formation:stages:2013rdp

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-====== Master1/Master2 Internship offer - 2013 ======
+  * [[formation:stages|Propositions de stages]]
-===== Title =====
+====== Proposition de stage de Master1/Master2 – 2013 ======
+{{:formation:stages:2013_segmentation_d_images_biologiques_3den_utilisant_du_calcul_parallele.pdf|Pdf de la proposition de stage}}
+===== Sujet: Segmentation d'images biologiques 3D en utilisant du calcul parallèle =====
-**Parallel computing applied to the segmentation of 3D biological images**
+{{:formation:stages:stage_rdp.png?nolink&200 |}}Un des problèmes clés dans l'imagerie quantitative en biologie est la segmentation correcte au niveau cellulaire des images confocales 3D des tissus. Les méthodes de segmentation de base que nous utilisons sont les méthodes watershed et level set combinés. Le but du stage est d'optimiser et donner une implémentation efficace de la méthode level set.
+Pour cela, l'étudiant est invité à :
+  * étudier les méthodes d'analyse d'image que nous utilisons,
+  * faire un revue des techniques d'optimisation et parallélisation, qui sont applicables à la méthode de segmentation level set
+  * implémenter la méthode optimale et parallélisée en C++
+  * rendre l'implémentation sous forme d'un plugin sur des plateformes de calcul existants.
-===== Subject =====
+===== Environnement, lieu =====
-{{:formation:stages:stage_rdp.png?nolink&200 |}}One of the main issues of quantitative imaging is the correct cellular level segmentation of 3D images of plant tissues, issued from confocal microscopy. The basic segmentation methods we use, are watershed combined with the level set method. The goal of the internship is to optimise and give an efficient implementation of the level set method.
+L'équipe Biophysique et Développement du Laboratoire RDP se concentre sur l'étude des mécanismes de morphogénèse en combinant des méthodes de la biologie cellulaire et moléculaire, de l'imagerie quantitative, des mesures physiques et modélisation. L'équipe est dans un environnement hautement pluridisciplinaire, au sein du Laboratoire Joliot Curie (LJC).
+D'autre part, le CBP (Centre Blaise Pascal) est une “maison de la modélisation”, un lieu de conférences, recherche et de formation liées à la modélisation numérique dans tous les domaines scientifiques. Le PSMN (Pôle Scientifique de Modélisation Numérique) est la plate-forme scientifique de l'ENS de Lyon hébergeant les ressources en calcul haute performance.
-Therefore, the student is invited to
+===== Profile recherché =====
-  * study the used image analysis methods,
+  * étudiant en 4e ou 5e année d'Université/École d'ingénieur
-  * review the optimization and parallelizing techniques, applicable on the used level set segmentation
+  * compétences dans le calcul scientifique et développement de logiciels (C++, Python)
-  * implement the method in C++, using the optimal parallelizing technique
+  * la connaissance de la parallélisation (OpenMP, MPI, CUDA, OpenCL) est un plus
-  * deliver the implementation as a plugin to existing computing platforms
+  * autonomie, curiosité et créativité sont appréciées
+  * bonne capacité de communication écrite et orale
-===== Environment, location =====
+===== Directeurs de stage et contacts =====
-The Biophysics and Development team of the RDP Laboratory is focusing on the mechanisms of morphogenesis combining cellular and molecular biology approaches with quantitiative imaging, physical measures and modelling. The team is located in a highly pluridisciplinary environement, the Joliot Curie Laboratory, on the site of the ENS of Lyon.
-On the other hand, the CBP (Centre Blaise Pascal) is a "house of modelling", a place for conferences, training and research related to numerical modelling in all fields of science and the PSMN (Pôle Scientifique de Modélisation Numérique) is the scientific platform of ENS Lyon hosting high performance computing resources.
-===== Required profile: =====
-  * 4th or 5th year of Engineering School/University.
-  * interest for scientific computing  and software development skills (C++, Python).
-  * knowledge of parallelizing techniques (OpenMP, MPI, CUDA, OpenCL) is a plus.
-  * autonomy, curiosity and creative spirit will be particularly appreciated.
-  * good written and verbal communication skills.
-===== Supervisors and contacts =====
 | **Annamaria Kiss** \\ | **Cerasela Iliana Calugaru** \\ |
 | annamaria.kiss@ens-lyon.fr \\ | cerasela.iliana.calugaru@ens-lyon.fr \\  |
-| Research Engineer \\ | Research Engineer in Scientific Computing \\ |
+| Ingénieur de Recherche \\ | Ingénieur de Recherche en Calcul Scientifique \\ |
 | Laboratoire de Reproduction et Développement des Plantes (RDP)  \\ | Centre Blaise Pascal (CBP) \\ |
 | Laboratoire Joliot Curie (LJC), ENS de Lyon \\ | Pôle Scientifique de Modélisation Numérique (PSMN), ENS de Lyon \\ |
 | Tél : 04 72 72 89 37 \\ | Tél : 04 72 72 86 31 \\ |
-| http://www.ens-lyon.fr/RDP \\ | http://www.cbp.ens-lyon.fr \\ |
+| www.ens-lyon.fr/RDP \\ | www.cbp.ens-lyon.fr \\ |
-| http://www.ens-lyon.fr/Joliot-Curie \\ | http://www.ens-lyon.fr/PSMN/doku.php |
+| www.ens-lyon.fr/Joliot-Curie \\ | www.ens-lyon.fr/PSMN |

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