Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.
Les deux révisions précédentes Révision précédente Prochaine révision | Révision précédente Prochaine révision Les deux révisions suivantes | ||
developpement:productions:logiciels:aquasol [2013/04/17 15:50] cicaluga [Logiciel Aquasol] |
developpement:productions:logiciels:aquasol [2013/09/12 19:20] cicaluga [Logiciel AquaSol] |
||
---|---|---|---|
Ligne 1: | Ligne 1: | ||
[[developpement:productions:logiciels|Logiciels]] | [[developpement:productions:logiciels|Logiciels]] | ||
- | ====== Logiciel Aquasol ====== | + | ====== Logiciel AquaSol ====== |
- | Le logiciel AquaSol, (développé par Patrice Koehl & Marc Delarue, [[http://lorentz.immstr.pasteur.fr/aquasol/aquasol_submission.php|Aquasol]]) permet la modélisation de l'environnement ionique autour de biomacromolécules, en utilisant une extension récente de la théorie de Poisson-Boltzmann (modèle Dipolar Poisson-Boltzmann-Langevin). | + | {{:developpement:productions:figureaquasol.png?200 |}} |
+ | * **Contact** : Ralf Everaers, Cerasela Calugaru, Sam Meyer \\ | ||
+ | * **Objectif** : Optimisation (nouveaux algorithmes, parallélisation), implémentation des nouvelles fonctionnalités, analyse du comportement numérique et informatique du code AquaSol | ||
- | Nous souhaitons valider, optimiser et étendre ce code pour l'utiliser à des applications comme les oligomères d'ADN, puis les nucléosomes: | + | Le logiciel AquaSol, (développé par Patrice Koehl & Marc Delarue, [[http://lorentz.immstr.pasteur.fr/aquasol/aquasol_submission.php|AquaSol]]) permet la modélisation de l'environnement ionique autour de biomacromolécules, en utilisant une extension récente de la théorie de Poisson-Boltzmann (modèle Dipolar Poisson-Boltzmann-Langevin). |
- | * [[developpement:productions:logiciels:aquasol:validation|Validation mathématique, numérique et physique]] | + | **Développements au CBP :** |
+ | |||
+ | Notre objectif principal est l’application de ce code pour des diverses géométries et configurations des charges, comme les oligomères d'ADN, puis les nucléosomes. Cela nécessite plusieurs développements dans les directions suivantes : | ||
+ | |||
+ | |||
+ | * [[developpement:productions:logiciels:aquasol:validation|Analyse du comportement numérique et informatique du code ]] | ||
* [[developpement:productions:logiciels:aquasol:tests|Tests de performance sur des différentes plateformes]] | * [[developpement:productions:logiciels:aquasol:tests|Tests de performance sur des différentes plateformes]] | ||
Ligne 13: | Ligne 20: | ||
* [[developpement:productions:logiciels:aquasol:implementation|Implémentation de nouvelles fonctionnalites]] | * [[developpement:productions:logiciels:aquasol:implementation|Implémentation de nouvelles fonctionnalites]] | ||
- | * [[developpement:productions:logiciels:aquasol:optimisation|Optimisation du code]] | + | * [[developpement:productions:logiciels:aquasol:optimisation|Optimisation des méthodes d’approximation numérique déjà implémentées. Mise en œuvre d’autres méthodes et de nouveaux algorithmes de discrétisation]] |