Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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developpement:productions:logiciels:aquasol [2013/04/17 15:45] sbarends |
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| + | [[developpement:productions:logiciels|Logiciels]] | ||
| + | ====== Logiciel AquaSol ====== | ||
| - | Le logiciel AquaSol, (développé par Patrice Koehl & Marc Delarue, [[http://lorentz.immstr.pasteur.fr/aquasol/aquasol_submission.php|Aquasol]]) permet la modélisation de l'environnement ionique autour de biomacromolécules, en utilisant une extension récente de la théorie de Poisson-Boltzmann (modèle Dipolar Poisson-Boltzmann-Langevin). | + | {{:developpement:productions:figureaquasol.png?200 |}} |
| + | * **Contact** : Cerasela Calugaru, Ralf Everaers, Sam Meyer \\ | ||
| + | * **Objectif** : Optimisation (nouveaux algorithmes, parallélisation), implémentation des nouvelles fonctionnalités, analyse du comportement numérique et informatique du code AquaSol | ||
| - | Nous souhaitons valider, optimiser et étendre ce code pour l'utiliser à des applications comme les oligomères d'ADN, puis les nucléosomes: | + | Le logiciel AquaSol, (développé par Patrice Koehl & Marc Delarue, [[http://lorentz.immstr.pasteur.fr/aquasol/aquasol_submission.php|AquaSol]]) permet la modélisation de l'environnement ionique autour de biomacromolécules, en utilisant une extension récente de la théorie de Poisson-Boltzmann (modèle Dipolar Poisson-Boltzmann-Langevin). |
| - | * [[developpement:productions:logiciels:aquasol|Validation mathématique, numérique et physique]] | + | [[http://smai.emath.fr/canum2014/resumesPDF/CCalugaru/Abstract.pdf|«Grid projection techniques for modelling fixed charges in Poisson-Boltzmann solvers»]] |
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| + | **Développements au CBP :** | ||
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| + | Notre objectif principal est l’application de ce code pour des diverses géométries et configurations des charges, comme les oligomères d'ADN, puis les nucléosomes. Cela nécessite plusieurs développements dans les directions suivantes : | ||
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| + | * [[developpement:productions:logiciels:aquasol:validation|Analyse du comportement numérique et informatique du code ]] | ||
| - | * [[developpement:productions:logiciels:aquasol|Tests de performance sur des différentes plateformes]] | + | * [[developpement:productions:logiciels:aquasol:tests|Tests de performance sur des différentes plateformes]] |
| - | * [[developpement:productions:logiciels:aquasol|Implémentation de nouvelles fonctionnalites]] | + | * [[developpement:productions:logiciels:aquasol:implementation|Implémentation de nouvelles fonctionnalites]] |
| - | * [[developpement:productions:logiciels:aquasol|Optimisation du code]] : | + | * [[developpement:productions:logiciels:aquasol:optimisation|Optimisation des méthodes d’approximation numérique déjà implémentées. Mise en œuvre d’autres méthodes et de nouveaux algorithmes de discrétisation]] |
| - | * Achever l'implémentation du maillage cartésien non uniforme | + | |
| - | * Utilisation d'un générateur de maillage cartésien non uniforme raffiné autour de la (des) molécule(s) | + | |
| - | * Intégration du solveur MUMPS | + | |
| - | * Parallélisation OpenMP et/ou MPI | + | |