En construction
CP2K et la Debian
Depuis la Wheezy, CP2K est dans l'archive standard de la Debian : l'archive stable Wheezy propose la version 2.2.426.
Un rétroportage de la version 2.4 est possible à partir des archives Sid, moyennant le rétroportage de la dépendance libxc.
Il peut cependant être nécessaire de disposer de sa propre version sur sa machine.
Compilation et exécution de CP2K sous Debian Wheezy
Introduction à CP2K
Le site officiel de CP2K décrit de manière exhaustive les tenants et les aboutissants du projet.
Récupération de l'environnement de compilation
Installation minimale
En plus d'un compilateur fortran, CP2K a besoin d'un certain nombre de librairies FFTW3, ATLAS ou OpenBLAS :
sudo apt-get install gfortran libfftw3-dev liblapack-dev python-support bison flex byacc libopenblas-dev libatlas-dev libint-dev
Installation pour une compilation parallèle avec OpenMP
Dans le cas d'une compilation parallèle avec OpenMP :
sudo apt-get install libgomp1
Installation pour une compilation parallèle avec MPI
sudo apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev libblacs-mpi-dev libscalapack-mpi-dev libfftw3-mpi-dev
Rétroportage de la librairie XC
Il est nécessaire de disposer de la ligne suivante dans son /etc/apt/sources.list :
deb-src http://ftp.de.debian.org/debian/ sid main contrib non-free
apt-get install pbuilder aptitude update cd /tmp apt-get source libxc sudo apt-get build-dep -y libxc cd libxc-2.* debuild cd .. sudo dpkg -i libxc*_amd64.deb
Compilation de CP2K
Récupération des sources
Deux méthodes pour récupérer les sources de CP2K : le téléchargement via CVS et le téléchargement direct de l'archive construite quotidiennement :
- Téléchargement par SVN de la branche de développement :
cd /opt svn checkout svn://svn.code.sf.net/p/cp2k/code/trunk cp2k mv cp2k cp2k-$(date "+%Y%m%d") ln -s cp2k-$(date "+%Y%m%d") cp2k
- Téléchargement par SVN de la branche 2.5 :
cd /opt svn checkout svn://svn.code.sf.net/p/cp2k/code/branches/cp2k-2_5-branch cp2k-2.5 ln -s cp2k-2.5/cp2k cp2k
- Téléchargement de l'archive 2.5.1 :
wget -O /root/cp2k-2.5.1.tar.bz2 http://sourceforge.net/projects/cp2k/files/cp2k-2.5.1.tar.bz2/download cd /opt tar jxf /root/cp2k-2.5.1.tar.bz2 ln -s cp2k-2.5.1 cp2k
Etablissement d'une variable pour nous faciliter la tâche
cd cp2k export CP2K_HOME=$(pwd)
Compilation et exécution en mode "Série"
Compilation en mode série
Les Makefile disponibles dans le dossier $CP2K_HOME/makefiles ne sont par directement exploitables en Debian Wheezy.
De plus, la Wheezy intègre maintenant deux versions complètes de BLAS : ATLAS et OpenBLAS. OpenBLAS est l'héritier de GotoBLAS et permet un usage très efficace des coeurs au sein d'un même noeud.
Les Makefile Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.sopt et Linux-amd64-Debian-ATLAS.sopt ont été adaptés pour exploiter le socle Debian Wheezy.
Pour l'utilisation de OpenBLAS
wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.sopt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.sopt cd $CP2K_HOME/makefiles make distclean time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=sopt
Pour l'utilisation de ATLAS
wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.sopt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.sopt cd $CP2K_HOME/makefiles make distclean time make -j8 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=sopt
Compilation et exécution en mode parallèle
Compilation en mode OpenMP
C'est ici que vont servir les paquets OpenMPI, Blacs et Scalapack.
Les Makefile Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp et Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp ont été adaptés pour exploiter le socle Debian Wheezy.
Pour l'utilisation de OpenBLAS
cd $CP2K_HOME/makefiles wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.ssmp time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=ssmp
Pour l'utilisation de ATLAS
cd $CP2K_HOME/makefiles wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.ssmp time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=ssmp
Compilation en mode MPI
C'est ici que vont servir les paquets OpenMPI, Blacs et Scalapack.
Les Makefile Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.popt et Linux-amd64-Debian-ATLAS.popt ont été adaptés pour exploiter le socle Debian Wheezy.
Pour l'utilisation de OpenBLAS
cd $CP2K_HOME/makefiles wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.popt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.popt time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=popt
Pour l'utilisation de ATLAS
cd $CP2K_HOME/makefiles wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.popt http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.popt time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=popt
Compilation en mode hybride OpenMP/MPI
C'est ici que vont servir les paquets OpenMP, OpenMPI, Blacs et Scalapack.
Les Makefile Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp et Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp ont été adaptés pour exploiter le socle Debian Wheezy.
Pour l'utilisation de OpenBLAS
cd $CP2K_HOME/makefiles wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS.psmp time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-OpenBLAS VERSION=psmp
Pour l'utilisation de ATLAS
cd $CP2K_HOME/makefiles wget -O $CP2K_HOME/arch/Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp http://www.cbp.ens-lyon.fr/emmanuel.quemener/software/CP2K/Linux-amd64-Debian-ATLAS.psmp time make -j4 ARCH=Linux-amd64-Debian-ATLAS VERSION=psmp
Exécution d'un exemple
Exécution d'un exemple en mode série
Exécution d'un exemple en mode MPI
Lancement d'un exemple :
cd $CP2K_HOME/tests/Fist mpirun.openmpi -x OMP_NUM_THREADS=1 -np 8 $CP2K_HOME/exe/Linux-amd64-Debian-OpenBLAS/cp2k.popt al2o3.inp
— Emmanuel Quemener 2014/05/21 15:05
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