Installation de Molden sur Debian Stretch

Molden est un logiciel de prétraitement et de posttraitement de structure électronique et moléculaire.

Sa licence autorise un usage non commercial. Pour tout usage commercial, veuillez suivre ce lien

La procédure qui suit décrit l'installation de Molden dans le répertoire /opt.

Dès que vous êtes en accord avec la licence, vous pouvez procéder à son téléchargement et son installation

1. Installation de paquets Debian indispensables :

   # Si vous ne disposez pas de pilotes propriétaires installés supportant OpenGL : 
   
   # Les paquets suivants sont nécessaires
   apt-get install libx11-dev libgl1-mesa-dev libglu1-mesa-dev  xutils-dev x11proto-gl-dev mesa-common-dev

2. Récupération sur le site de Molden (au 2 juin 2017, la version courante est la 5.7) :

   cd /root
   wget ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/molden5.7.tar.gz

3. Ouverture de l'archive :

   cd /opt
   tar xvf /root/molden5.7.tar.gz

4. Définition de la racine de Molden

   export MOLDEN=/opt/molden5.7

5. Passage dans l'archive :

   cd $MOLDEN

6. Paramétrage du makefile en changeant le compilateur g77 par gfortran :

   sed -e 's/FC = g77/FC = gfortran/' -i~ makefile
   sed -e 's/CC = cc/CC = gcc/' -i~ makefile

7. Lancement de la compilation :

   make

   1. si la compilation se passe bien, 4 exécutables doivent être disponibles :

      [ $(ls gmolden molden surf/surf ambfor/ambfor | wc -l) -eq 4 ] && echo "OK" || echo "KO"

   2. si le retour de la commande précédente est “KO”, il y a certainement eu un problème
8. Etablissement des liens :

   ln -s $MOLDEN /opt/molden
   ln -s /opt/molden/gmolden /usr/local/bin/gmolden
   ln -s /opt/molden/molden /usr/local/bin/molden
   ln -s /opt/molden/surf/surf /usr/local/bin/surf
   ln -s /opt/molden/ambfor/ambfor /usr/local/bin/ambfor

9. Positionnement des droits :

   cd $MOLDEN
   chown -R root.root *
   chmod -R og+r *
   find . -type d -exec chmod og+rx {} \;

Voici quelques exemples à exécuter à partir de la racine d'installation de molden :

export MOLDEN=/opt/molden
find $MOLDEN/test/*test -exec $MOLDEN/molden {} > {}.log \;