✎ recherche:projets:jost2019[CBP]

✎ recherche:projets:jost2019
Cette page est en lecture seule. Vous pouvez afficher le texte source, mais ne pourrez pas le modifier. Contactez votre administrateur si vous pensez qu'il s'agit d'une erreur.
  * [[recherche:projets|Projets soutenus]]

====== Modélisation de l'organisation des chromosomes lors de la spermatogénèse du grillon ======

{{:recherche:?nolink&250 |}} Daniel Jost (LBMC, ENS-Lyon), Maxime Tortora (LBMC, ENS-Lyon), \\
Centre Blaise Pascal : Emmanuel Quémener

Comprendre comment les génomes se replient et s'organisent dans les noyaux cellulaires représente un des grands challenges de la biologie moderne. En effet, des expériences récentes ont démontré que l'organisation 3D des chromosomes n'était pas aléatoire et qu'elle pouvait jouer un rôle prépondérant dans la régulation de l'expression des gènes et dans le développement de certaines maladies. Lors de la spermatogénèse, il s'opère une réorganisation drastique de la structure du génome afin de permettre son confinement extrême dans un volume nucléaire 2 à 3 fois plus petit que la normale. Cependant cette réorganisation et les mécanismes qui la contrôlent sont encore très peu connus. Dans ce projet, en collaboration avec Guillermo Orsi (chercheur dans l'équipe de B. Loppin au LBMC) et Cédric Vaillant (CBP, Laboratoire de Physique), nous allons étudier ce phénomène en utilisant le grillon comme système modèle. En particulier, nous désirons comprendre les mécanismes physiques responsables de cette réorganisation. Ainsi, nous allons développer des modèles gros-grains à grandes échelles (le génome du grillon est aussi grand que celui de l'homme) pour lesquelles nous ferons des prédictions à l'aide de simulations numériques intensives de type dynamique moléculaire, que l'on comparera aux données expérimentales. Un des challenges ici est de modéliser à la fois la dynamique de la membrane du noyau (qui est amenée à se déformer) et celle des chromosomes, ainsi que leur couplage. Pour développer les méthodes adéquates, nous aimerions utiliser les ressources du CBP pour y installer le logiciel de simulations hoomd-blue, qui a l'avantage d'être souple et très performant notamment grâce à l'utilisation du calcul sur GPU. 

====== Contribution du CBP ======

Ce code Hoomd est tourne plutôt très efficacement sur GPU. La grande diversité de GPU du CBP permettra de faire tourner nombre de simulations sur son infrastructure.