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| ressources:miniconda4cbp [2021/06/01 09:28] – [Lancement de l'environnement Conda installé] equemene | ressources:miniconda4cbp [2024/02/16 15:40] (Version actuelle) – [Récupération de l'installeur Miniconda] equemene |
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| ====== Installation de Miniconda au Centre Blaise Pascal ====== | ====== Exploitation ou Installation de Miniconda au Centre Blaise Pascal ====== |
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| | ===== Utilisation du miniconda embarqué ===== |
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| | Pour exploiter le **miniconda3** version **23.3.1** installé au Centre Blaise Pascal sur les machines du domaine |
| | [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/python/forms/CloudCBP|CLoudCBP]], il suffit de taper dans un terminal :<code> |
| | module load conda3/23.3.1 |
| | </code> |
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| | Ce **miniconda3** comprend notamment les outils classiques de //machine learning// PyTorch et Tensorflow. |
| | ===== Installation de son propre miniconda ===== |
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| Miniconda est un outil permettant à chaque utilisateur d'installer un environnement Python (et ses dépendances) pour ses propres besoins. C'est devenu nécessaire voire indispensable pour les applications demandant des versions très spécifiques de librairies. | Miniconda est un outil permettant à chaque utilisateur d'installer un environnement Python (et ses dépendances) pour ses propres besoins. C'est devenu nécessaire voire indispensable pour les applications demandant des versions très spécifiques de librairies. |
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| L'installation de son environneemnt personnel se décompose en 3 phases : | L'installation de son environnement personnel se décompose en 3 phases : |
| - récupération de l'installeur ''miniconda'' sur le [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html#linux-installers|site de conda]] | - récupération de l'installeur ''miniconda'' sur le [[https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html#linux-installers|site de conda]] |
| - installation de l'application à l'endroit adapté | - installation de l'application à l'endroit adapté |
| Pour récupérer le dernier installeur Miniconda pour **Python 3.9**, tapez les commandes suivantes :<code> | Pour récupérer le dernier installeur Miniconda pour **Python 3.9**, tapez les commandes suivantes :<code> |
| cd $HOME | cd $HOME |
| wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh | wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O $HOME/Miniconda.sh |
| mv Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh Miniconda3.sh | |
| </code> | </code> |
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| ===== Installation de l'application ===== | ===== Installation de l'application ===== |
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| <note important>A moins de savoir EXACTEMENT ce que vous faites, il est VIVEMENT déconseillé d'installer Miniconda dans son espace utilisateur personnel (le ''$HOME''). En effet, **Conda** (''Miniconda'' ou ''Anaconda'') installent des centaines de milliers de fichiers. Le ''$HOME'' de chaque utilisateur est par défaut limité à 20GB et 500000 [[https://fr.wikipedia.org/wiki/N%C5%93ud_d%27index|inodes]]. Vous risquez donc de remplir votre espace utilisateur avec une simple installation de **Conda**</note> | <note important>A moins de savoir EXACTEMENT ce que vous faites, il est VIVEMENT déconseillé d'installer Miniconda dans son espace utilisateur personnel (le ''$HOME''). En effet, **Conda** (''Miniconda'' ou ''Anaconda'') installe des centaines de milliers de fichiers. Le ''$HOME'' de chaque utilisateur est par défaut limité à 20GB et 500000 [[https://fr.wikipedia.org/wiki/N%C5%93ud_d%27index|inodes]]. Vous risquez donc de remplir votre espace utilisateur avec une simple installation de **Conda**</note> |
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| L'installation de compose de 7 étapes : | L'installation de compose de 7 étapes : |
| - sauvegarde de la configuration du shell : ''cp $HOME/.bashrc $HOME/.bashrc.orig'' | - sauvegarde de la configuration du shell : tapez ''cp $HOME/.bashrc $HOME/.bashrc.orig'' |
| - lancement de la commande d'installation : ''bash $HOME/Miniconda3.sh'' | - lancement de la commande d'installation : tapez ''bash $HOME/Miniconda3.sh'' |
