Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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developpement:productions:logiciels [2013/06/28 10:01] cicaluga [AquaSol - Generalized Poisson-Boltzmann theory and simulation applied to DNA and the nucleosome] |
developpement:productions:logiciels [2016/04/21 15:45] sbarends |
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====== Logiciels ====== | ====== Logiciels ====== | ||
+ | ===== SynopsX ===== | ||
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+ | http://ahn.ens-lyon.fr/synopsx | ||
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+ | ===== Image segmentation : Level Set Method ===== | ||
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+ | {{:formation:stages:stage_rdp.png?nolink&100 |}}**Contact** : Typhaine Moreau, Annamaria Kiss, Cerasela Calugaru \\ | ||
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+ | * **Objectif** : [[developpement:productions:logiciels:LevelSetMethod|Level Set Method]] : Optimization of Level Set Methods for biological image segmentation (LSM). An automatic way to segment grayscale 3D images of cells. \\ | ||
+ | ===== Image processing : Anisotropic Blur ===== | ||
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+ | {{:formation:stages:stage_rdp.png?nolink&100 |}}**Contact** : Typhaine Moreau, Annamaria Kiss, Cerasela Calugaru \\ | ||
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+ | * **Objectif** : [[developpement:productions:logiciels:AnisotropicBlur|Anisotropic Blur]] : PDE-based algorithm to reduce noise in grey-scale image (2D or 3D) from biology, using a diffusion process. \\ | ||
+ | | ||
===== Twist-DNA ===== | ===== Twist-DNA ===== | ||
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**Contact** : Emmanuel Lévêque, Cerasela Calugaru \\ | **Contact** : Emmanuel Lévêque, Cerasela Calugaru \\ | ||
- | * **Objectif** : Portage du code sur GPU avec CUDA \\ | + | * **Objectif** : Portage du code **INCNS** sur GPU avec CUDA : implémentation des transformées de Fourier rapide du code en utilisant la bibliothèque CuFFT sur GPU (dans un environnement PGI CUDA Fortran Compiler) à la place de de FFTw sur CPU \\ |
* **[[developpement:productions:logiciels:incns|Développements au CBP]] ** | * **[[developpement:productions:logiciels:incns|Développements au CBP]] ** | ||
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===== AquaSol - Generalized Poisson-Boltzmann theory and simulation applied to DNA and the nucleosome ===== | ===== AquaSol - Generalized Poisson-Boltzmann theory and simulation applied to DNA and the nucleosome ===== | ||
- | **Contact** : Ralf Everaers, Cerasela Calugaru, Sam Meyer \\ | + | **Contact** : Cerasela Calugaru, Ralf Everaers, Sam Meyer \\ |
{{:developpement:productions:figureaquasol.png?200 |}} | {{:developpement:productions:figureaquasol.png?200 |}} | ||
- | * **Objectif** : Optimisation (nouveaux algorithmes, parallélisation), implémentation des nouvelles fonctionnalités, analyse du comportement numérique et informatique du code. | + | * **Objectif** : Optimisation (nouveaux algorithmes, parallélisation), implémentation des nouvelles fonctionnalités, analyse du comportement numérique et informatique du code **AquaSol**. |
* **[[developpement:productions:logiciels:AquaSol|Développements au CBP ]]** | * **[[developpement:productions:logiciels:AquaSol|Développements au CBP ]]** | ||
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**Contact** : Cerasela Calugaru | **Contact** : Cerasela Calugaru | ||
- | {{:developpement:productions:figuresoftp.png?200 |}}Le code **SoFTP** a été initialement développé pour simuler les phénomènes d'écoulement et de transport de masse en milieux poreux. Avec les derniers développements, il prends aussi en compte le transferts de chaleur et d'autres types de milieux (complètement fluide ou complètement solide). | + | {{:developpement:productions:figuresoftp.png?200 |}} |
+ | * Le code **SoFTP** a été initialement développé pour simuler les phénomènes d'écoulement et de transport de masse en milieux poreux. Avec les derniers développements, il prends aussi en compte le transferts de chaleur et d'autres types de milieux (complètement fluide ou complètement solide). | ||
* **[[developpement:productions:logiciels:ecoulement|Documentation]]** | * **[[developpement:productions:logiciels:ecoulement|Documentation]]** | ||
===== Outil de simulation numérique en mécanique des fluides pour l'optimisation aérodynamique et aéroacoustique ===== | ===== Outil de simulation numérique en mécanique des fluides pour l'optimisation aérodynamique et aéroacoustique ===== |