps 2014 et l'automne 2015, tous sont disponibles via le gestionnaire GridEngine. Les noeuds C6100 sont des équipements de prêt connectés un chassis hôte de GPGPU C410X. Les noeuds SL230 sont équipés des processeurs les plus récents du CBP.

| **Cluster** | **Marque** | **Modèle** | **Noeuds** | **Coeurs /Noeud** |**RAM /Noeud**|**Réseau GE**|**Réseau IB**|**Total Coeurs**|**Total RAM**|
| **r410ddr** | Dell  | R410 | 8 | 8 | 24 Go | GE | IB DDR | 64 | 192 Go |
| **r410qdr** | Dell  | R410 | 64 | 8 | 24 Go | GE | IB QDR | 512 | 1536 Go |
| **c61gpu** | Dell  | C6100 | 4 | 12 | 48 Go | GE | IB QDR | 48 | 192 Go |
| **sl230** | HP  | SL230 | 8 | 8 | 64 Go | GE | IB FDR | 64 | 512 Go |
| **x41z** | Sun  | x41z | 8 | 8 | 32Go | GE | IB DDR | 64 | 256 Go |
| **x4500** | Sun  | x4500 | 4 | 4 | 16Go | GE | IB SDR | 16 | 64 Go |
| **x2200** | Sun  | x2200 | 2 | 4 | 32Go | GE | IB DDR | 8 | 64 Go |
| **v20z** | Sun  | v20z | 2 | 2 | 16Go | GE | IB SDR | 4 | 32 Go |


Ces clusters partagent exactement la même image de système, [[developpement:productions:sidus|Sidus]] (pour Single Instance Distributing Universal System), un système complet Debian intégrant tous les paquets scientifiques ainsi que de nombreux paquets de développement.

===== Accès aux clusters =====

L'accès aux clusters se fait via la passerelle ''lethe.cbp.ens-lyon.fr'', par le protocole SSH :<code>
ssh -X <login>@lethe.cbp.ens-lyon.fr</code> ou via [[http://wiki.x2go.org/doku.php|x2go]] sur la même adresse. Il est donc préalablement nécessaire d'installer sur sa machine un client SSH ou x2go pour accéder à la passerelle.

En outre, cette passerelle n'est accessible que de l'intérieur de l'ENS : il est nécessaire de passer par la passerelle de l'ENS ''ssh.ens-lyon.fr'' ou par le Virtual Private Network par OpenVPN pour y accéder.

Notons que l'outil x2go permet de paramétrer directement la passerelle ''ssh.ens-lyon.fr'' et d'obtenir directement le bureau graphique.

===== Dossiers personnels =====

Sur la passerelle ''lethe'', chaque utilisateur dispose de 3 espaces utilisateurs :
  * un local dans ''/home/<login>''
  * un général dans ''/cbp/<login>''
  * un rapide dans ''/scratch''
  * un projet dans ''/projects''

Le second correspond à l'espace utilisateur de ressources informatiques du CBP lorsqu'il se connecte :
  * aux 21 stations de travail de la salle libre service
  * à la station graphique 3D de la petite salle de réunion
  * aux machines à la demande SIDUS (Single Instance Distributing Universal System)
  * aux serveurs d'intégration, de compilation, de tests 
    * sous différentes architectures matérielles : x86_64, AMD64, ARM, (PowerPC, Sparc)
    * sous différents systèmes 32 bits ou 64 bits
    * sous différentes distributions Debian : Lenny, Squeeze, Wheezy, Jessie et Sid

===== Paramétrage de l'accès aux grappes de calcul =====

  * Création d'une clé publique par ''ssh-keygen -t rsa'' dans mot de passe 
  * Pression 2 fois sur la touche ''<Entrée>'' pour entrer un mot de passe vide
  * La commande précédente présente une sortie comparable à la suivante :<code>
Generating public/private rsa key pair.
Enter file in which to save the key (/home/<MonLogin>/.ssh/id_rsa): 
Enter passphrase (empty for no passphrase): 
Enter same passphrase again: 
Your identification has been saved in /home/<MonLogin>/.ssh/id_rsa.
Your public key has been saved in /home/<MonLogin>/.ssh/id_rsa.pub.
The key fingerprint is:
9b:96:69:95:29:0e:0e:ff:a8:77:ce:ca:c5:3b:92:55 <MonLogin>@lethe
The key's randomart image is:
+---[RSA 2048]----+
|                 |
| . .             |
|. . .            |
|.    .E    o     |
|. . o.. S +      |
| . =.o o B       |
|   o* . O        |
|  o+.. o         |
|  ....           |
+-----------------+
</code>
  * Copie de la clé publique comme clé d'autorisation de connexion sans mot de passe :<code> cd $HOME/.ssh
cp id_rsa.pub authorized_keys</code>
  * Test de connexion locale : <code>ssh lethe</code>
===== Accès aux ressources =====

L'utilisation de [[http://gridscheduler.sourceforge.net/|GridEngine]] permet de :
  * connaître les ressources disponibles : commande ''qhost'' et ses options
  * connaître l'état des calculs en cours : commande ''qstat'' et ses options
  * lancer un calcul autonome (sous forme de batch) : commande ''qsub'' et ses options

==== Connaître les ressources disponibles ====

La commande ''qhost'' permet de connaître l'état des noeuds gérés par le gestionnaire de tâches. Chaque ressource représente un coeur. Il existe donc plus entrées par noeud.