| - la revue de la licence : tapez ''<Entrée>'' à la première invite Python <code>In order to continue the installation process, please review the license | - la revue de la licence : tapez ''<Entrée>'' à la première invite Python <code>In order to continue the installation process, please review the license |
| agreement. | agreement. |
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| [/home/<MyLogin>/miniconda3] >>></code> | [/home/<MyLogin>/miniconda3] >>></code> |
| | * vous pouvez spécifier un autre endroit comme, par exemple dans l'espace //projets// ''projects'' |
| | * pour vous en particulier : ''/projects/users/$USER/Miniconda3'' |
| | * pour un projet en particulier : ''/projects/<MonProjet>/Miniconda3'' |
| - modification de la configuration du shell : tapez ''yes'' à l'invite python <code>Do you wish the installer to initialize Miniconda3 | - modification de la configuration du shell : tapez ''yes'' à l'invite python <code>Do you wish the installer to initialize Miniconda3 |
| by running conda init? [yes|no] | by running conda init? [yes|no] |
| </code> | </code> |
| | <hidden>Section masquée</hidden> |
| Par défaut, la configuration de votre shell est modifiée : à chaque ouverture de terminal, l'environnement **Conda** sera chargé, ce qui peut poser des difficultés si vous travaillez avec plusieurs environnements. | Par défaut, la configuration de votre shell est modifiée : à chaque ouverture de terminal, l'environnement **Conda** sera chargé, ce qui peut poser des difficultés si vous travaillez avec plusieurs environnements. |
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| Le mieux est d'appliquer les deux commandes suivantes pour retrouver son environnement initial ET extraire de quoi lancer à discrétion l'environnement **Conda** :<code> | Le mieux est d'appliquer les deux commandes suivantes pour retrouver son environnement initial ET extraire de quoi lancer à discrétion l'environnement **Conda** :<code> |
| tail -15 $HOME/.bashrc > CondaLatest.sh | tail -15 $HOME/.bashrc > CondaLatest.rc |
| cp $HOME/.bashrc.orig $HOME/.bashrc | cp $HOME/.bashrc.orig $HOME/.bashrc |
| </code> | </code> |
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| | <note warning>Attention ! Avant d'installer un environnement **conda** dans un dossier dans ''/projects'', ''/scratch'' ou ''/local'', assurez-vous de créer **d'abord** le dossier avec ''mkdir /projects/users/$USER'', ''mkdir /scratch/$USER'' ou ''mkdir /local/$USER''</note> |
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| ==== Lancement de l'environnement Conda installé ==== | ==== Lancement de l'environnement Conda installé ==== |
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| De manière à lancer l'environnement **Conda**, il suffit de lancer la commande : ''source $HOME/CondaLatest.sh''. | De manière à lancer l'environnement **Conda**, il suffit de lancer la commande : ''source $HOME/CondaLatest.rc''. |
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| Dans un terminal :<code> | Dans un terminal :<code> |
| jmylq@threadripper:~$ echo $PATH | jmylq@threadripper:~$ echo $PATH |
| /usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games | /usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games |
| jmylq@threadripper:~$ source $HOME/CondaLatest.sh | jmylq@threadripper:~$ source $HOME/CondaLatest.rc |
| (base) jmylq@threadripper:~$ echo $PATH | (base) jmylq@threadripper:~$ echo $PATH |
| /scratch/jmylq/miniconda3/bin:/scratch/jmylq/miniconda3/condabin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games | /scratch/jmylq/miniconda3/bin:/scratch/jmylq/miniconda3/condabin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games |
| </code> | </code> |
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| Nous voyons que le ''$PATH'' a été amendé des chemins vers ''/scratch/jmylq/miniconda3/bin'' et ''/scratch/jmylq/miniconda3/condabin''. | Nous voyons que le ''$PATH'' a été amendé des chemins vers |
| | * ''/scratch/jmylq/miniconda3/bin'' |
| | * ''/scratch/jmylq/miniconda3/condabin'' |
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| | ==== Installation d'un logiciel dans l'environnement Conda configuré ==== |
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| | Une fois l'environnement chargé avec ''source $HOME/CondaLatest.rc'', il suffit de taper ''conda install <Logiciel>'' pour que **Conda** recherche les dépendances, les installe puis installe le logiciel spécifié. |
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| | Par exemple, pour l'installation de machine learning **pytorch** : ''conda install pytorch'' |
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| ==== Logs complets d'une installation ==== | ==== Logs complets d'une installation ==== |
