Intégration de ABInit sur Debian Wheezy

La version disponible dans Wheezy, et même dans Sid, est très ancienne (5.3.4 pour une version courante 6.12.3 au 16 avril 2012).

apt-get -y install libopenmpi-dev libnetcdff5 libnetcdf-dev openmpi-bin openmpi-common libhdf5-openmpi-dev libgsl0-dev libfftw3-dev openjdk-6-jdk python-numpy python-numpy-doc etsf-io gcc-4.4 g++-4.4 gfortran-4.4

cd /root
wget http://ftp.abinit.org/abinit-6.12.3.tar.gz

cd /tmp
tar xzf /root/abinit-6.12.3.tar.gz 
cd /tmp/abinit-6.12.3

Visiblement, la version d'ABinit ne compile qu'avec la version 4.4 de compilateurs GNU.

Ce plus, de manière à pouvoir exécuter ces codes sur toutes les architectures, les mtune=native ont été remplacés.

OMPI_CC=/usr/bin/gcc-4.4 OMPI_CXX=/usr/bin/g++-4.4 OMPI_FC=/usr/bin/gfortran-4.4 CFLAGS="-mtune=generic -O2 -msse2" FCFLAGS="-mtune=generic -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-6.12.3 --enable-smp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --enable-gui --enable-gw-openmp --enable-netcdf --enable-bigdft --with-fft-flavor=fftw3 --with-linalg-flavor=custom  --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas"
time make mj4

OMPI_CC=/usr/bin/gcc-4.4 OMPI_CXX=/usr/bin/g++-4.4 OMPI_FC=/usr/bin/gfortran-4.4 CFLAGS="-mtune=generic -O2 -msse2" FCFLAGS="-mtune=generic -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-6.12.3 --enable-smp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --enable-gui --enable-gw-openmp --enable-netcdf --enable-bigdft --with-fft-flavor=fftw3 --with-linalg-flavor=custom  --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas"
time make mj4

make install
TEMP=$PWD
cd /opt
ln -s abinit-6.12.3 abinit
cd $TEMP

cd tests
make tests_min

— Emmanuel Quemener 2012/10/17 22:02