Différences
Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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developpement:activites:abinit4wheezy [2013/03/22 16:15] sbarends créée |
— (Version actuelle) | ||
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| Ligne 1: | Ligne 1: | ||
| - | ====== Intégration de ABInit sur Debian Wheezy ====== | ||
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| - | La version disponible dans Wheezy, et même dans Sid, est très ancienne (5.3.4 pour une version courante 6.12.3 au 16 avril 2012). | ||
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| - | ===== Compilation de l'application ===== | ||
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| - | ==== Installation des prérequis ==== | ||
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| - | <code>apt-get -y install libopenmpi-dev libnetcdff5 libnetcdf-dev openmpi-bin openmpi-common libhdf5-openmpi-dev libgsl0-dev libfftw3-dev openjdk-6-jdk python-numpy python-numpy-doc etsf-io gcc-4.4 g++-4.4 gfortran-4.4</code> | ||
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| - | ==== Récupération des sources ==== | ||
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| - | <code>cd /root | ||
| - | wget http://ftp.abinit.org/abinit-6.12.3.tar.gz</code> | ||
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| - | ==== Expansion de l'archive ==== | ||
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| - | <code> | ||
| - | cd /tmp | ||
| - | tar xzf /root/abinit-6.12.3.tar.gz | ||
| - | cd /tmp/abinit-6.12.3 | ||
| - | </code> | ||
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| - | ==== Compilation ==== | ||
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| - | Visiblement, la version d'ABinit ne compile qu'avec la version 4.4 de compilateurs GNU. | ||
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| - | Ce plus, de manière à pouvoir exécuter ces codes sur toutes les architectures, les ''mtune=native'' ont été remplacés. | ||
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| - | === Sur une machine 64 bits : === | ||
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| - | <code> | ||
| - | OMPI_CC=/usr/bin/gcc-4.4 OMPI_CXX=/usr/bin/g++-4.4 OMPI_FC=/usr/bin/gfortran-4.4 CFLAGS="-mtune=generic -O2 -msse2" FCFLAGS="-mtune=generic -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-6.12.3 --enable-smp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --enable-gui --enable-gw-openmp --enable-netcdf --enable-bigdft --with-fft-flavor=fftw3 --with-linalg-flavor=custom --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas" | ||
| - | time make mj4 | ||
| - | </code> | ||
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| - | == Sur une machine 32 bits : == | ||
| - | |||
| - | <code> | ||
| - | OMPI_CC=/usr/bin/gcc-4.4 OMPI_CXX=/usr/bin/g++-4.4 OMPI_FC=/usr/bin/gfortran-4.4 CFLAGS="-mtune=generic -O2 -msse2" FCFLAGS="-mtune=generic -ffree-line-length-none" CXXFLAGS="-mtune=generic" FC_LDFLAGS_EXTRA="-fopenmp" CC=mpicc.openmpi CXX=mpic++.openmpi FC=mpif90.openmpi ./configure --prefix=/opt/abinit-6.12.3 --enable-smp --enable-mpi --enable-mpi-io --enable-mpi-trace --enable-64bit-flags --enable-gui --enable-gw-openmp --enable-netcdf --enable-bigdft --with-fft-flavor=fftw3 --with-linalg-flavor=custom --with-linalg-incs="-I/usr/include/atlas" --with-linalg-libs="-L/usr/lib/atlas-base/atlas -llapack -lblas" | ||
| - | time make mj4 | ||
| - | </code> | ||
| - | |||
| - | === Installation === | ||
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| - | <code> | ||
| - | make install | ||
| - | TEMP=$PWD | ||
| - | cd /opt | ||
| - | ln -s abinit-6.12.3 abinit | ||
| - | cd $TEMP | ||
| - | |||
| - | </code> | ||
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| - | ==== Exécution des tests ==== | ||
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| - | <code> | ||
| - | cd tests | ||
| - | make tests_min | ||
| - | </code> | ||
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| - | --- //[[emmanuel.quemener@ens-lyon.fr|Emmanuel Quemener]] 2012/10/17 22:02// | ||