Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
| Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente | ||
|
developpement:productions:logiciels:aquasol:optimisation [2013/06/17 07:03] cicaluga [Optimisation des méthodes d’approximation numérique déjà implémentées. Mise en œuvre d’autres méthodes et de nouveaux algorithmes de discrétisation] |
developpement:productions:logiciels:aquasol:optimisation [2015/01/07 10:04] (Version actuelle) |
||
|---|---|---|---|
| Ligne 3: | Ligne 3: | ||
| ====== Optimisation des méthodes d’approximation numérique déjà implémentées. Mise en œuvre d’autres méthodes et de nouveaux algorithmes de discrétisation ====== | ====== Optimisation des méthodes d’approximation numérique déjà implémentées. Mise en œuvre d’autres méthodes et de nouveaux algorithmes de discrétisation ====== | ||
| - | * **Contact** : Ralf Everaers (RE), Cerasela Calugaru (CC), Sam Meyer (SM)\\ | + | {{:developpement:productions:figureaquasol.png?200 |}} |
| - | * **Objectif** : Optimisation (nouveaux algorithmes, parallélisation), implémentation des nouvelles fonctionnalités, validation et tests | + | * **Contact** : Cerasela Calugaru, Ralf Everaers, Sam Meyer\\ |
| + | * **Objectif** : Optimisation (nouveaux algorithmes, parallélisation), implémentation des nouvelles fonctionnalités, analyse du comportement numérique et informatique du code AquaSol | ||
| ➢ **Approximation des dérivées partielles premières** | ➢ **Approximation des dérivées partielles premières** | ||
| Bien qu’une approximation d’ordre 2 (centrée) de ces dérivées était déjà implémentée dans le code, pour mieux capter les forts gradients du potentiel dans les zones autour de charges fixes, il s’avère parfois plus judicieux d’abaisser l’ordre et d’utiliser une approximation décentrée. | Bien qu’une approximation d’ordre 2 (centrée) de ces dérivées était déjà implémentée dans le code, pour mieux capter les forts gradients du potentiel dans les zones autour de charges fixes, il s’avère parfois plus judicieux d’abaisser l’ordre et d’utiliser une approximation décentrée. | ||
| - | J’ai programmé l’approximation d’ordre 1 et les résultats obtenus dans le cas d’un atome centré en un point du grid (pour l’ordre 1 et 2) confirment cette assertion. | + | Nous avons programmé l’approximation d’ordre 1 et les résultats obtenus dans le cas d’un atome centré en un point du grid (pour l’ordre 1 et 2) confirment cette assertion. |
| ➢ **Méthode « focusing »** | ➢ **Méthode « focusing »** | ||
| - | + | {{:developpement:productions:logiciels:aquasol:figfocusing2.png?200 |}} | |
| - | Cette méthode permet de « zoomer » successivement la résolution du problème de type Poisson-Boltzmann autour de la molécule. Dans un premier temps, elle a été implémentée de la manière la plus non intrusive possible, à savoir en minimisant les modifications apportées au code. Les domaines de simulations successifs sont pilotés via un script shell qui les traitent l’un après l’autre. Le passage d’une simulation plus « grossière » à une simulation plus « fine » se fait par une transmission des valeurs du potentiel obtenues à l’intérieur du domaine grossier (correspondant à la frontière du domaine fin) comme conditions aux limites pour le potentiel pour le domaine fin. Cela a nécessité l’implémentation des procédures pour déterminer la correspondance des points de cette frontière entre les deux maillages. Ainsi, deux techniques ont été implémentées : une première basée sur la recherche globale du plus proche point qui peut traiter tout type de maillage mais qui s’avère pénalisante en terme de temps de calcul et une seconde technique basée sur une méthode de splitting et que j’ai développée pour traiter cette recherche en deux étapes - une recherche 1D suivie d’une autre 2D et qui s’avère très efficace dans le cas particulier des maillages cartésiens (seuls qui sont actuellement pris en compte par AquaSol). Les résultats obtenus jusqu’à maintenant avec cette méthode sont très encourageants et incitent la poursuite des travaux dans cette direction avec une généralisation des ces techniques et un rajout des autres fonctionnalités. | + | Cette méthode permet de « zoomer » successivement la résolution du problème de type Poisson-Boltzmann autour de la molécule. Dans un premier temps, elle a été implémentée de la manière la plus non intrusive possible, à savoir en minimisant les modifications apportées au code. Les domaines de simulations successifs sont pilotés via un script shell qui les traitent l’un après l’autre. Le passage d’une simulation plus « grossière » à une simulation plus « fine » se fait par une transmission des valeurs du potentiel obtenues à l’intérieur du domaine grossier (correspondant à la frontière du domaine fin) comme conditions aux limites pour le potentiel pour le domaine fin. Cela a nécessité l’implémentation des procédures pour déterminer la correspondance des points de cette frontière entre les deux maillages. Ainsi, deux techniques ont été implémentées : une première basée sur la recherche globale du plus proche point qui peut traiter tout type de maillage mais qui s’avère pénalisante en terme de temps de calcul et une seconde technique basée sur une méthode de splitting et que nous avons développée pour traiter cette recherche en deux étapes - une recherche 1D suivie d’une autre 2D et qui s’avère très efficace dans le cas particulier des maillages cartésiens (seuls qui sont actuellement pris en compte par AquaSol). Les résultats obtenus jusqu’à maintenant avec cette méthode sont très encourageants et incitent la poursuite des travaux dans cette direction avec une généralisation des ces techniques et un rajout des autres fonctionnalités. |
| ➢ **Parallélisation du code** | ➢ **Parallélisation du code** | ||
| Ligne 22: | Ligne 22: | ||
| Optimisations à venir : | Optimisations à venir : | ||
| - | ➢ **Achever l'implémentation du maillage cartésien non uniforme** | + | ➢ **Finaliser l'implémentation du maillage cartésien non uniforme** |
| ➢ **Utilisation d'un générateur de maillage cartésien non uniforme raffiné autour de la (des) molécule(s)** | ➢ **Utilisation d'un générateur de maillage cartésien non uniforme raffiné autour de la (des) molécule(s)** | ||