formation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

Les deux révisions précédentesRévision précédente
Prochaine révision		Révision précédente
formation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster [2020/12/06 11:23] – [Compilation du programme dans l'environnement du CBP] equemeneformation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster [2020/12/06 12:40] (Version actuelle) – [Exécution de l'exemple exploité par Nvidia dans l'environnement du CBP] equemene
Ligne 35: Ligne 35:
   - Lancement de l'exemple sur GPU :   - Lancement de l'exemple sur GPU :
     - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx-mpi grompp -f pme.mdp</code>     - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx-mpi grompp -f pme.mdp</code>
-    - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx-mpi mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code>+    - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code>
   - Lancement du code sur CPU :   - Lancement du code sur CPU :
     - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code>     - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code>
-    - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx-mpi grompp -f pme.mdp</code> +    - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp</code> 
-    - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx-mpi mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code>+    - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code>
  
 Les deux fichiers de sortie en ''*.out'' donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''grep'' sur le mot ''Elapsed'' extrait les temps d'exécution sur GPU et CPU. Les deux fichiers de sortie en ''*.out'' donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''grep'' sur le mot ''Elapsed'' extrait les temps d'exécution sur GPU et CPU.
  
formation/insa2020gpu/insa2020gromacs4buster.1607253826.txt.gz · Dernière modification : (modification externe)
Rechercher
Translations
Navigation
Piste :
Piste :
toolbox
Centre Blaise Pascal, ENS de Lyon - 46, allée d'Italie - 69364 Lyon cedex 07 - France
Téléphone : +33 (0)4 26 23 38 01 - Email : cbp @ ens-lyon.fr
Sauf mention contraire, le contenu de ce wiki est placé sous les termes de la licence suivante : CC Attribution-Noncommercial-Share Alike 4.0 International
Modified Scanlines on DokuWiki under the hood