Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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developpement:productions:logiciels:aquasol:validation [2013/09/12 20:24] cicaluga [Analyse du comportement numérique et informatique du code AquaSol] |
developpement:productions:logiciels:aquasol:validation [2015/01/07 10:04] (Version actuelle) |
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| - | * **Contact** : Ralf Everaers, Cerasela Calugaru, Sam Meyer\\ | + | * **Contact** : Cerasela Calugaru, Ralf Everaers, Sam Meyer\\ |
| * **Objectif** : Optimisation (nouveaux algorithmes, parallélisation), implémentation des nouvelles fonctionnalités, analyse du comportement numérique et informatique du code AquaSol\\ | * **Objectif** : Optimisation (nouveaux algorithmes, parallélisation), implémentation des nouvelles fonctionnalités, analyse du comportement numérique et informatique du code AquaSol\\ | ||
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| Parmi d’autres approches existantes pour résoudre les problèmes de dynamique moléculaire, l’équipe locale s’est intéressée au logiciel Amber et nous avons comparé les résultats obtenus par AquaSol avec ceux fournis par Amber. Pour la visualisation des solutions 3D (format OpenDX) obtenus avec AquaSol, on a utilisé le logiciel VMD. On a également utilisé ce logiciel pour transformer des fichiers issus d’Amber (format .trj) en cartes 3D d’isovaleurs pour les ions. | Parmi d’autres approches existantes pour résoudre les problèmes de dynamique moléculaire, l’équipe locale s’est intéressée au logiciel Amber et nous avons comparé les résultats obtenus par AquaSol avec ceux fournis par Amber. Pour la visualisation des solutions 3D (format OpenDX) obtenus avec AquaSol, on a utilisé le logiciel VMD. On a également utilisé ce logiciel pour transformer des fichiers issus d’Amber (format .trj) en cartes 3D d’isovaleurs pour les ions. | ||
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| + | ➢ **L’étude du modèle de Born et d’une molécule AGTC (de 760 atomes)**, ainsi que la **comparaison avec des résultats expérimentaux** a été effectuée et présentée dans un congrès. On s’est intéressé notamment au calcul de l’énergie de solvatation issue de divers modèles (Poisson, PB, DPBL) et aux méthodes de projection de charges fixes. L’étude se poursuit avec l’analyse des interactions des deux molécules en fonction de leur distance et leur position relative et un article est en cours de rédaction. | ||
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| + | Congrès : CANUM 2014 (31 mars-4 avril 2014): [[http://smai.emath.fr/canum2014/resumesPDF/CCalugaru/Abstract.pdf|«Grid projection techniques for modelling fixed charges in Poisson-Boltzmann solvers»]] | ||