Intégration de DNABend sur une Debian Wheezy

Il n'existe aucune version de DNABend dans la Debian, ni dans Squeeze, ni même dans Sid.

Comme nous allons le découvrir à la compilation, DNABend, dans sa version “standard”, ne compile qu'avec la version la plus vieille de G++ intégrée dans la Debian Wheezy, la version 4.4. Il existe également une forte dépendance à GSL

apt-get install libc6 libc6-i386 libgcc1 libgsl0ldbl libstdc++6 g++-4.4 libgsl0-dev libstdc++6-4.4-dev

La commande pour récupérer les dépendances en librairies utilisées est :

ldd ../bin/esolve | awk '{ print $1 }' | xargs -I '{}' dpkg -S '{}' | awk -F':' '{ print $1 }' | sort -u | tr '\n' ' '

Le téléchargement du code suppose l'acceptation de la licence académique associée.

cd /root
wget http://nucleosome.rutgers.edu/nucleosome/DNABEND_1.1.tgz

cd /opt
tar xzf /root/DNABEND_1.1.tgz

mv /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile.orig
wget -O /opt/DNABEND_1.1/source/Makefile http://www.cbp.ens-lyon.fr/software/DNABEND/Makefile.DNABEND
sed -i 's/<string>/<string.h>/g' /opt/DNABEND_1.1/include/dna_parameters.h

cd /opt/DNABEND_1.1/source
make clean
make esolve
make edesign

Les exécutables se trouvent dans /opt/DNABEND_1.1 : edesign et esolve.

— Emmanuel Quemener 2013/06/09 21:44