formation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster

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formation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster [2020/12/06 12:24] – [Exécution de l'exemple exploité par Nvidia dans l'environnement du CBP] equemeneformation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster [2020/12/06 12:40] (Version actuelle) – [Exécution de l'exemple exploité par Nvidia dans l'environnement du CBP] equemene
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   - Lancement du code sur CPU :   - Lancement du code sur CPU :
     - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code>     - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code>
-    - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx-mpi grompp -f pme.mdp</code>+    - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp</code>
     - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code>     - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code>
  
 Les deux fichiers de sortie en ''*.out'' donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''grep'' sur le mot ''Elapsed'' extrait les temps d'exécution sur GPU et CPU. Les deux fichiers de sortie en ''*.out'' donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''grep'' sur le mot ''Elapsed'' extrait les temps d'exécution sur GPU et CPU.
  
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