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| formation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster [2020/12/06 10:45] – créée equemene | formation:insa2020gpu:insa2020gromacs4buster [2020/12/06 12:40] (Version actuelle) – [Exécution de l'exemple exploité par Nvidia dans l'environnement du CBP] equemene |
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| - Placement dans le dossier créé :<code>cd /local/$USER</code> | - Placement dans le dossier créé :<code>cd /local/$USER</code> |
| - Récupération du source <code>wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2019.3.tar.gz</code> | - Récupération du source <code>wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2019.3.tar.gz</code> |
| - Expansion de l'archive : <code>tar xzf gromacs-2018.1.tar.gz</code> | - Expansion de l'archive : <code>tar xzf gromacs-2019.3.tar.gz</code> |
| - Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :<code>export GMXSRC=$PWD/gromacs-2019.3</code> | - Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :<code>export GMXSRC=$PWD/gromacs-2019.3</code> |
| - Création d'un dossier de construction : <code>mkdir gromacs-2018.1_build</code> | - Création d'un dossier de construction : <code>mkdir gromacs-2019.3_build</code> |
| - Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :<code>export GMXBUILD=$PWD/gromacs-2019.3_build</code> | - Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :<code>export GMXBUILD=$PWD/gromacs-2019.3_build</code> |
| - Création d'un dossier d'installation : <code>mkdir gromacs-2018.1_install</code> | - Création d'un dossier d'installation : <code>mkdir gromacs-2019.3_install</code> |
| - Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :<code>export GMXINSTALL=$PWD/gromacs-2019.3_install</code> | - Définition d'une variable d'environnement pour ce dossier :<code>export GMXINSTALL=$PWD/gromacs-2019.3_install</code> |
| - Déplacement dans le dossier de construction : <code>cd $GMXBUILD</code> | - Déplacement dans le dossier de construction : <code>cd $GMXBUILD</code> |
| - Construction des tâches de compilation : <code>CC=gcc-7 CXX=g++-7 CPP=cpp-7 cmake $GMXSRC -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$GMXINSTALL</code> | - Définition des outils des compilation : <code>export CC=/usr/bin/gcc-7 |
| | export CXX=/usr/bin/g++-7 |
| | export CPP=/usr/bin/cpp-7</code> |
| | - Construction des tâches de compilation : <code>cmake $GMXSRC -DGMX_OPENMP=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=on -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$GMXINSTALL</code> |
| - Compilation du programme en mode parallèle : <code>make -j 16 > GMX-Compile-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1</code> | - Compilation du programme en mode parallèle : <code>make -j 16 > GMX-Compile-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1</code> |
| - Exécution des tests : <code>make check > GMX-Check-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1 </code> | - Exécution des tests : <code>make check > GMX-Check-$(date "+%Y%m%d-%H%M") 2>&1 </code> |
| - Lancement de l'exemple sur GPU : | - Lancement de l'exemple sur GPU : |
| - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx-mpi grompp -f pme.mdp</code> | - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx-mpi grompp -f pme.mdp</code> |
| - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx-mpi mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code> | - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -gpu_id 0 >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code> |
| - Lancement du code sur CPU : | - Lancement du code sur CPU : |
| - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code> | - Effacement des fichiers créés par la simulation sur GPU :<code>find . -mtime -1 | grep -v $(echo $PWD | tr "/" "_") | grep '/' | xargs -I '{}' rm '{}'</code> |
| - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx-mpi grompp -f pme.mdp</code> | - Initialisation de GROMACS : <code>$GMXINSTALL/bin/gmx grompp -f pme.mdp</code> |
| - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx-mpi mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code> | - Lancement du calcul sur GPU : <code>/usr/bin/time $GMXINSTALL/bin/gmx mdrun -resethway -noconfout -nsteps 4000 -v -nb cpu >$(echo $PWD | tr '/' '_')_$(date "+%Y%m%d-%H%M").out 2>&1</code> |
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| Les deux fichiers de sortie en ''*.out'' donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''grep'' sur le mot ''Elapsed'' extrait les temps d'exécution sur GPU et CPU. | Les deux fichiers de sortie en ''*.out'' donnent les informations sur les exécutions et la métrologie associée. Un ''grep'' sur le mot ''Elapsed'' extrait les temps d'exécution sur GPU et CPU. |
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