Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
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ressources:miniconda4cbp [2022/07/21 15:30] equemene [Utilisation du miniconda embarqué] |
ressources:miniconda4cbp [2024/02/16 16:39] equemene [Utilisation du miniconda embarqué] |
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Ligne 3: | Ligne 3: | ||
===== Utilisation du miniconda embarqué ===== | ===== Utilisation du miniconda embarqué ===== | ||
- | Pour exploiter le **miniconda3** version **4.9.2** installé au Centre Blaise Pascal sur les machines du domaine | + | Pour exploiter le **miniconda3** version **23.3.1** installé au Centre Blaise Pascal sur les machines du domaine |
[[http://www.cbp.ens-lyon.fr/python/forms/CloudCBP|CLoudCBP]], il suffit de taper dans un terminal :<code> | [[http://www.cbp.ens-lyon.fr/python/forms/CloudCBP|CLoudCBP]], il suffit de taper dans un terminal :<code> | ||
- | module load conda3/4.9.2 | + | module load conda3/23.3.1 |
</code> | </code> | ||
- | Ce **miniconda3** comprend notamment les outils suivants :<code> | + | Ce **miniconda3** comprend notamment les outils classiques de //machine learning// PyTorch et Tensorflow. |
- | cudnn 7.6.5 cuda10.1_0 anaconda | + | |
- | cupti 10.1.168 0 anaconda | + | |
- | ninja 1.11.0 h924138e_0 conda-forge | + | |
- | pytorch 1.7.1 cpu_py39h714fb45_2 conda-forge | + | |
- | revbayes 1.0.13 ha44abe0_2 bioconda | + | |
- | scikit-learn 0.23.2 py39hf3c863f_2 conda-forge | + | |
- | tensorboard-plugin-wit 1.6.0 py_0 anaconda | + | |
- | tensorflow-metadata 0.14.0 pyhe6710b0_1 anaconda | + | |
- | </code> | + | |
===== Installation de son propre miniconda ===== | ===== Installation de son propre miniconda ===== | ||
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Pour récupérer le dernier installeur Miniconda pour **Python 3.9**, tapez les commandes suivantes :<code> | Pour récupérer le dernier installeur Miniconda pour **Python 3.9**, tapez les commandes suivantes :<code> | ||
cd $HOME | cd $HOME | ||
- | wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh | + | wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh |
- | mv Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh Miniconda3.sh | + | mv Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh Miniconda3.sh |
</code> | </code> | ||
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* vous pouvez spécifier un autre endroit comme, par exemple dans l'espace //projets// ''projects'' | * vous pouvez spécifier un autre endroit comme, par exemple dans l'espace //projets// ''projects'' | ||
* pour vous en particulier : ''/projects/users/$USER/Miniconda3'' | * pour vous en particulier : ''/projects/users/$USER/Miniconda3'' | ||
- | * pour un projet en particulier : ''/projects/<MonProjet>Miniconda3'' | + | * pour un projet en particulier : ''/projects/<MonProjet>/Miniconda3'' |
- modification de la configuration du shell : tapez ''yes'' à l'invite python <code>Do you wish the installer to initialize Miniconda3 | - modification de la configuration du shell : tapez ''yes'' à l'invite python <code>Do you wish the installer to initialize Miniconda3 | ||
by running conda init? [yes|no] | by running conda init? [yes|no] | ||
</code> | </code> | ||
+ | <hidden>Section masquée</hidden> | ||
Par défaut, la configuration de votre shell est modifiée : à chaque ouverture de terminal, l'environnement **Conda** sera chargé, ce qui peut poser des difficultés si vous travaillez avec plusieurs environnements. | Par défaut, la configuration de votre shell est modifiée : à chaque ouverture de terminal, l'environnement **Conda** sera chargé, ce qui peut poser des difficultés si vous travaillez avec plusieurs environnements. | ||
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cp $HOME/.bashrc.orig $HOME/.bashrc | cp $HOME/.bashrc.orig $HOME/.bashrc | ||
</code> | </code> | ||
+ | |||
+ | <note warning>Attention ! Avant d'installer un environnement **conda** dans un dossier dans ''/projects'', ''/scratch'' ou ''/local'', assurez-vous de créer **d'abord** le dossier avec ''mkdir /projects/users/$USER'', ''mkdir /scratch/$USER'' ou ''mkdir /local/$USER''</note> | ||
==== Lancement de l'environnement Conda installé ==== | ==== Lancement de l'environnement Conda installé ==== | ||
Ligne 86: | Ligne 79: | ||
* ''/scratch/jmylq/miniconda3/condabin'' | * ''/scratch/jmylq/miniconda3/condabin'' | ||
- | ==== Installation d'un logiciel dans l'environnement Conda installée ==== | + | ==== Installation d'un logiciel dans l'environnement Conda configuré ==== |
Une fois l'environnement chargé avec ''source $HOME/CondaLatest.rc'', il suffit de taper ''conda install <Logiciel>'' pour que **Conda** recherche les dépendances, les installe puis installe le logiciel spécifié. | Une fois l'environnement chargé avec ''source $HOME/CondaLatest.rc'', il suffit de taper ''conda install <Logiciel>'' pour que **Conda** recherche les dépendances, les installe puis installe le logiciel spécifié. |