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  * [[developpement:projets|Projets d'infrastructure]]

====== projet Oiko : éléments transposables et évolution des génomes de Tuniciers ======

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Maîtrise d'ouvrage : Magalie Naville, IGFL\\
Maîtrise d'oeuvre  : Emmanuel Quemener, Centre Blaise Pascal

===== Projet =====

Les Tuniciers, ou Urochordés, constituent le groupe frère des vertébrés ; ils sont d'un intérêt majeur pour étudier les innovations dans les processus développementaux. Certaines espèces d'Urochordés jouent en outre des rôles clés dans les écosystèmes marins. L'une des plus communes est l'espèce Oikopleura dioca, qui constitue un bon modèle de laboratoire : elle est très féconde, et transparente à l'état embryonnaire comme à l'état adulte. Son génome est de petite taille (~70Mb) et a connu des changements structuraux drastiques depuis l'ancêtre commun Urochordés / Vertébrés. Ce génome est extrêmement compact et présente un lot d'éléments transposables particulier, avec beaucoup de familles absentes par rapport aux Vertébrés, et au contraire la présence de familles spécifiques de la lignée. Les éléments LTR de la famille TOR en constituent une particulièrement importante.
Le projet OIKO a pour but de caractériser les éléments transposables dans 7 génomes  d'Urochordés, ainsi que leur dynamique, afin de mieux comprendre l'impact de ces éléments sur ces génomes et sur l'évolution de ces espèces. Le CBP met à disposition pour ce projet des ressources facilitant deux étapes cruciales de cette étude : l'identification de novo et la cartographie des éléments transposables des génomes analysés.

===== Contribution du CBP =====

Le Centre Blaise Pascal a entrepris les actions suivantes :
  * mise à disposition d'un serveur aux processeurs à fréquence élevée
  * configuration d'un disque de RAM pour limiter l'empreinte des entrées/sorties