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ressources:miniconda4cbp [2021/06/02 07:49] – [Installation de Miniconda au Centre Blaise Pascal] equemene | ressources:miniconda4cbp [2025/05/14 07:38] (Version actuelle) – modification externe 127.0.0.1 |
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====== Installation de Miniconda au Centre Blaise Pascal ====== | ====== Exploitation ou Installation de Miniconda au Centre Blaise Pascal ====== |
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| ===== Utilisation du miniconda embarqué ===== |
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| Pour exploiter le **miniconda3** version **23.3.1** installé au Centre Blaise Pascal sur les machines du domaine |
| [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/python/forms/CloudCBP|CLoudCBP]], il suffit de taper dans un terminal :<code> |
| module load conda3/23.3.1 |
| </code> |
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| Ce **miniconda3** comprend notamment les outils classiques de //machine learning// PyTorch et Tensorflow. |
| ===== Installation de son propre miniconda ===== |
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Miniconda est un outil permettant à chaque utilisateur d'installer un environnement Python (et ses dépendances) pour ses propres besoins. C'est devenu nécessaire voire indispensable pour les applications demandant des versions très spécifiques de librairies. | Miniconda est un outil permettant à chaque utilisateur d'installer un environnement Python (et ses dépendances) pour ses propres besoins. C'est devenu nécessaire voire indispensable pour les applications demandant des versions très spécifiques de librairies. |
Pour récupérer le dernier installeur Miniconda pour **Python 3.9**, tapez les commandes suivantes :<code> | Pour récupérer le dernier installeur Miniconda pour **Python 3.9**, tapez les commandes suivantes :<code> |
cd $HOME | cd $HOME |
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh | wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O $HOME/Miniconda.sh |
mv Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh Miniconda3.sh | |
</code> | </code> |
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===== Installation de l'application ===== | ===== Installation de l'application ===== |
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<note important>A moins de savoir EXACTEMENT ce que vous faites, il est VIVEMENT déconseillé d'installer Miniconda dans son espace utilisateur personnel (le ''$HOME''). En effet, **Conda** (''Miniconda'' ou ''Anaconda'') installent des centaines de milliers de fichiers. Le ''$HOME'' de chaque utilisateur est par défaut limité à 20GB et 500000 [[https://fr.wikipedia.org/wiki/N%C5%93ud_d%27index|inodes]]. Vous risquez donc de remplir votre espace utilisateur avec une simple installation de **Conda**</note> | <note important>A moins de savoir EXACTEMENT ce que vous faites, il est VIVEMENT déconseillé d'installer Miniconda dans son espace utilisateur personnel (le ''$HOME''). En effet, **Conda** (''Miniconda'' ou ''Anaconda'') installe des centaines de milliers de fichiers. Le ''$HOME'' de chaque utilisateur est par défaut limité à 20GB et 500000 [[https://fr.wikipedia.org/wiki/N%C5%93ud_d%27index|inodes]]. Vous risquez donc de remplir votre espace utilisateur avec une simple installation de **Conda**</note> |
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L'installation de compose de 7 étapes : | L'installation de compose de 7 étapes : |
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[/home/<MyLogin>/miniconda3] >>></code> | [/home/<MyLogin>/miniconda3] >>></code> |
| * vous pouvez spécifier un autre endroit comme, par exemple dans l'espace //projets// ''projects'' |
| * pour vous en particulier : ''/projects/users/$USER/Miniconda3'' |
| * pour un projet en particulier : ''/projects/<MonProjet>/Miniconda3'' |
- modification de la configuration du shell : tapez ''yes'' à l'invite python <code>Do you wish the installer to initialize Miniconda3 | - modification de la configuration du shell : tapez ''yes'' à l'invite python <code>Do you wish the installer to initialize Miniconda3 |
by running conda init? [yes|no] | by running conda init? [yes|no] |
</code> | </code> |
| <hidden>Section masquée</hidden> |
Par défaut, la configuration de votre shell est modifiée : à chaque ouverture de terminal, l'environnement **Conda** sera chargé, ce qui peut poser des difficultés si vous travaillez avec plusieurs environnements. | Par défaut, la configuration de votre shell est modifiée : à chaque ouverture de terminal, l'environnement **Conda** sera chargé, ce qui peut poser des difficultés si vous travaillez avec plusieurs environnements. |
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Le mieux est d'appliquer les deux commandes suivantes pour retrouver son environnement initial ET extraire de quoi lancer à discrétion l'environnement **Conda** :<code> | Le mieux est d'appliquer les deux commandes suivantes pour retrouver son environnement initial ET extraire de quoi lancer à discrétion l'environnement **Conda** :<code> |
tail -15 $HOME/.bashrc > CondaLatest.sh | tail -15 $HOME/.bashrc > CondaLatest.rc |
cp $HOME/.bashrc.orig $HOME/.bashrc | cp $HOME/.bashrc.orig $HOME/.bashrc |
</code> | </code> |
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| <note warning>Attention ! Avant d'installer un environnement **conda** dans un dossier dans ''/projects'', ''/scratch'' ou ''/local'', assurez-vous de créer **d'abord** le dossier avec ''mkdir /projects/users/$USER'', ''mkdir /scratch/$USER'' ou ''mkdir /local/$USER''</note> |
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==== Lancement de l'environnement Conda installé ==== | ==== Lancement de l'environnement Conda installé ==== |
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De manière à lancer l'environnement **Conda**, il suffit de lancer la commande : ''source $HOME/CondaLatest.sh''. | De manière à lancer l'environnement **Conda**, il suffit de lancer la commande : ''source $HOME/CondaLatest.rc''. |
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Dans un terminal :<code> | Dans un terminal :<code> |
jmylq@threadripper:~$ echo $PATH | jmylq@threadripper:~$ echo $PATH |
/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games | /usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games |
jmylq@threadripper:~$ source $HOME/CondaLatest.sh | jmylq@threadripper:~$ source $HOME/CondaLatest.rc |
(base) jmylq@threadripper:~$ echo $PATH | (base) jmylq@threadripper:~$ echo $PATH |
/scratch/jmylq/miniconda3/bin:/scratch/jmylq/miniconda3/condabin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games | /scratch/jmylq/miniconda3/bin:/scratch/jmylq/miniconda3/condabin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games |
* ''/scratch/jmylq/miniconda3/condabin'' | * ''/scratch/jmylq/miniconda3/condabin'' |
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| ==== Installation d'un logiciel dans l'environnement Conda configuré ==== |
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| Une fois l'environnement chargé avec ''source $HOME/CondaLatest.rc'', il suffit de taper ''conda install <Logiciel>'' pour que **Conda** recherche les dépendances, les installe puis installe le logiciel spécifié. |
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| Par exemple, pour l'installation de machine learning **pytorch** : ''conda install pytorch'' |
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==== Logs complets d'une installation ==== | ==== Logs complets d'une installation ==== |