Journées du Centre Blaise Pascal : Exploring (Free) Energy Landscapes

Location: Salle de réunion LR6 C 023, Centre Blaise Pascal, ENS-Lyon, France November 20th, 2012

• Paul Fleurat-Lessard, Laboratoire de Chimie - ENS de Lyon
• Claire Loison, Laboratoire de Spectrométrie Ionique et Moléculaire - Université de Lyon / CNRS
• Cerasela Calugaru, Centre Blaise Pascal - ENS de Lyon

• Administrative coordination: Samantha Barendson, CBP, ENS de Lyon, France (samantha.barendson@ens-lyon.fr)

The workshop is supported by:

• the Centre Blaise Pascal

La communauté des lyonnais utilisant l'outil numérique pour résoudre un problème scientifique est vaste : informaticiens pour sûr, mais aussi mathématiciens, biologistes, physiciens, chimistes…

L'objectif de ces rencontres est de souder cette communauté autour de rencontres conviviales. Plus concrètement, ces journées visent aussi à permettre de trouver des réponses à nos interrogations quotidiennes auprès d'interlocuteurs locaux. Que les questions soient techniques comme l'utilisation d'un logiciel par exemple, ou plus méthodologiques comme la résolution d'une équation aux dérivées partielles, au moins une réponse se trouve probablement à moins de quelques kilomètres !

Entre les objets d'étude très varies, et le processeur, hardware commun au travail de tous, se croisent de nombreux chemins qui passent par la compréhension d'un système, sa modélisation mathématique, la dérivation d'un algorithme sous-jacent, la traduction de celui-ci dans un langage, l'utilisation d'un exécutable et enfin, l'exploitation des données produites. Chacune de ces étapes peut elle-même constituer un sujet de recherche et de développement, mais certains chercheurs devront les parcourir toutes, quitte à y passer moins de temps.

Bien évidemment, les journées du Centre Blaise Pascal ne pourront balayer exhaustivement les thématiques de recherche de la communauté. Nous chercherons à présenter des applications variées, des méthodes assez générales utilisées dans différents domaines, et des matériels toujours nouveaux et toujours plus performants.

09h30 Christophe Chipot (UHP Nancy): Addressing complex biological problems using free-energy calculations
10h30 Coffee break
10h45 Martin Spichty (ENS Lyon): Conformational free energy calculations and their application to peptide aptamer technology
11h15 Chandan Patel (ENS Lyon): Complex DNA lesions : insights from QM/MM–MD

11h45 - 14h00 Buffet Lunch

14h00 Ralf Everaers (ENS Lyon): A statistical mechanical framework for adaptive resolution multiscale simulations
15h00 Coffee break
15h15 Benjamin Bouvier (IBCP Lyon): Simulating macromolecular recognition using enhanced sampling
15h45 Pawel Koziatek (INP Grenoble): Potential energy landscape of glasses: distributions of activation energies and attempt frequencies