Installation de LAMMPS sur Debian

1. Récupération de la dernière version sur le site de Sandia :

   cd /root
   wget -m -nd http://lammps.sandia.gov/tars/lammps.tar.gz

2. Ouverture de l'archive :

   cd /opt
   tar xvf /root/lammps.tar.gz

3. Changement des droits :

   chown -R root.root lammps-*

4. Etablissement d'un lien générique :

   ln -s $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }') lammps

5. Passer dans l'archive :

   cd $(tar tzf /root/lammps.tar.gz | tail -1 | awk -F'/' '{ print $1 }')

6. Paramétrer une variable de racine pour Lammps :

   export LAMMPSROOT=$(pwd)

7. Préparer le MPI local :

   cd $LAMMPSROOT/src/STUBS
   make clean
   make

8. Préparer les librairies complémentaires :

   # Compilation de la librairie MEAM
   cd $LAMMPSROOT/lib/meam
   make -f Makefile.gfortran clean
   make -f Makefile.gfortran
   mv Makefile.lammps Makefile.lammps.intel
   ln -s Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps
   # Compilation de la librairie POEMS
   cd $LAMMPSROOT/lib/poems
   make -f Makefile.g++ clean
   make -f Makefile.g++
   # Compilation de la librairie REAX
   cd $LAMMPSROOT/lib/reax
   make -f Makefile.gfortran clean
   make -f Makefile.gfortran
   mv Makefile.lammps Makefile.lammps.intel
   ln -s Makefile.lammps.gfortran Makefile.lammps         
   # Compilation de la librairie AWPMD
   cd $LAMMPSROOT/lib/awpmd
   make -f Makefile.openmpi clean
   make -f Makefile.openmpi

9. Compiler les éléments indispensables pour exécuter les exemples :

   cd $LAMMPSROOT/src
   # activation de tous les modules
   make yes-all
   # suspension d'un module très specifique
   make no-gpu
   make no-user-cuda
   #
   make no-kim

# Preparation de la librairie ATC complée avec MPI
cd $LAMMPSROOT/lib/atc
sed -e 's/\-O\ \-g/\-O\ \-g \-fpermissive/' -i~ Makefile.serial
make -f Makefile.serial clean
make -f Makefile.serial

cd $LAMMPSROOT/src
# Modification du Makefile (remplacer la reference a un g++4 !)
sed -e 's/g++4/g++/' -i~ MAKE/Makefile.serial
# lancer la compilation
make serial

Si la compilation est réussie, un exécutable statique lmp_serial, se trouve à la racine du dossier.

Installation préliminaire

sudo apt-get install -y fftw2 fftw-dev

Importation du Makefile Makefile.fftw dans le répertoire $LAMMPSROOT/src/MAKE :

cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
mv Makefile.fftw Makefile.fftw.Intel
wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.fftw

Compilation

cd $LAMMPSROOT/src
make fftw

Si la compilation est réussie, un exécutable statique lmp_fftw, se trouve à la racine du dossier.

Installation préliminaire

sudo apt-get install -y libopenmpi-dev openmpi-bin libopenmpi1.3 openmpi-common
sudo apt-get install -y fftw2 fftw-dev

Importation du Makefile pour ATC et compilation Makefile.mpic++ dans le répertoire $LAMMPSROOT/lib/atc :

cd $LAMMPSROOT/lib/atc
wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.mpic++
# Preparation de la librairie ATC complée avec MPI
cd $LAMMPSROOT/lib/atc
make -f Makefile.mpic++ clean
make -f Makefile.mpic++

Importation du Makefile Makefile.openmpi dans le répertoire $LAMMPSROOT/src/MAKE :

cd $LAMMPSROOT/src/MAKE
mv Makefile.openmpi Makefile.openmpi.orig
wget http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/LAMMPS/Makefile.openmpi

Compilation

cd $LAMMPSROOT/src
make openmpi

Si la compilation est réussie, un exécutable statique lmp_openmpi, se trouve à la racine du dossier.

La page Tools4Test et plus précisemment celle liée à Lammps détaille comment installer Lammps dans son environnement personnel (au CBP) et lancer quelques exemples.