=== ''qhost'' pour toute l'infrastructure ===

La commande  fournit en sortie :<code>
HOSTNAME                ARCH         NCPU  LOAD  MEMTOT  MEMUSE  SWAPTO  SWAPUS
-------------------------------------------------------------------------------
global                  -               -     -       -       -       -       -
c6100gpu-1.cluster.zone lx26-amd64     24     -   47.3G       -     0.0       -
... <snip><snip>
c6100gpu-4.cluster.zone lx26-amd64     24     -   47.3G       -     0.0       -
lethe.cluster.zone      lx26-amd64      4  0.31   15.7G    3.0G   17.2G    2.9M
r410node1.cluster.zone  lx26-amd64     16     -   23.6G       -     0.0       -
... <snip><snip>
r410node9.cluster.zone  lx26-amd64     16  0.01   23.6G  303.9M     0.0     0.0
x41z1.cluster.zone      lx26-amd64      8     -   31.5G       -     0.0       -
... <snip><snip>
x41z9.cluster.zone      lx26-amd64      8  2.16   13.7G  286.5M     0.0     0.0
</code>

=== ''qhost <noeud>'' pour un noeud unique ===

Par exemple, la commande ''qhost x41z7.cluster.zone'' pour examiner les ressources offertes par le noeud **x41z7** sort :<code>
HOSTNAME                ARCH         NCPU  LOAD  MEMTOT  MEMUSE  SWAPTO  SWAPUS
-------------------------------------------------------------------------------
global                  -               -     -       -       -       -       -
x41z7.cluster.zone      lx26-amd64      8  0.05   31.5G  342.7M     0.0     0.0
</code>

Donc, le noeud x41z7 offre 8 CPU et une mémoire vive de 31.5 Go.

=== qconf pour lister toutes les grappes ===

Pour lister toutes les grappes de calcul, on applique la commande ''qconf -shgrpl'' :<code>
@c6100
@r410
@x41z
</code>

===  ''qconf -shhrp @<grappe>'' pour lister les noeuds d'une grappe particulière ===

Pour lister les noeuds de la grappe **x41z**, on applique la commande ''qconf -shgrp @x41z'' :<code>
group_name @x41z
hostlist x41z1.cluster.zone x41z10.cluster.zone x41z11.cluster.zone \
         x41z12.cluster.zone x41z13.cluster.zone x41z14.cluster.zone \
         x41z15.cluster.zone x41z16.cluster.zone x41z2.cluster.zone \
         x41z3.cluster.zone x41z4.cluster.zone x41z5.cluster.zone \
         x41z6.cluster.zone x41z7.cluster.zone x41z8.cluster.zone \
         x41z9.cluster.zone
</code>

===  ''qconf -sql'' pour lister les queues de calcul ===

Pour lister toutes les queues, on applique la commande ''qconf -sql'' :<code>
c6100
r410
x41z
</code>

===  ''qconf -sq <Queue>'' pour détailler une queue ===

Pour lister toutes les queues, on applique la commande ''qconf -sq x41z'' :<code>
qname                 x41z
hostlist              @x41z
seq_no                0
load_thresholds       np_load_avg=1.75
suspend_thresholds    NONE
nsuspend              1
suspend_interval      00:05:00
priority              0
min_cpu_interval      00:05:00
processors            UNDEFINED
qtype                 BATCH INTERACTIVE
ckpt_list             NONE
pe_list               sequential x41zhybrid
rerun                 FALSE
slots                 8
tmpdir                /tmp
shell                 /bin/bash
prolog                NONE
epilog                NONE
shell_start_mode      posix_compliant
starter_method        NONE
suspend_method        NONE
resume_method         NONE
terminate_method      NONE
notify                00:00:60
owner_list            NONE
user_lists            NONE
xuser_lists           NONE
subordinate_list      NONE
complex_values        NONE
projects              NONE
xprojects             NONE
calendar              NONE
initial_state         default
s_rt                  INFINITY
h_rt                  INFINITY
s_cpu                 INFINITY
h_cpu                 INFINITY
s_fsize               INFINITY
h_fsize               INFINITY
s_data                INFINITY
h_data                INFINITY
s_stack               INFINITY
h_stack               INFINITY
s_core                INFINITY
h_core                INFINITY
s_rss                 INFINITY
h_rss                 INFINITY
s_vmem                INFINITY
h_vmem                INFINITY
</code>

