Logiciel Aquasol

Le logiciel AquaSol, (développé par Patrice Koehl & Marc Delarue, Aquasol) permet la modélisation de l'environnement ionique autour de biomacromolécules, en utilisant une extension récente de la théorie de Poisson-Boltzmann (modèle Dipolar Poisson-Boltzmann-Langevin).

Nous souhaitons valider, optimiser et étendre ce code pour l'utiliser à des applications comme les oligomères d'ADN, puis les nucléosomes:

• Validation mathématique, numérique et physique

• Tests de performance sur des différentes plateformes

• Implémentation de nouvelles fonctionnalites

• Optimisation du code :
  • Achever l'implémentation du maillage cartésien non uniforme
  • Utilisation d'un générateur de maillage cartésien non uniforme raffiné autour de la (des) molécule(s)
  • Intégration du solveur MUMPS
  • Parallélisation OpenMP et/ou MPI