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Le logiciel AquaSol, (développé par Patrice Koehl & Marc Delarue, Aquasol) permet la modélisation de l'environnement ionique autour de biomacromolécules, en utilisant une extension récente de la théorie de Poisson-Boltzmann (modèle Dipolar Poisson-Boltzmann-Langevin).

Nous souhaitons valider, optimiser et étendre ce code pour l'utiliser à des applications comme les oligomères d'ADN, puis les nucléosomes:

• Validation mathématique, numérique et physique

• Tests de performance sur des différentes plateformes

• Implémentation de nouvelles fonctionnalites

• Optimisation du code :
• * Achever l'implémentation du maillage cartésien non uniforme
• * Utilisation d'un générateur de maillage cartésien non uniforme raffiné autour de la (des) molécule(s)
• * Intégration du solveur MUMPS
• * Parallélisation OpenMP et/ou MPI