===  ''qconf -spl'' pour lister tous les environnements parallèles ===

Pour lister toutes les queues, on applique la commande ''qconf -spl'' :<code>
r410hybrid
sequential
x41zhybrid
</code>

===  ''qconf -sp <Environnement Parallèle>'' pour détailler un environnement parallèle ===

Pour lister toutes les queues, on applique la commande ''qconf -sp x41zhybrid'' :<code>
pe_name            x41zhybrid
slots              128
user_lists         NONE
xuser_lists        NONE
start_proc_args    /bin/true
stop_proc_args     /bin/true
allocation_rule    8
control_slaves     TRUE
job_is_first_task  TRUE
urgency_slots      min
accounting_summary TRUE
</code>

==== Connaître l'état des calculs en cours qstat ====

=== Pour connaître l'état général ===

<code>qstat</code>

=== Pour avoir l'information sur une tâche particulière ===

Pour connaître toutes les informations sur la tâche 9, par exemple, ''qstat -j 9''<code>

</code>

On voit ainsi que la tâche a commencé le 5 février 2013 à 15h51 pour se terminer à 15h58 et qu'elle s'est exécutée sur 4 noeuds x41z.

==== Lancer un calcul autonome (mode batch) ====

Il est possible de lancer un batch en précisant les paramètres (queue, environnement parallèle, etc) mais il est nécessaire de toutes façons de créer un script shell.

Autant créer un script de lancement GridEngine lequel sera utilisé pour déclarer tout d'un bloc. 

=== Lancer un batch séquentiel ===

Le propre d'un programme séquentiel est qu'il ne peut pas se distribuer sur plusieurs noeuds.

Nous voulons exécuter le programme MPI ''MyJob'' sur 1 seul coeur, sur la queue des x41z.

Nous voulons que le nom de fichiers de de sortie soit préfixés de ''MyJob''.

Le lancement de batch se fait par :
<code>qsub MyJob.qsub</code>

Le script de batch ''MyJob.qsub'' est le suivant :
<code>
# Nom du programme pour les sorties (sortie standard et sortie erreur Posix)
#$ -N MyJob
# Nom de la queue (ici, la queue des x41z)
#$ -q x41z
# Messages a expedier : il est expedie lorsqu'il demarre, termine ou avorte
#$ -m bea
# specify your email address
#$ -M <prenom>.<nom>@ens-lyon.fr
#$ -cwd
#$ -V
# Lancement du programme
/usr/bin/time ./MyJob
exit 0
</code>

=== Lancer un batch parallèle ===

Nous voulons exécuter le programme MPI ''MyJob'' sur 32 coeurs sur la queue des x41z.

Nous voulons que le nom de fichiers de de sortie soit préfixés de ''MyJob''.

Nous créons le script suivant sous le nom (très original) de ''MyJob.qsub'' :<code>
# Nom du programme pour les sorties (sortie standard et sortie erreur Posix)
#$ -N MyJob
# Nom de la queue (ici, la queue des x41z)
#$ -q x41z
# Nom de l'environnement parallèle avec le nombre de slots : x41zhybrid avec 32 ressources
#$ -pe x41zhybrid 32
# Messages a expedier : il est expedie lorsqu'il demarre, termine ou avorte
#$ -m bea
# Adresse electronique d'expedition
#$ -M <prenom>.<nom>@ens-lyon.fr
#$ -cwd
#$ -V
/usr/bin/time mpirun.openmpi -np 32 -mca btl self,openib,sm ./MyJob
exit 0
</code>

Le programme se lance en utilisant la commande de soumission ''qsub ./MyJob.qsub''.

La commande d'examen des tâches en cours ''qstat'' permet ensuite de savoir que le job a bien été pris en compte.

=== Récupérer les informations sur ses jobs exécutés ===

Dans le fichier de batch (celui qui définit les commandes à exécuter avec la queue, l'environnement, etc...) apparait le paramètre préfixé de ''-N''. Ce paramètre est très utile parce que, comme le précise les exemples ci-dessus, les sorties POSIX ''stdout'' et ''stderr'' sont sauvegardées dans ces fichiers.

Ainsi, en exécutant l'exemple ci-dessus, si son numéro de job était le 528491, les fichiers de sortie seraient les suivants :
  * ''MyJob.o528491'' pour la sortie standard ''stdout'', l'ensemble des messages du terminal
  * ''MyJob.e528491'' pour l'erreur standard ''stderr'', l'ensemble des messages en erreur du terminal

En fouillant dans ces fichiers, il est possible de voir l'évolution de l'exécution de son job et ses erreurs au besoin.