Différences
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| * **Manteau et océans de magma** : **[[recherche:projets:convectiondanslemanteau|Convection dans le manteau et océans de magma]]** : dans ce travail on s'intéresse à l'implémentation de conditions limites de fusion et cristallisation dans le code de convection dans le manteau StagYY (Paul Tackley). La théorie concernant les conditions limite est celle développée par Alboussière et Deguen pour la convection dans la graine. (Laboratoire de Géologie de Lyon, 2015 – 2019) | * **Manteau et océans de magma** : **[[recherche:projets:convectiondanslemanteau|Convection dans le manteau et océans de magma]]** : dans ce travail on s'intéresse à l'implémentation de conditions limites de fusion et cristallisation dans le code de convection dans le manteau StagYY (Paul Tackley). La théorie concernant les conditions limite est celle développée par Alboussière et Deguen pour la convection dans la graine. (Laboratoire de Géologie de Lyon, 2015 – 2019) | ||
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| + | * **Image segmentation: Optimization of Level Set Methods for biological image segmentation **, **[[http://www.cbp.ens-lyon.fr/doku.php?id=developpement:productions:logiciels:levelsetmethod|LSM]]** : To study plant morphogenesis, one need to follow the evolution of a plant during time. We can use real-time live imaging and image segmentation to reconstruct the plant development at a cell level. A first pipeline, MARS-ALT, has been develop by the RDP laboratory in collaboration with the Virtual Plants team (INRIA, Montpellier), as a part of the OpenAlea platform for plant modelling. The 3D image are assembled from the fusion of three confocal stacks, and cells are segmented using a watershed algorithm. With 3D segmented images of the same plant at different steps of development, ALT can reconstruct the lineage between cells. To improve the segmentation part of the pipeline, a new method was implement in 3 steps : Detect exterior shape of the organ with LSM; Perform a watershed algorithm to have a first segmentation, given the exterior shape; Improve segmentation by re-detecting each cell shape with LSM. (Laboratoire Reproduction et Developpement des Plantes, 2013 – 2016) | ||
| * **Dynamique moléculaire :** **[[recherche:projets:fscf|Projet ANR FSCF]]** – [[developpement:productions:logiciels:aquasol|Code AquaSol]] (Laboratoire de Physique, 2012 – 2015) | * **Dynamique moléculaire :** **[[recherche:projets:fscf|Projet ANR FSCF]]** – [[developpement:productions:logiciels:aquasol|Code AquaSol]] (Laboratoire de Physique, 2012 – 2015) | ||
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| - | * **Biologie cellulaire :** **[[recherche:projets:biologiecel|Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images]]**, Projet de développement d’une bibliothèque en C++, sa parallélisation et intégration dans des logiciels libres (+ projet master) (Laboratoire de Reproduction et Développement des Plante, 2013 – 2016) | + | * **Biologie cellulaire :** **[[http://www.cbp.ens-lyon.fr/doku.php?id=recherche:projets:biologiecel|Développement d’une bibliothèque parallèle dans le domaine de la biologie cellulaire et du traitement d’images]]**, Projet de développement d’une bibliothèque en C++, sa parallélisation et intégration dans des logiciels libres (+ projet master) (Laboratoire de Reproduction et Développement des Plante, 2013 – 2016) |
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| * **Ecoulements turbulents bidimensionnels et géophysiques** : **[[recherche:projets:turbulence|Equation barotrope stochastique 2D]]** : optimisation et validation quantitative du code en définissant un jeu de tests et des cas de référence pour vérifier l’aptitude du code à approximer les divers termes intervenant dans l’équation. (Laboratoire de Physique, 2014 – 2016) | * **Ecoulements turbulents bidimensionnels et géophysiques** : **[[recherche:projets:turbulence|Equation barotrope stochastique 2D]]** : optimisation et validation quantitative du code en définissant un jeu de tests et des cas de référence pour vérifier l’aptitude du code à approximer les divers termes intervenant dans l’équation. (Laboratoire de Physique, 2014 – 2016) | ||
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| * **Choisir les moyens logiciels et matériels**, en tenant compte de leurs performances et de leur pertinence dans le cadre d’un problème donné ou d’un projet de recherche | * **Choisir les moyens logiciels et matériels**, en tenant compte de leurs performances et de leur pertinence dans le cadre d’un problème donné ou d’un projet de recherche | ||
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| * **Assurer l’organisation des données et le suivi de leur exploitation** jusqu’à leur visualisation | * **Assurer l’organisation des données et le suivi de leur exploitation** jusqu’à leur visualisation | ||
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| * **Assurer une veille technologique** sur l’évolution des architectures matérielles, des systèmes, et des concepts associés | * **Assurer une veille technologique** sur l’évolution des architectures matérielles, des systèmes, et des concepts associés | ||
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| * **Assurer une veille scientifique** sur l’évolution des concepts et des méthodes dans les domaines d’application | * **Assurer une veille scientifique** sur l’évolution des concepts et des méthodes dans les domaines d’application | ||
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| * **Aider les chercheurs** dans le choix et dans l’implémentions des méthodes numériques, dans l’utilisation des bibliothèques de calcul et dans la mise en oeuvre des techniques de programmation, de parallélisation et d’optimisation | * **Aider les chercheurs** dans le choix et dans l’implémentions des méthodes numériques, dans l’utilisation des bibliothèques de calcul et dans la mise en oeuvre des techniques de programmation, de parallélisation et d’optimisation | ||
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| * **Développer, paralléliser et optimiser** de codes de calcul | * **Développer, paralléliser et optimiser** de codes de calcul | ||
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| * **Choisir, acquérir, et exploiter des calculateurs haute performance** | * **Choisir, acquérir, et exploiter des calculateurs haute performance** | ||
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| * **Diffuser et valoriser** les méthodes et outils développés | * **Diffuser et valoriser** les méthodes et outils développés | ||
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